1r6g

Crystal structure of the thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in complex with a beta selective compound

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thyroid hormone receptor beta-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 203–461	片段：ligand binding domain	442 2-[3,5-DIBROMO-4-(4-HYDROXY-3-{HYDROXY[(2-PHENYLETHYL)AMINO]METHYL}PHENOXY)PHENYL]ETHANE-1,1-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；Sodium acetate, sodium cacodylate , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.347

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1R6G	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BSX STRUCTURE AND SPECIFICITY OF NUCLEAR RECEPTOR-COACTIVATOR INTERACTIONS 提交 1998-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	未记录	T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.9；pH 4.9	分辨率 3.70 Å R-free 0.299
1BSX STRUCTURE AND SPECIFICITY OF NUCLEAR RECEPTOR-COACTIVATOR INTERACTIONS 提交 1998-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	未记录	T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.9；pH 4.9	分辨率 3.70 Å R-free 0.299
1N46 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH A POTENT SUBTYPE-SELECTIVE THYROMIMETIC 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 204–461（258 aa）链 B 204–461（258 aa）	未记录	PFA [4-(4-HYDROXY-3-ISOPROPYL-PHENOXY)-3,5-DIMETHYL-PHENYL]-6-AZAURACIL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0, temperature 100K	分辨率 2.20 Å R-free 0.256
1NAX Thyroid receptor beta1 in complex with a beta-selective ligand 提交 2002-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 209–460（252 aa）片段：Ligand binding domain (residues 209-460)	未记录	IH5 {3,5-DICHLORO-4-[4-HYDROXY-3-(PROPAN-2-YL)PHENOXY]PHENYL}ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulphate, TRIS, NDSB-201, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.237
1NAX Thyroid receptor beta1 in complex with a beta-selective ligand 提交 2002-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–460（252 aa）片段：Ligand binding domain (residues 209-460)	未记录	IH5 {3,5-DICHLORO-4-[4-HYDROXY-3-(PROPAN-2-YL)PHENOXY]PHENYL}ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulphate, TRIS, NDSB-201, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.237
1NQ0 TR Receptor Mutations Conferring Hormone Resistance and Reduced Corepressor Release Exhibit Decreased Stability in the Nterminal LBD 提交 2003-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	突变：A234T	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 1 ARS ARSENIC × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；700 mM sodium acetate, 100mM Sodium Cacodylate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
1NQ0 TR Receptor Mutations Conferring Hormone Resistance and Reduced Corepressor Release Exhibit Decreased Stability in the Nterminal LBD 提交 2003-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	突变：A234T	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 2 ARS ARSENIC × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；700 mM sodium acetate, 100mM Sodium Cacodylate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
1NQ1 TR Receptor Mutations Conferring Hormone Resistance and Reduced Corepressor Release Exhibit Decreased Stability in the Nterminal LBD 提交 2003-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	突变：R243Q	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 1 ARS ARSENIC × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；700 mM sodium acetate, 100mM Sodium Cacodylate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.287
1NQ1 TR Receptor Mutations Conferring Hormone Resistance and Reduced Corepressor Release Exhibit Decreased Stability in the Nterminal LBD 提交 2003-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	突变：R243Q	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 2 ARS ARSENIC × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；700 mM sodium acetate, 100mM Sodium Cacodylate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.287
1NQ2 Two RTH Mutants with Impaired Hormone Binding 提交 2003-01-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	未记录	NA SODIUM ION × 1 4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 1 ARS ARSENIC × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；700 mM sodium acetate, 200mM sodium succinate 100mM sodium cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
1NQ2 Two RTH Mutants with Impaired Hormone Binding 提交 2003-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	未记录	NA SODIUM ION × 2 4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 2 ARS ARSENIC × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；700 mM sodium acetate, 200mM sodium succinate 100mM sodium cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
1NUO Two RTH Mutants with Impaired Hormone Binding 提交 2003-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 201–461（261 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	未记录	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；800 mM sodium acetate, 100mM Sodium Cacodylate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.302
1Q4X Crystal Structure of Human Thyroid Hormone Receptor beta LBD in complex with specific agonist GC-24 提交 2003-08-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 209–461（253 aa）片段：Ligand Binding Domain	未记录	G24 [4-(3-BENZYL-4-HYDROXYBENZYL)-3,5-DIMETHYLPHENOXY]ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；291 K；PEG 3350, sodium acetate, glucose, cymal-2, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.264
1XZX Thyroxine-Thyroid Hormone Receptor Interactions 提交 2004-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 202–461（260 aa）片段：ligand binding domain (residues 202-461)	未记录	CAC CACODYLATE ION × 6 T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；279 K；sodium acetate, cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.50 Å R-free 0.244
1XZX Thyroxine-Thyroid Hormone Receptor Interactions 提交 2004-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 202–461（260 aa）片段：ligand binding domain (residues 202-461)	未记录	CAC CACODYLATE ION × 12 T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；279 K；sodium acetate, cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.50 Å R-free 0.244
1Y0X Thyroxine-Thyroid Hormone Receptor Interactions 提交 2004-11-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 202–461（260 aa）片段：ligand binding domain (residues 202-461)	未记录	CAC CACODYLATE ION × 6 T44 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；279 K；sodium acetate, cacodylate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
1Y0X Thyroxine-Thyroid Hormone Receptor Interactions 提交 2004-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 202–461（260 aa）片段：ligand binding domain (residues 202-461)	未记录	CAC CACODYLATE ION × 12 T44 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；279 K；sodium acetate, cacodylate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
2J4A Human Thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in complex with KB131084 提交 2006-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 209–461（253 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 209-461	突变：YES	OEF 3,5-DIBROMO-4-(3-ISOPROPYL-PHENOXY)BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.45 M AMMONIUMSULFATE, 100 MMTRIS PH8.0, 100MM NDSB	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
