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1qa6

CRYSTAL STRUCTURE OF A CONSERVED RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBOSOMAL PROTEIN L11

Geobacillus stearothermophilus

UniProt P56210

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 单体 蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 63–129 片段：C-TERMINAL DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11 58 NUCLEOTIDE RIBOSOMAL RNA DOMAIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 OS OSMIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；310 K；PEG 600, MAGNESIUM ACETATE, COBALT HEXAMINE CHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, KCL, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310.00K 分辨率 2.80 Å R-free 0.321
2 蛋白–RNA 单体 蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 63–129 片段：C-TERMINAL DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11 58 NUCLEOTIDE RIBOSOMAL RNA DOMAIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 OS OSMIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；310 K；PEG 600, MAGNESIUM ACETATE, COBALT HEXAMINE CHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, KCL, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310.00K 分辨率 2.80 Å R-free 0.321

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1QA6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ACI L11 RIBOSOMAL PROTEIN RNA BINDING DOMAIN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-02-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–133（75 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, 76 RESIDUES
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K
分辨率未提供
1C04 IDENTIFICATION OF KNOWN PROTEIN AND RNA STRUCTURES IN A 5 A MAP OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI 提交 1999-07-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 63–129（67 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；292 K；PEG 6000, POTASSIUM CHLORIDE, AMMONIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, ACETATE, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 5.00 Å
1FOW NMR STRUCTURE OF L11-C76, THE C-TERMINAL DOMAIN OF 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–133（75 aa） 片段：CARBOXYL-TERMINAL DOMAIN OF PROTEIN L11, RESIDUES THR 59 TO ASP 133
突变：INS(MET1) 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；298 K
分辨率未提供
1FOX NMR STRUCTURE OF L11-C76, THE C-TERMINAL DOMAIN OF 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11, 33 STRUCTURES 提交 1996-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–133（75 aa） 片段：CARBOXYL-TERMINAL DOMAIN OF PROTEIN L11, RESIDUES THR 59 TO ASP 133
突变：INS(MET1) 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；298 K
分辨率未提供
1FOY THE RNA BINDING DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE RNA-BOUND FORM OF THE PROTEIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–133（75 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, 75 RESIDUES
突变：F1M 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；320 K
分辨率未提供
1HC8 CRYSTAL STRUCTURE OF A CONSERVED RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX 提交 2001-04-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 58–133（76 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11
未记录 MG MAGNESIUM ION × 10 K POTASSIUM ION × 1 OS OSMIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 600, MAGNESIUM ACETATE, COBALT HEXAMINE CHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, KCL, pH 6.50
分辨率 2.80 Å R-free 0.253
1HC8 CRYSTAL STRUCTURE OF A CONSERVED RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX 提交 2001-04-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 58–133（76 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11
未记录 MG MAGNESIUM ION × 11 K POTASSIUM ION × 1 OS OSMIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 600, MAGNESIUM ACETATE, COBALT HEXAMINE CHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, KCL, pH 6.50
分辨率 2.80 Å R-free 0.253
1Y39 Co-evolution of protein and RNA structures within a highly conserved ribosomal domain 提交 2004-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 58–133（76 aa） 片段：C-Terminal Domain Of Ribosomal Protein L11
突变：S69N 3CO COBALT (III) ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 10 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；310 K；PEG600, Magnesium acetate, glycerol, sodium cacodylate, potasium chlroride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K
分辨率 2.80 Å R-free 0.253
1Y39 Co-evolution of protein and RNA structures within a highly conserved ribosomal domain 提交 2004-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 58–133（76 aa） 片段：C-Terminal Domain Of Ribosomal Protein L11
突变：S69N 3CO COBALT (III) ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；310 K；PEG600, Magnesium acetate, glycerol, sodium cacodylate, potasium chlroride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K
分辨率 2.80 Å R-free 0.253
2FOW THE RNA BINDING DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE RNA-BOUND FORM OF THE PROTEIN, NMR, 26 STRUCTURES 提交 1997-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–133（75 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, 75 RESIDUES
突变：F1M 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；320 K
分辨率未提供

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL11_BACST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–67； UniProt 63–129 作者链 B； PDB构建体 1–67； UniProt 63–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qa6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qa6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qa6
沉积日期 deposition_date1999-04-15
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF A CONSERVED RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX
关键词 keywordsRIBOSOMAL RNA, TERTIARY STRUCTUR, E RNA-PROTEIN INTERACTION, MINOR GROOVE BINDING, ANTIBIOTIC BINDING, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.40 Å
零角强度 I(0) i0107440000.00
分子量 molecular_weight52732.0 kDa
排除体积 excluded_volume53132 ų
包络体积 envelope_volume72282 ų
水化壳体积 shell_volume24771 ų
包络直径 envelope_diameter93.8 Å
壳层 Rg shell_rg31.26 Å
包络 Rg envelope_rg25.16 Å
形状 Rg shape_rg25.36 Å
总 Rg total_rg25.86 Å
总原子数 total_atoms3482
残基数 n_residues250
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.9 Å
Rg (实空间) rg_real25.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal107400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6800
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.2 Å
偏度 Skewness skewness0.429
峰度 Kurtosis kurtosis-0.301
角度范围 angular_range— – 0.3100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5462000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.164; Positv: 1.000; Valcen: 0.891; Smooth: 0.949
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1qa6a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.7 — Ribosomal protein L11, C-terminal domain
家族 Family familya.4.7.1 — Ribosomal protein L11, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1qa6b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.7 — Ribosomal protein L11, C-terminal domain
家族 Family familya.4.7.1 — Ribosomal protein L11, C-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1qa6A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily250 — Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain
结构域编号 domain_id1qa6B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily250 — Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)