1r49

Human topoisomerase I (Topo70) double mutant K532R/Y723F

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase I

Homo sapiens

UniProt P11387

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 174–765 片段:Topo70 突变:K532R, Y723F 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3' × 1 5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3' × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;298 K;PEG 3350 MME, Magnesium chloride, MES, TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K 分辨率 3.13 Å R-free 0.339

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–592; UniProt 174–765

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1r49

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1r49
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1r49
沉积日期 deposition_date2003-10-03
结构标题 titleHuman topoisomerase I (Topo70) double mutant K532R/Y723F
关键词 keywordsProtein, DNA, topoisomerase I, Isomerase-DNA COMPLEX; Isomerase/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.89
零角强度 I(0) i0120965000.00
分子量 molecular_weight77893.0 kDa
排除体积 excluded_volume93718 ų
包络体积 envelope_volume126670 ų
水化壳体积 shell_volume37107 ų
包络直径 envelope_diameter108.5
壳层 Rg shell_rg35.37
包络 Rg envelope_rg29.17
形状 Rg shape_rg28.86
总 Rg total_rg29.56
总原子数 total_atoms5424
残基数 n_residues592
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.0
Rg (实空间) rg_real28.76
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.79
I(0) (实空间) i0_real1.2100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal121000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8632
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.5
偏度 Skewness skewness0.419
峰度 Kurtosis kurtosis-0.027
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17970000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.982

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1r49a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamilya.2.8 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, dispensable insert domain
家族 Family familya.2.8.1 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, dispensable insert domain
结构域编号 domain_idd1r49a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamilyd.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family familyd.163.1.2 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core
结构域编号 domain_idd1r49a3
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.15 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment
超家族 Superfamily superfamilye.15.1 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment
家族 Family familye.15.1.1 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1r49A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology11 — DNA Topoisomerase I; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA Topoisomerase I, domain 2
结构域编号 domain_id1r49A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily41 — Yeast DNA topoisomerase - domain 1
结构域编号 domain_id1r49A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology15 — Topoisomerase I; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Topoisomerase I; Chain A, domain 3
结构域编号 domain_id1r49A04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)