1qlk

SOLUTION STRUCTURE OF CA(2+)-LOADED RAT S100B (BETABETA) NMR, 20 STRUCTURES

Method: SOLUTION NMR Dmax: 59.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-100 PROTEIN

Rattus norvegicus

UniProt P04631

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–91 链 B; UniProt 1–91 片段:SUBUNITS A AND B CA CALCIUM ION × 4 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.5;310 K;离子强度(mmCIF原始值)22mM;压力 ATMOSPHERIC NMR样品组成:WATER 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S100B_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–92; UniProt 1–91 作者链 B; PDB构建体 2–92; UniProt 1–91

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qlk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qlk
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qlk
沉积日期 deposition_date1997-09-26
结构标题 titleSOLUTION STRUCTURE OF CA(2+)-LOADED RAT S100B (BETABETA) NMR, 20 STRUCTURES
关键词 keywordsS100BETA, S100B, EF-HAND, S100 PROTEIN, CALCIUM-BINDING PROTEIN, FOUR-HELIX BUNDLE, CALCIUM-BINDING; CALCIUM-BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.12
零角强度 I(0) i02724980000.00
分子量 molecular_weight432320.0 kDa
排除体积 excluded_volume534150 ų
包络体积 envelope_volume59818 ų
水化壳体积 shell_volume24124 ų
包络直径 envelope_diameter67.0
壳层 Rg shell_rg27.33
包络 Rg envelope_rg20.31
形状 Rg shape_rg18.13
总 Rg total_rg18.22
总原子数 total_atoms58679
残基数 n_residues3680
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.6
Rg (实空间) rg_real18.61
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real2.7250e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.62
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2725000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8841
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.0
偏度 Skewness skewness0.149
峰度 Kurtosis kurtosis-0.469
角度范围 angular_range— – 0.4250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha778100.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1qlka_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins
结构域编号 domain_idd1qlkb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1qlkA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1qlkB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)