1q16

Crystal structure of Nitrate Reductase A, NarGHI, from Escherichia coli

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 1 （P11349） Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain × 1 （P11350） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 2 MOLYBDENUM(VI) ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 2 （P11349） Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain × 2 （P11350） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 2 （P11349） Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain × 2 （P11350） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 6	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 2 （P11349） Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain × 2 （P11350） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NARG_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1247； UniProt 0–1246

Respiratory nitrate reductase 1 beta chain

Escherichia coli

UniProt P11349

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 1 （P09152） Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain × 1 （P11350） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 2 MOLYBDENUM(VI) ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 2 （P09152） Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain × 2 （P11350） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 2 （P09152） Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain × 2 （P11350） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 6	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 2 （P09152） Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain × 2 （P11350） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NARH_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–512； UniProt 1–512

Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain

Escherichia coli

UniProt P11350

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 1 （P09152） Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 1 （P11349） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 2 MOLYBDENUM(VI) ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 2 （P09152） Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 2 （P11349） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 2 （P09152） Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 2 （P11349） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 6	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 2 （P09152） Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 2 （P11349） PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NARI_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–225； UniProt 1–225

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1q16
沉积日期 deposition_date	2003-07-18
结构标题 title	Crystal structure of Nitrate Reductase A, NarGHI, from Escherichia coli
关键词 keywords	membrane protein, electron-transfer, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1q16__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1q16__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1q16__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.83 Å
Rg（电子密度）	39.14 Å
总 Rg	39.31 Å
原子数	15986
残基数	1976
排除体积	283580 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1q16__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1q16__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1q16__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1q16__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
分子量 formula_weight	140658.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.99.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17199

MSKFLDRFRYFKQKGETFADGHGQLLNTNRDWEDGYRQRWQHDKIVRSTHGVNCTGSCSWKIYVKNGLVTWETQQTDYPRTRPDLPNHEPRGCPRGASYSWYLYSANRLKYPMMRKRLMKMWREAKALHSDPVEAWASIIEDADKAKSFKQARGRGGFVRSSWQEVNELIAASNVYTIKNYGPDRVAGFSPIPAMSMVSYASGARYLSLIGGTCLSFYDWYCDLPPASPQTWGEQTDVPESADWYNSSYIIAWGSNVPQTRTPDAHFFTEVRYKGTKTVAVTPDYAEIAKLCDLWLAPKQGTDAAMALAMGHVMLREFHLDNPSQYFTDYVRRYTDMPMLVMLEERDGYYAAGRMLRAADLVDALGQENNPEWKTVAFNTNGEMVAPNGSIGFRWGEKGKWNLEQRDGKTGEETELQLSLLGSQDEIAEVGFPYFGGDGTEHFNKVELENVLLHKLPVKRLQLADGSTALVTTVYDLTLANYGLERGLNDVNCATSYDDVKAYTPAWAEQITGVSRSQIIRIAREFADNADKTHGRSMIIVGAGLNHWYHLDMNYRGLINMLIFCGCVGQSGGGWAHYVGQEKLRPQTGWQPLAFALDWQRPARHMNSTSYFYNHSSQWRYETVTAEELLSPMADKSRYTGHLIDFNVRAERMGWLPSAPQLGTNPLTIAGEAEKAGMNPVDYTVKSLKEGSIRFAAEQPENGKNHPRNLFIWRSNLLGSSGKGHEFMLKYLLGTEHGIQGKDLGQQGGVKPEEVDWQDNGLEGKLDLVVTLDFRLSSTCLYSDIILPTATWYEKDDMNTSDMHPFIHPLSAAVDPAWEAKSDWEIYKAIAKKFSEVCVGHLGKETDIVTLPIQHDSAAELAQPLDVKDWKKGECDLIPGKTAPHIMVVERDYPATYERFTSIGPLMEKIGNGGKGIAWNTQSEMDLLRKLNYTKAEGPAKGQPMLNTAIDAAEMILTLAPETNGQVAVKAWAALSEFTGRDHTHLALNKEDEKIRFRDIQAQPRKIISSPTWSGLEDEHVSYNAGYTNVHELIPWRTLSGRQQLYQDHQWMRDFGESLLVYRPPIDTRSVKEVIGQKSNGNQEKALNFLTPHQKWGIHSTYSDNLLMLTLGRGGPVVWLSEADAKDLGIADNDWIEVFNSNGALTARAVVSQRVPAGMTMMYHAQERIVNLPGSEITQQRGGIHNSVTRITPKPTHMIGGYAHLAYGFNYYGTVGSNRDEFVVVRKMKNIDWLDGEGNDQVQESVK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
分子量 formula_weight	58140.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.99.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKIRSQVGMVLNLDKCIGCHTCSVTCKNVWTSREGVEYAWFNNVETKPGQGFPTDWENQEKYKGGWIRKINGKLQPRMGNRAMLLGKIFANPHLPGIDDYYEPFDFDYQNLHTAPEGSKSQPIARPRSLITGERMAKIEKGPNWEDDLGGEFDKLAKDKNFDNIQKAMYSQFENTFMMYLPRLCEHCLNPACVATCPSGAIYKREEDGIVLIDQDKCRGWRMCITGCPYKKIYFNWKSGKSEKCIFCYPRIEAGQPTVCSETCVGRIRYLGVLLYDADAIERAASTENEKDLYQRQLDVFLDPNDPKVIEQAIKDGIPLSVIEAAQQSPVYKMAMEWKLALPLHPEYRTLPMVWYVPPLSPIQSAADAGELGSNGILPDVESLRIPVQYLANLLTAGDTKPVLRALKRMLAMRHYKRAETVDGKVDTRALEEVGLTEAQAQEMYRYLAIANYEDRFVVPSSHRELAREAFPEKNGCGFTFGDGCHGSDTKFNLFNSRRIDAIDVTSKTEPHP

