SAXSdb — 1qsv

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 129–229	片段：SECOND EXTRACELLULAR IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 AMBIENT NMR样品组成：1MM FLT-1(DOMAIN2) U-15N,13C; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS NMR样品组成：1MM FLT-1(DOMAIN2) U-15N; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1QSV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FLT VEGF IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1997-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 X 132–226（95 aa）片段：SECOND EXTRACELLULAR IGG LIKE DOMAIN, RESIDUES 129 - 229 链 Y 132–226（95 aa）片段：SECOND EXTRACELLULAR IGG LIKE DOMAIN, RESIDUES 129 - 229	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.261
1FLT VEGF IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1997-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 X 132–226（95 aa）片段：SECOND EXTRACELLULAR IGG LIKE DOMAIN, RESIDUES 129 - 229 链 Y 132–226（95 aa）片段：SECOND EXTRACELLULAR IGG LIKE DOMAIN, RESIDUES 129 - 229	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.261
1QSZ THE VEGF-BINDING DOMAIN OF FLT-1 (MINIMIZED MEAN) 提交 1999-06-24	实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 129–229（101 aa）片段：SECOND EXTRACELLULAR IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 1MM FLT-1(DOMAIN2) U-15N,13C; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS NMR样品组成 1MM FLT-1(DOMAIN2) U-15N; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS NMR样品组成 1MM FLT-1(DOMAIN2) 15% 13C; PHOSPHATE BUFFERED SALINE, PH 5.7; 50UM EDTA; 100UM NAN3; 50UM DSS	分辨率未提供
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 X 129–229（101 aa）片段：DOMAIN 2 链 Y 129–229（101 aa）片段：DOMAIN 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 T 129–229（101 aa）片段：DOMAIN 2 链 U 129–229（101 aa）片段：DOMAIN 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 T 129–229（101 aa）片段：DOMAIN 2 链 U 129–229（101 aa）片段：DOMAIN 2 链 X 129–229（101 aa）片段：DOMAIN 2 链 Y 129–229（101 aa）片段：DOMAIN 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1RV6 Crystal Structure of PlGF in Complex with Domain 2 of VEGFR1 提交 2003-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 X 130–229（100 aa）片段：domain-2 链 Y 130–229（100 aa）片段：domain-2	未记录	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.45 Å R-free 0.260
2XAC Structural Insights into the Binding of VEGF-B by VEGFR-1D2: Recognition and Specificity 提交 2010-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 129–226（98 aa）片段：DOMAIN 2, RESIDUES 129-226 链 X 129–226（98 aa）片段：DOMAIN 2, RESIDUES 129-226	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；14% PEG 4000, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.6 AND 0.2M LICL	分辨率 2.71 Å R-free 0.364
3HNG Crystal structure of VEGFR1 in complex with N-(4-Chlorophenyl)-2-((pyridin-4-ylmethyl)amino)benzamide 提交 2009-05-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 801–1158（358 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP residues 801-1158	未记录	8ST N-(4-chlorophenyl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]benzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M potassium formate, 20% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
4CKV Crystal structure of VEGFR-1 domain 2 in presence of Zn 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 132–225（94 aa）片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-225	未记录	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；VAPOR DIFFUSION METHOD, MOTHER LIQUOR:1MM VEGFR-1-D2,0.1%(W/V) DDM,4MM LAXAPHYCINE-A,5MM HEPES/NAOH PH 7.5. RESERVOIR:18% (W/V) PEG8000,100MM HEPES/NAOH PH 7.5, 18C	分辨率 2.06 Å R-free 0.205
4CL7 Crystal structure of VEGFR-1 domain 2 in presence of Cobalt 提交 2014-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–225（94 aa）片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-225 链 C 132–225（94 aa）片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-225	未记录	CO COBALT (II) ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；CRYSTAL WERE OBTAINED BY HANGING DROP METHOD FROM 1MM VEGFR1-D2, 5MM HEPES/NAOH PH7.0, 10MM COCL2, 100 MM BIS-TRIS/HCL PH6.5 15%(W/V) PEG3350.	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
4CL7 Crystal structure of VEGFR-1 domain 2 in presence of Cobalt 提交 2014-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 132–225（94 aa）片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-225 链 D 132–225（94 aa）片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-225	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；CRYSTAL WERE OBTAINED BY HANGING DROP METHOD FROM 1MM VEGFR1-D2, 5MM HEPES/NAOH PH7.0, 10MM COCL2, 100 MM BIS-TRIS/HCL PH6.5 15%(W/V) PEG3350.	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
5ABD CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR-1 DOMAIN 2 IN PRESENCE OF CU 提交 2015-08-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 132–226（95 aa）片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-226	未记录	NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；VAPOR DIFFUSION METHOD, MOTHER LIQUOR: 1.5MICROM VERGFR1-D2, 15MM TRIS/HCL PH 8.1, 25MM NACL, 5MM CUSO4 RESERVOIR: 19.5% (W/V) PEG8000, 100MM SA,	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
5ABD CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR-1 DOMAIN 2 IN PRESENCE OF CU 提交 2015-08-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 132–226（95 aa）片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-226	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；VAPOR DIFFUSION METHOD, MOTHER LIQUOR: 1.5MICROM VERGFR1-D2, 15MM TRIS/HCL PH 8.1, 25MM NACL, 5MM CUSO4 RESERVOIR: 19.5% (W/V) PEG8000, 100MM SA,	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
5ABD CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR-1 DOMAIN 2 IN PRESENCE OF CU 提交 2015-08-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 132–226（95 aa）片段：DOMAIN-2, RESIDUES 132-226	未记录	NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CU COPPER (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；VAPOR DIFFUSION METHOD, MOTHER LIQUOR: 1.5MICROM VERGFR1-D2, 15MM TRIS/HCL PH 8.1, 25MM NACL, 5MM CUSO4 RESERVOIR: 19.5% (W/V) PEG8000, 100MM SA,	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
5T89 Crystal structure of VEGF-A in complex with VEGFR-1 domains D1-6 提交 2016-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 X 27–656（630 aa）链 Y 27–656（630 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；10-14% PEG3000 200 mM calcium chloride 100 mM MES pH 6.5	分辨率 4.00 Å R-free 0.315

共 10 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGFR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–101； UniProt 129–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qsv
沉积日期 deposition_date	1999-06-23
结构标题 title	THE VEGF-BINDING DOMAIN OF FLT-1, 20 NMR STRUCTURES
关键词 keywords	IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN, I-SET, VEGF RECEPTOR, HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.63 Å
零角强度 I(0) i0	700641000.00
分子量 molecular_weight	230490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	291250 Å³
包络体积 envelope_volume	27766 Å³
水化壳体积 shell_volume	14511 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.6 Å
壳层 Rg shell_rg	22.14 Å
包络 Rg envelope_rg	17.16 Å
形状 Rg shape_rg	13.61 Å
总 Rg total_rg	13.84 Å
总原子数 total_atoms	32700
残基数 n_residues	2020
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.3 Å
Rg (实空间) rg_real	13.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	700600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6943
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	16.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.441
峰度 Kurtosis kurtosis	0.062
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	229300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.434; Stabil: 0.989; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.752; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1qsva_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1qsvA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
分子量 formula_weight	11538.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	32700

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

THE VEGF-BINDING DOMAIN OF FLT-1, 20 NMR STRUCTURES

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/qs/1qsv/1qsv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qs/1qsv/1qsv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qs/1qsv/1qsv.dat