SAXSdb — 1qhh

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qhh
沉积日期 deposition_date	1999-05-14
结构标题 title	STRUCTURE OF DNA HELICASE WITH ADPNP
关键词 keywords	DNA REPAIR, DNA REPLICATION, SOS RESPONSE, HELICASE, ATP-BINDING, DNA-BINDING, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.72 Å
零角强度 I(0) i0	85136500.00
分子量 molecular_weight	72246.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90453 Å³
包络体积 envelope_volume	113740 Å³
水化壳体积 shell_volume	33743 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.43 Å
包络 Rg envelope_rg	27.49 Å
形状 Rg shape_rg	27.73 Å
总 Rg total_rg	28.45 Å
总原子数 total_atoms	5197
残基数 n_residues	623
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.3 Å
Rg (实空间) rg_real	28.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	85140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9078
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.192
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.550
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.922

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (PCRA (SUBUNIT))
分子量 formula_weight	18850.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5291

MNFLSEQLLAHLNKEQQEAVRTTEGPLLIMAGAGSGKTRVLTHRIAYLMAEKHVAPWNILAITFTNKAAREMRERVQSLLGGAAEDVWISTFHSMCVRILRRDIDRIGINRNFSILDPTDQLSVMKTILKEKNIDPKKFEPRTILGTISAAKNELLPPEQFAKRAST

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (PCRA (SUBUNIT))
分子量 formula_weight	32419.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

YYEKVVSDVYQEYQQRLLRNHSLDFDDLIMTTIQLFDRVPDVLHYYQYKFQYIHIDEYQDTNRAQYTLVKKLAERFQNICAVGDADQSIYRWRGADIQNILSFERDYPNAKVILLEQNYRSTKRILQAANEVIEHNVNRKPKRIWTENPEGKPILYYEAMNEADEAQFVAGRIREAVERGERRYRDFAVLYRTNAQSRVMEEMLLKANIPYQIVGGLKFYDRKEIKDILAYLRVIANPDDDLSLLRIINVPKRGIGASTIDKLVRYAADHELS

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (PCRA (SUBUNIT))
分子量 formula_weight	12821.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

LFEALGELEMIGLGAKAAGALAAFRSQLEQWTQLQEYVSVTELVEEVLDKSGYREMLKAERTIEAQSRLENLDEFLSVTKHFENVSDDKSLIAFLTDLALISDLDELDGTEQAAE

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (PCRA (SUBUNIT))
分子量 formula_weight	18557.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GDAVMLMTLHAAKGLEFPVVFLIGMEEGIFPHNRSLEDDDEMEEERRLAYVGITRAEEELVLTSAQMRTLFGNIQMDPPSRFLNEIPAHLLETASRRQAGASRPAVSRPQASGAVGSWKVGDRANHRKWGIGTVVSVRGGGDDQELDIAFPSPIGIKRLLAKFAPIEKV

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1qhh.1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1qhhA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1qhhC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	486 — PCRA; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PCRA; domain 4

结构域编号 domain_id	1qhhD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	138.936 Å
晶胞边长 b length_b	138.936 Å
晶胞边长 c length_c	111.642 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2850

fit	/app/data/saxs_computation/qh/1qhh/1qhh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qh/1qhh/1qhh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qh/1qhh/1qhh.dat

STRUCTURE OF DNA HELICASE WITH ADPNP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)