1q9c

Crystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 168.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Son of sevenless protein

Homo sapiens

UniProt Q07889

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–191 片段:N-terminal Histone domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.21 Å R-free 0.292
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–191 片段:N-terminal Histone domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.21 Å R-free 0.292
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–191 片段:N-terminal Histone domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.21 Å R-free 0.292
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–191 片段:N-terminal Histone domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.21 Å R-free 0.292
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–191 片段:N-terminal Histone domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.21 Å R-free 0.292
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–191 片段:N-terminal Histone domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.21 Å R-free 0.292
7 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–191 片段:N-terminal Histone domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.21 Å R-free 0.292
8 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–191 片段:N-terminal Histone domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.21 Å R-free 0.292
9 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–191 片段:N-terminal Histone domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.21 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、107 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SOS1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191 作者链 B; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191 作者链 C; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191 作者链 D; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191 作者链 E; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191 作者链 F; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191 作者链 G; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191 作者链 H; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191 作者链 I; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1q9c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1q9c
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1q9c
沉积日期 deposition_date2003-08-24
结构标题 titleCrystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless
关键词 keywordsHistone fold, H2A, H2B, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.21
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.64
零角强度 I(0) i0458073000.00
分子量 molecular_weight179920.0 kDa
排除体积 excluded_volume226390 ų
包络体积 envelope_volume329580 ų
水化壳体积 shell_volume60794 ų
包络直径 envelope_diameter173.0
壳层 Rg shell_rg47.89
包络 Rg envelope_rg47.03
形状 Rg shape_rg47.66
总 Rg total_rg47.59
总原子数 total_atoms12555
残基数 n_residues1517
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax168.6
Rg (实空间) rg_real47.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.51
I(0) (实空间) i0_real4.5810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.22
I(0) (倒空间) i0_reciprocal457800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8395
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.1
偏度 Skewness skewness0.524
峰度 Kurtosis kurtosis-0.252
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36530000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.744; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.917; Smooth: 0.760

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_idd1q9ca_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.3 — TBP-associated factors, TAFs
结构域编号 domain_idd1q9cb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.3 — TBP-associated factors, TAFs
结构域编号 domain_idd1q9cc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.3 — TBP-associated factors, TAFs
结构域编号 domain_idd1q9cd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.3 — TBP-associated factors, TAFs
结构域编号 domain_idd1q9ce_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.3 — TBP-associated factors, TAFs
结构域编号 domain_idd1q9cf_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.3 — TBP-associated factors, TAFs
结构域编号 domain_idd1q9cg_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.3 — TBP-associated factors, TAFs
结构域编号 domain_idd1q9ch_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.3 — TBP-associated factors, TAFs
结构域编号 domain_idd1q9ci_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.3 — TBP-associated factors, TAFs

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id1q9cA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1q9cB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1q9cC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1q9cD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1q9cE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1q9cF01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1q9cG01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1q9cH01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1q9cI01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)