2NLL RETINOID X RECEPTOR-THYROID HORMONE RECEPTOR DNA-BINDING DOMAIN HETERODIMER BOUND TO THYROID RESPONSE ELEMENT DNA 提交 1996-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 104–206（103 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALLIZED FROM 40% PEG 3350 25 MM IMADAZOLE BUFFER, PH 7.0, 400 MM NH4CL, 10 MM DTT, AND 5 MM MGCL2	分辨率 1.90 Å R-free 0.269
2PIN Thyroid receptor beta in complex with inhibitor 提交 2007-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–461（253 aa）片段：Ligand-binding domain (residues 209-461) 链 B 209–461（253 aa）片段：Ligand-binding domain (residues 209-461)	突变：D355R 突变：D355R	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 2 LEG 1-(4-HEXYLPHENYL)PROP-2-EN-1-ONE × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3D57 TR Variant D355R 提交 2008-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–460（252 aa）片段：C-terminal domain 链 B 209–460（252 aa）片段：C-terminal domain	突变：D355R 突变：D355R	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
3GWS Crystal Structure of T3-Bound Thyroid Hormone Receptor 提交 2009-04-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 202–460（259 aa）片段：Ligand Binding Domain (UNP residues 202 to 460)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE, 1.4M SODIUM ACETATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
3IMY Structure of TR-beta bound to selective thyromimetic GC-1 提交 2009-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）片段：UNP residues 202-461	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B72 {4-[4-hydroxy-3-(1-methylethyl)benzyl]-3,5-dimethylphenoxy}acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；100mM NaCac, 1.2M NaAc, 200mM Na succinate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.55 Å R-free 0.271
3IMY Structure of TR-beta bound to selective thyromimetic GC-1 提交 2009-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）片段：UNP residues 202-461	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B72 {4-[4-hydroxy-3-(1-methylethyl)benzyl]-3,5-dimethylphenoxy}acetic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；100mM NaCac, 1.2M NaAc, 200mM Na succinate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.55 Å R-free 0.271
3JZC Crystal Structure of TR-beta bound to the selective thyromimetic TRIAC 提交 2009-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）片段：UNP residues 202-461, Ligand Binding Domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；291 K；100mM Sodium Cacodylate, 1.4M sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
4ZO1 Crystal Structure of the T3-bound TR-beta Ligand-binding Domain in complex with RXR-alpha 提交 2015-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 210–461（252 aa）片段：ligand binding domain unp residues 210-461	未记录	T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；20% PEG 3350, 100 mM Tris pH 8.0, 0.1 M ammonium acetate, and 1 mM Methoprene acid	分辨率 3.22 Å R-free 0.281
6KKB A novel agonist of THRb 提交 2019-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 211–460（250 aa）	未记录	8HO 2-[(1-methyl-4-oxidanyl-7-phenoxy-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6KKE THRb mutation with a novel agonist 提交 2019-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–459（249 aa）	突变：H435L	8HO 2-[(1-methyl-4-oxidanyl-7-phenoxy-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.58 Å R-free 0.217
6KNU THRb mutation with a novel agonist 提交 2019-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–460（250 aa）	突变：V264D	8HO 2-[(1-methyl-4-oxidanyl-7-phenoxy-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0M Sodium formate	分辨率 2.70 Å R-free 0.231
6KNV THRb mutation with a novel agonist 提交 2019-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–460（250 aa）	突变：R438W	8HO 2-[(1-methyl-4-oxidanyl-7-phenoxy-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
6KNW THRb mutation with a novel agonist 提交 2019-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–460（250 aa）	突变：R438H	8HO 2-[(1-methyl-4-oxidanyl-7-phenoxy-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM Nacl 20% PEG 4000	分辨率 2.67 Å R-free 0.244
7WLX A novel chemical derivative(53) of THRB agonist 提交 2022-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9GC 2-[[1-methoxy-4-oxidanyl-7-[4-(phenylmethyl)phenoxy]isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2% v/v tacsimate pH 5.0, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 16% w/v polyethylene glycol 3,350.	分辨率 2.39 Å R-free 0.270
7WMG A novel chemical derivative(52) of THRB agonist 提交 2022-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9IF 2-[[1-methoxy-4-oxidanyl-7-(4-phenoxyphenoxy)isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium formate pH 7.0 and 20% w/v polyethylene glycol 3,350.	分辨率 2.93 Å R-free 0.298
7WMH A novel chemical derivative(56) of THRB agonist 提交 2022-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9II 2-[[1-methoxy-4-oxidanyl-7-(4-phenylphenoxy)isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MgSO4 and 5% PEG 8000	分辨率 1.97 Å R-free 0.253
7WMJ A novel chemical derivative(71) of THRB agonist 提交 2022-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9IL 2-[[7-[2,6-dimethyl-4-(phenylcarbonyl)phenoxy]-1-methoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% v/v ethylene glycol.	分辨率 2.81 Å R-free 0.274
7WML A novel chemical derivative(85) of THRB agonist 提交 2022-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9IQ 2-[[7-[4-(3,5-dimethylphenyl)carbonyl-2,6-dimethyl-phenoxy]-1-ethoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MgSO4 and 12% PEG 6000.	分辨率 2.67 Å R-free 0.245
7WMN A novel chemical derivative(89) of THRB agonist 提交 2022-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9IT 2-[[7-[2,6-dimethyl-4-(3-methylphenyl)carbonyl-phenoxy]-1-methoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MgSO4 and 12% PEG 6000.	分辨率 2.57 Å R-free 0.261
7WMO A novel chemical derivative(92) of THRB agonist 提交 2022-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9IW 2-[[1-ethoxy-7-[4-(3-fluoranyl-5-methoxy-phenyl)carbonyl-2,6-dimethyl-phenoxy]-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium malonate pH 6.0 and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.56 Å R-free 0.241
8RQN Human thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in complex with beta-selective agonist ALG-055009 提交 2024-01-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A1H2J 6-azanyl-2-[3,5-bis(chloranyl)-4-[(6-oxidanylidene-5-propan-2-yl-1~{H}-pyridazin-3-yl)oxy]phenyl]-1,2,4-triazine-3,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.40 M NaAcetate, 0.10 M NaCacodylate pH 7.0	分辨率 2.88 Å R-free 0.262
9IX5 An agonist(compound 15n) of Thyroid Hormone Receptor B 提交 2024-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 203–461（259 aa）	未记录	A1EAC 2-[(1-methoxy-7-naphthalen-2-yloxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.35 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 22%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.65 Å R-free 0.277
9J0K An agonist(compound 14e)of Thyroid Hormone Receptor B 提交 2024-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）	未记录	A1EAE 2-[[7-[3-(aminomethyl)phenoxy]-1-methoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.7 and 13% v/v 1,4-Dioxane	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
9J0K An agonist(compound 14e)of Thyroid Hormone Receptor B 提交 2024-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 202–461（260 aa）	未记录	A1EAE 2-[[7-[3-(aminomethyl)phenoxy]-1-methoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.7 and 13% v/v 1,4-Dioxane	分辨率 2.70 Å R-free 0.275

