1qz2

Crystal Structure of FKBP52 C-terminal Domain complex with the C-terminal peptide MEEVD of Hsp90

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FK506-binding protein 4

Homo sapiens

UniProt Q02790

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 144–458 链 B; UniProt 144–458 链 C; UniProt 144–458 片段:FKBP52 C-terminal Domain 5-mer peptide from Heat shock protein HSP 90 × 2 (P08238) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;291 K;Sodium Citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 3.00 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKBP4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 22–336; UniProt 144–458 作者链 B; PDB构建体 22–336; UniProt 144–458 作者链 C; PDB构建体 22–336; UniProt 144–458

5-mer peptide from Heat shock protein HSP 90

物种未注明

UniProt P08238

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 719–723 链 H; UniProt 719–723 未记录 FK506-binding protein 4 × 3 (Q02790) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;291 K;Sodium Citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 3.00 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HS90B_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–5; UniProt 719–723 作者链 H; PDB构建体 1–5; UniProt 719–723

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qz2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qz2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qz2
沉积日期 deposition_date2003-09-15
结构标题 titleCrystal Structure of FKBP52 C-terminal Domain complex with the C-terminal peptide MEEVD of Hsp90
关键词 keywordsIsomerase, Rotamase, chaperone, Heat shock, ISOMERASE-CHAPERONE COMPLEX; ISOMERASE/CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.00
零角强度 I(0) i0156718000.00
分子量 molecular_weight99428.0 kDa
排除体积 excluded_volume124240 ų
包络体积 envelope_volume194650 ų
水化壳体积 shell_volume44069 ų
包络直径 envelope_diameter110.8
壳层 Rg shell_rg43.99
包络 Rg envelope_rg34.65
形状 Rg shape_rg36.99
总 Rg total_rg37.58
总原子数 total_atoms7004
残基数 n_residues865
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.8
Rg (实空间) rg_real37.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real1.5670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal156700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9074
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.7
偏度 Skewness skewness-0.077
峰度 Kurtosis kurtosis-0.870
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha9649000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.929

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_idd1qz2a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.8 — TPR-like
家族 Family familya.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)
结构域编号 domain_idd1qz2a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.1 — FKBP-like
家族 Family familyd.26.1.1 — FKBP immunophilin/proline isomerase
结构域编号 domain_idd1qz2a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1qz2b1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.8 — TPR-like
家族 Family familya.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)
结构域编号 domain_idd1qz2b2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.1 — FKBP-like
家族 Family familyd.26.1.1 — FKBP immunophilin/proline isomerase
结构域编号 domain_idd1qz2b3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1qz2c1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.8 — TPR-like
家族 Family familya.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)
结构域编号 domain_idd1qz2c2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.1 — FKBP-like
家族 Family familyd.26.1.1 — FKBP immunophilin/proline isomerase
结构域编号 domain_idd1qz2c3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1qz2A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id1qz2A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id1qz2B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id1qz2B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id1qz2C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id1qz2C02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)