1r27

Crystal Structure of NarGH complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 1 （P11349） MOLYBDENUM ATOM × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 1 （P11349） MOLYBDENUM ATOM × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 8 （P11349） MOLYBDENUM ATOM × 8 IRON/SULFUR CLUSTER × 32 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 16 FE3-S4 CLUSTER × 8 water × 16	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 4 （P11349） MOLYBDENUM ATOM × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 16 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 8 FE3-S4 CLUSTER × 4 water × 8	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Respiratory nitrate reductase 1 beta chain × 2 （P11349） MOLYBDENUM ATOM × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 4 FE3-S4 CLUSTER × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NARG_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1246； UniProt 1–1246 作者链 C； PDB构建体 1–1246； UniProt 1–1246

Respiratory nitrate reductase 1 beta chain

物种未注明

UniProt P11349

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 1 （P09152） MOLYBDENUM ATOM × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 1 （P09152） MOLYBDENUM ATOM × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 8 （P09152） MOLYBDENUM ATOM × 8 IRON/SULFUR CLUSTER × 32 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 16 FE3-S4 CLUSTER × 8 water × 16	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 4 （P09152） MOLYBDENUM ATOM × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 16 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 8 FE3-S4 CLUSTER × 4 water × 8	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain × 2 （P09152） MOLYBDENUM ATOM × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 4 FE3-S4 CLUSTER × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NARH_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–512； UniProt 1–512 作者链 D； PDB构建体 1–512； UniProt 1–512

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1r27
沉积日期 deposition_date	2003-09-26
结构标题 title	Crystal Structure of NarGH complex
关键词 keywords	beta barrel; x-ray crystallography, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1r27__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1r27__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1r27__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	79.58 Å
Rg（电子密度）	79.26 Å
总 Rg	78.99 Å
原子数	108040
残基数	13464
排除体积	1910500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1r27__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1r27__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1r27__assembly_3__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1r27__assembly_4__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1r27__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
分子量 formula_weight	140526.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.99.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	29331

SKFLDRFRYFKQKGETFADGHGQLLNTNRDWEDGYRQRWQHDKIVRSTHGVNCTGSCSWKIYVKNGLVTWETQQTDYPRTRPDLPNHEPRGCPRGASYSWYLYSANRLKYPMMRKRLMKMWREAKALHSDPVEAWASIIEDADKAKSFKQARGRGGFVRSSWQEVNELIAASNVYTIKNYGPDRVAGFSPIPAMSMVSYASGARYLSLIGGTCLSFYDWYCDLPPASPQTWGEQTDVPESADWYNSSYIIAWGSNVPQTRTPDAHFFTEVRYKGTKTVAVTPDYAEIAKLCDLWLAPKQGTDAAMALAMGHVMLREFHLDNPSQYFTDYVRRYTDMPMLVMLEERDGYYAAGRMLRAADLVDALGQENNPEWKTVAFNTNGEMVAPNGSIGFRWGEKGKWNLEQRDGKTGEETELQLSLLGSQDEIAEVGFPYFGGDGTEHFNKVELENVLLHKLPVKRLQLADGSTALVTTVYDLTLANYGLERGLNDVNCATSYDDVKAYTPAWAEQITGVSRSQIIRIAREFADNADKTHGRSMIIVGAGLNHWYHLDMNYRGLINMLIFCGCVGQSGGGWAHYVGQEKLRPQTGWQPLAFALDWQRPARHMNSTSYFYNHSSQWRYETVTAEELLSPMADKSRYTGHLIDFNVRAERMGWLPSAPQLGTNPLTIAGEAEKAGMNPVDYTVKSLKEGSIRFAAEQPENGKNHPRNLFIWRSNLLGSSGKGHEFMLKYLLGTEHGIQGKDLGQQGGVKPEEVDWQDNGLEGKLDLVVTLDFRLSSTCLYSDIILPTATWYEKDDMNTSDMHPFIHPLSAAVDPAWEAKSDWEIYKAIAKKFSEVCVGHLGKETDIVTLPIQHDSAAELAQPLDVKDWKKGECDLIPGKTAPHIMVVERDYPATYERFTSIGPLMEKIGNGGKGIAWNTQSEMDLLRKLNYTKAEGPAKGQPMLNTAIDAAEMILTLAPETNGQVAVKAWAALSEFTGRDHTHLALNKEDEKIRFRDIQAQPRKIISSPTWSGLEDEHVSYNAGYTNVHELIPWRTLSGRQQLYQDHQWMRDFGESLLVYRPPIDTRSVKEVIGQKSNGNQEKALNFLTPHQKWGIHSTYSDNLLMLTLGRGGPVVWLSEADAKDLGIADNDWIEVFNSNGALTARAVVSQRVPAGMTMMYHAQERIVNLPGSEITQQRGGIHNSVTRITPKPTHMIGGYAHLAYGFNYYGTVGSNRDEFVVVRKMKNIDWLDGEGNDQVQESVK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Respiratory nitrate reductase 1 beta chain
分子量 formula_weight	58140.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.99.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MKIRSQVGMVLNLDKCIGCHTCSVTCKNVWTSREGVEYAWFNNVETKPGQGFPTDWENQEKYKGGWIRKINGKLQPRMGNRAMLLGKIFANPHLPGIDDYYEPFDFDYQNLHTAPEGSKSQPIARPRSLITGERMAKIEKGPNWEDDLGGEFDKLAKDKNFDNIQKAMYSQFENTFMMYLPRLCEHCLNPACVATCPSGAIYKREEDGIVLIDQDKCRGWRMCITGCPYKKIYFNWKSGKSEKCIFCYPRIEAGQPTVCSETCVGRIRYLGVLLYDADAIERAASTENEKDLYQRQLDVFLDPNDPKVIEQAIKDGIPLSVIEAAQQSPVYKMAMEWKLALPLHPEYRTLPMVWYVPPLSPIQSAADAGELGSNGILPDVESLRIPVQYLANLLTAGDTKPVLRALKRMLAMRHYKRAETVDGKVDTRALEEVGLTEAQAQEMYRYLAIANYEDRFVVPSSHRELAREAFPEKNGCGFTFGDGCHGSDTKFNLFNSRRIDAIDVTSKTEPHP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM ATOM
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2321

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1r27a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.2 — ADC-like
家族 Family family	b.52.2.2 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1r27a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.81 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
超家族 Superfamily superfamily	c.81.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
家族 Family family	c.81.1.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3

结构域编号 domain_id	d1r27b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1r27c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.2 — ADC-like
家族 Family family	b.52.2.2 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1r27c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.81 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
超家族 Superfamily superfamily	c.81.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
家族 Family family	c.81.1.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3

结构域编号 domain_id	d1r27d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1r27A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12770 — Nitrate reductase alpha subunit

结构域编号 domain_id	1r27A04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1r27B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1r27B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3650 — nitrate reductase domain fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — nitrate reductase domain like

结构域编号 domain_id	1r27C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12770 — Nitrate reductase alpha subunit

结构域编号 domain_id	1r27C04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1r27D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1r27D03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3650 — nitrate reductase domain fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — nitrate reductase domain like

▶

晶胞边长 a length_a	127.401 Å
晶胞边长 b length_b	298.300 Å
晶胞边长 c length_c	296.853 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	39.860 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2300

Crystal Structure of NarGH complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Respiratory nitrate reductase 1 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1r27__assembly_3__model_1

1r27__assembly_3__model_1 | I(q)

1r27__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of NarGH complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Respiratory nitrate reductase 1 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1r27__assembly_3__model_1

1r27__assembly_3__model_1 | I(q)

1r27__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)