1qk0

CEL6A WITH A NON-HYDROLYSABLE CELLOTETRAOSE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 123.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CELLOBIOHYDROLASE CEL6A (FORMERLY CALLED CBH II)

TRICHODERMA REESEI

UniProt P07987

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 109–471 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 85-447 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 7 CO COBALT (II) ION × 1 IOB 3-IODO-BENZYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;20% PEG6000, 20MM MES BUFFER PH6.0, 10MM COCL2., pH 6.00 分辨率 2.10 Å R-free 0.221
2 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 109–471 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 85-447 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-xylopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 7 CO COBALT (II) ION × 1 IOB 3-IODO-BENZYL ALCOHOL × 1 IOD IODIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;20% PEG6000, 20MM MES BUFFER PH6.0, 10MM COCL2., pH 6.00 分辨率 2.10 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GUX2_TRIRE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–363; UniProt 109–471 作者链 B; PDB构建体 1–363; UniProt 109–471

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qk0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qk0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qk0
沉积日期 deposition_date1999-07-08
结构标题 titleCEL6A WITH A NON-HYDROLYSABLE CELLOTETRAOSE
关键词 keywordsHYDROLASE, GLYCOSIDASE, GLYCOPROTEIN; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.45
零角强度 I(0) i0104754000.00
分子量 molecular_weight82165.0 kDa
排除体积 excluded_volume101860 ų
包络体积 envelope_volume130320 ų
水化壳体积 shell_volume27470 ų
包络直径 envelope_diameter123.2
壳层 Rg shell_rg46.01
包络 Rg envelope_rg37.32
形状 Rg shape_rg38.44
总 Rg total_rg38.90
总原子数 total_atoms5765
残基数 n_residues726
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax123.2
Rg (实空间) rg_real38.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11
I(0) (实空间) i0_real1.0480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal104700000.0000
解质量估计 total_estimate0.6638
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.1
偏度 Skewness skewness0.228
峰度 Kurtosis kurtosis-1.187
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha51500000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.098; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.438; Smooth: 0.892

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1qk0a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.6.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases
家族 Family familyc.6.1.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases
结构域编号 domain_idd1qk0b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.6.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases
家族 Family familyc.6.1.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1qk0A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — 1, 4-beta cellobiohydrolase
结构域编号 domain_id1qk0B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — 1, 4-beta cellobiohydrolase

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)