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain
分子量 formula_weight	25552.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.99.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MQFLNMFFFDIYPYIAGAVFLIGSWLRYDYGQYTWRAASSQMLDRKGMNLASNLFHIGILGIFVGHFFGMLTPHWMYEAWLPIEVKQKMAMFAGGASGVLCLIGGVLLLKRRLFSPRVRATTTGADILILSLLVIQCALGLLTIPFSAQHMDGSEMMKLVGWAQSVVTFHGGASQHLDGVAFIFRLHLVLGMTLFLLFPFSRLIHIWSVPVEYLTRKYQLVRARH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM(VI) ION
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE
分子量 formula_weight	455.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	705.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1213

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1q16a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.2 — ADC-like
家族 Family family	b.52.2.2 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1q16a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.81 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
超家族 Superfamily superfamily	c.81.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
家族 Family family	c.81.1.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3

结构域编号 domain_id	d1q16b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1q16c_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.3 — Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain
家族 Family family	f.21.3.1 — Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	1q16A01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1200 — nitrate reductase tail
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — nitrate reductase tail

结构域编号 domain_id	1q16A02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	1q16A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — ADC-like domains

结构域编号 domain_id	1q16A05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

结构域编号 domain_id	1q16A07
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	228 — Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	1q16A09
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1q16A10
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1700 — AF1104-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1q16A13
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1q16B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1q16B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3650 — nitrate reductase domain fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — nitrate reductase domain like

结构域编号 domain_id	1q16C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	950 — Fumarate Reductase Cytochrome B subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transmembrane di-heme cytochromes, Chain C

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晶胞边长 a length_a	154.175 Å
晶胞边长 b length_b	241.376 Å
晶胞边长 c length_c	139.494 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	29.680 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2300

Crystal structure of Nitrate Reductase A, NarGHI, from Escherichia coli

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Respiratory nitrate reductase 1 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Respiratory nitrate reductase 1 gamma chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1q16__assembly_1__model_1

1q16__assembly_1__model_1 | I(q)

1q16__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)