1r4l

Inhibitor Bound Human Angiotensin Converting Enzyme-Related Carboxypeptidase (ACE2)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1r4l
沉积日期 deposition_date	2003-10-07
结构标题 title	Inhibitor Bound Human Angiotensin Converting Enzyme-Related Carboxypeptidase (ACE2)
关键词 keywords	;zinc metallopeptidase domain, collectrin homology domain, inhibitor bound conformation, chloride ion binding site, zinc ion binding site, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.02 Å
零角强度 I(0) i0	90617400.00
分子量 molecular_weight	73880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	91806 Å³
包络体积 envelope_volume	110990 Å³
水化壳体积 shell_volume	35540 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.60 Å
包络 Rg envelope_rg	25.62 Å
形状 Rg shape_rg	25.02 Å
总 Rg total_rg	25.88 Å
总原子数 total_atoms	5205
残基数 n_residues	655
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.7 Å
Rg (实空间) rg_real	26.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	90620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8591
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.273
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.241
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	angiotensin I converting enzyme 2
分子量 formula_weight	70999.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5218

MSSSSWLLLSLVAVTAAQSTIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLASWNYNTNITEENVQNMNNAGDKWSAFLKEQSTLAQMYPLQEIQNLTVKLQLQALQQNGSSVLSEDKSKRLNTILNTMSTIYSTGKVCNPDNPQECLLLEPGLNEIMANSLDYNERLWAWESWRSEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARANHYEDYGDYWRGDYEVNGVDGYDYSRGQLIEDVEHTFEEIKPLYEHLHAYVRAKLMNAYPSYISPIGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFGQKPNIDVTDAMVDQAWDAQRIFKEAEKFFVSVGLPNMTQGFWENSMLTDPGNVQKAVCHPTAWDLGKGDFRILMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIQYDMAYAAQPFLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPKHLKSIGLLSPDFQEDNETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKDQWMKKWWEMKREIVGVVEPVPHDETYCDPASLFHVSNDYSFIRYYTRTLYQFQFQEALCQAAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLFNMLRLGKSEPWTLALENVVGAKNMNVRPLLNYFEPLFTWLKDQNKNSFVGWSTDWSPYAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	disordered segment of collectrin homology domain
分子量 formula_weight	528.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

XXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	disordered segment of collectrin homology domain
分子量 formula_weight	1720.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	disordered segment of collectrin homology domain
分子量 formula_weight	1549.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

XXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 5 polymer

描述 description	disordered segment of collectrin homology domain
分子量 formula_weight	1209.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

XXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	(S,S)-2-{1-CARBOXY-2-[3-(3,5-DICHLORO-BENZYL)-3H-IMIDAZOL-4-YL]-ETHYLAMINO}-4-METHYL-PENTANOIC ACID
分子量 formula_weight	428.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1r4la_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.5 — Neurolysin-like

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	100.531 Å
晶胞边长 b length_b	86.509 Å
晶胞边长 c length_c	105.858 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.65 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	43.260 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2530
R_free r_free	0.3370

fit	/app/data/saxs_computation/r4/1r4l/1r4l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r4/1r4l/1r4l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r4/1r4l/1r4l.dat

Inhibitor Bound Human Angiotensin Converting Enzyme-Related Carboxypeptidase (ACE2)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)