共 33 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–259； UniProt 203–461

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1r6g
沉积日期 deposition_date	2003-10-15
结构标题 title	Crystal structure of the thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in complex with a beta selective compound
关键词 keywords	alpha helical, HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.42 Å
零角强度 I(0) i0	12931500.00
分子量 molecular_weight	27457.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34575 Å³
包络体积 envelope_volume	39803 Å³
水化壳体积 shell_volume	18156 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.0 Å
壳层 Rg shell_rg	24.77 Å
包络 Rg envelope_rg	19.02 Å
形状 Rg shape_rg	18.45 Å
总 Rg total_rg	19.30 Å
总原子数 total_atoms	1918
残基数 n_residues	239
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.1 Å
Rg (实空间) rg_real	19.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7909
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.353
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.196
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1r6ga_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1r6gA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.556 Å
晶胞边长 b length_b	68.556 Å
晶胞边长 c length_c	129.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2650
R_work r_work	0.2608
R_free r_free	0.3468

描述 description	Thyroid hormone receptor beta-1
分子量 formula_weight	29272.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1918

Crystal structure of the thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in complex with a beta selective compound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thyroid hormone receptor beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	2-[3,5-DIBROMO-4-(4-HYDROXY-3-{HYDROXY[(2-PHENYLETHYL)AMINO]METHYL}PHENOXY)PHENYL]ETHANE-1,1-DIOL
分子量 formula_weight	553.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/r6/1r6g/1r6g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r6/1r6g/1r6g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r6/1r6g/1r6g.dat