1q4o

The structure of the polo box domain of human Plk1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase PLK

Homo sapiens

UniProt P53350

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 367–603 片段:Polo box domain of Plk1 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;293 K;PEG 4000, sodium citrate and ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.20 Å R-free 0.288
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 367–603 片段:Polo box domain of Plk1 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;293 K;PEG 4000, sodium citrate and ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.20 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、111 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–237; UniProt 367–603 作者链 B; PDB构建体 1–237; UniProt 367–603

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1q4o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1q4o
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1q4o
沉积日期 deposition_date2003-08-04
结构标题 titleThe structure of the polo box domain of human Plk1
关键词 keywordsTransferase, Serine/threonine-protein kinase, ATP-binding, Nuclear protein; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.82
零角强度 I(0) i037058900.00
分子量 molecular_weight48294.0 kDa
排除体积 excluded_volume60608 ų
包络体积 envelope_volume76286 ų
水化壳体积 shell_volume22488 ų
包络直径 envelope_diameter108.8
壳层 Rg shell_rg34.72
包络 Rg envelope_rg30.76
形状 Rg shape_rg30.81
总 Rg total_rg31.19
总原子数 total_atoms3395
残基数 n_residues415
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.6
Rg (实空间) rg_real31.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.08
I(0) (实空间) i0_real3.7060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37050000.0000
解质量估计 total_estimate0.5351
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.4
偏度 Skewness skewness0.511
峰度 Kurtosis kurtosis-0.588
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14250000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.569; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.322; Smooth: 0.581

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1q4oa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.223 — Polo-box domain
超家族 Superfamily superfamilyd.223.1 — Polo-box domain
家族 Family familyd.223.1.2 — Polo-box duplicated region
结构域编号 domain_idd1q4oa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.223 — Polo-box domain
超家族 Superfamily superfamilyd.223.1 — Polo-box domain
家族 Family familyd.223.1.2 — Polo-box duplicated region
结构域编号 domain_idd1q4ob1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.223 — Polo-box domain
超家族 Superfamily superfamilyd.223.1 — Polo-box domain
家族 Family familyd.223.1.2 — Polo-box duplicated region
结构域编号 domain_idd1q4ob2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.223 — Polo-box domain
超家族 Superfamily superfamilyd.223.1 — Polo-box domain
家族 Family familyd.223.1.2 — Polo-box duplicated region

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1q4oA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain
结构域编号 domain_id1q4oA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain
结构域编号 domain_id1q4oB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain
结构域编号 domain_id1q4oB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)