1qk0

CEL6A WITH A NON-HYDROLYSABLE CELLOTETRAOSE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 123.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qk0
沉积日期 deposition_date	1999-07-08
结构标题 title	CEL6A WITH A NON-HYDROLYSABLE CELLOTETRAOSE
关键词 keywords	HYDROLASE, GLYCOSIDASE, GLYCOPROTEIN; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.45 Å
零角强度 I(0) i0	104754000.00
分子量 molecular_weight	82165.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101860 Å³
包络体积 envelope_volume	130320 Å³
水化壳体积 shell_volume	27470 Å³
包络直径 envelope_diameter	123.2 Å
壳层 Rg shell_rg	46.01 Å
包络 Rg envelope_rg	37.32 Å
形状 Rg shape_rg	38.44 Å
总 Rg total_rg	38.90 Å
总原子数 total_atoms	5765
残基数 n_residues	726
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.2 Å
Rg (实空间) rg_real	38.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	104700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6638
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.228
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.187
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.098; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.438; Smooth: 0.892

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	CELLOBIOHYDROLASE CEL6A (FORMERLY CALLED CBH II)
分子量 formula_weight	38911.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.91
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6276

TATYSGNPFVGVTPWANAYYASEVSSLAIPSLTGAMATAAAAVAKVPSFMWLDTLDKTPLMEQTLADIRTANKNGGNYAGQFVVYDLPDRDCAALASNGEYSIADGGVAKYKNYIDTIRQIVVEYSDIRTLLVIEPDSLANLVTNLGTPKCANAQSAYLECINYAVTQLNLPNVAMYLDAGHAGWLGWPANQDPAAQLFANVYKNASSPRALRGLATNVANYNGWNITSPPSYTQGNAVYNEKLYIHAIGPLLANHGWSNAFFITDQGRSGKQPTGQQQWGDWCNVIGTGFGIRPSANTGDSLLDSFVWVKPGGECDGTSDSSAPRFDSHCALPDALQPAPQAGAWFQAYFVQLLTNANPSFL

来源 Source

来源生物 organism	TRICHODERMA REESEI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	51453
宿主生物 host_organism	TRICHODERMA REESEI

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose
分子量 formula_weight	312.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-xylopyranose
分子量 formula_weight	312.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

Entity 6 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	3-IODO-BENZYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	234.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	511

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1qk0a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.6.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases
家族 Family family	c.6.1.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases

结构域编号 domain_id	d1qk0b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.6.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases
家族 Family family	c.6.1.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1qk0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — 1, 4-beta cellobiohydrolase

结构域编号 domain_id	1qk0B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — 1, 4-beta cellobiohydrolase

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	48.500 Å
晶胞边长 b length_b	74.690 Å
晶胞边长 c length_c	91.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2210

fit	/app/data/saxs_computation/qk/1qk0/1qk0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qk/1qk0/1qk0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qk/1qk0/1qk0.dat