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1r8p

HPV-16 E2C solution structure

Method: SOLUTION NMR Dmax: 62.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein E2

Human papillomavirus type 16

UniProt P03120

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 286–365 链 B； UniProt 286–365 片段：DNA binding domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM Phosphate；压力 ambient NMR样品组成：1.8mM 15N-labeled HPV-16 E2C, 50mM Sodium Phosphate, 5mM DTT | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.9mM 13C,15N-labeled HPV-16 E2C, 50mM Sodium Phosphate, 5mM DTT | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.2mM 15N-labeled HPV-16 E2C, 50mM Sodium Phosphate, 5mM DTT | 6% polyacrylamide gel 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1R8P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BY9 CRYSTAL STRUCTURE OF THE E2 DNA-BINDING DOMAIN FROM HUMAN PAPILLOMAVIRUS TYPE-16: IMPLICATIONS FOR ITS DNA BINDING-SITE SELECTION MECHANISM 提交 1998-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 285–365（81 aa） 片段：DNA-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2
分辨率 2.20 Å R-free 0.220
1DTO CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLETE TRANSACTIVATION DOMAIN OF E2 PROTEIN FROM THE HUMAN PAPILLOMAVIRUS TYPE 16 提交 2000-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–201（201 aa） 片段：TRANSACTIVATION DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；291 K；monomethylether PEG 5000, NaCl, isopropanol, triethanolamine,Tris-HCl, DTT, EDTA, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.305
1ZZF The DNA-bound solution structure of HPV-16 E2 DNA-binding domain 提交 2005-06-14 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 286–365（80 aa） 片段：DNA-binding domain
链 B 286–365（80 aa） 片段：DNA-binding domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.6；318 K；离子强度（mmCIF原始值）250 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 DNA-E2C complex (15N) 0.6mM, 25mM Acetate+ 10mM Phosphate, pH 5.6, NaCl 250mM, DTT 5mM | 95% H20, 5% D2O
NMR样品组成 DNA-E2C complex (15N, 13C) 0.6mM, 25mM Acetate+ 10mM Phosphate, pH 5.6, NaCl 250mM, DTT 5mM | 95% H20, 5% D2O
NMR样品组成 DNA-E2C complex (15N) 0.2mM, 25mM Acetate+ 10mM Phosphate, pH 5.6, NaCl 250mM, DTT 5mM, Philamentosus phage 17mg/ml | 95% H20, 5% D2O
分辨率未提供
2NNU Crystal Structure of the Papillomavirus DNA Tethering Complex E2:Brd4 提交 2006-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–201（201 aa） 片段：Activation Domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；100mM citrate, 1.8-2.0M Na-acetate, 10mM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.59 Å R-free 0.233
2NNU Crystal Structure of the Papillomavirus DNA Tethering Complex E2:Brd4 提交 2006-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–201（201 aa） 片段：Activation Domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；100mM citrate, 1.8-2.0M Na-acetate, 10mM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.59 Å R-free 0.233
2Q79 Crystal Structure of single chain E2C from HPV16 with a 12aa linker for monomerization. 提交 2007-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 285–365（81 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.21；298 K；80 mM sodium citrate, 1.53 M (NH4)2SO4, 150 mM sodium and potassium tartrate, pH 5.21, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.241
3MI7 An Enhanced Repressor of Human Papillomavirus E2 Protein 提交 2010-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 283–365（83 aa） 片段：UNP residues 283-365
突变：H290E, C309S EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；100 mM sodium citrate, 100 mM ammonium acetate, 10% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.281

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VE2_HPV16
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–81； UniProt 286–365 作者链 B； PDB构建体 2–81； UniProt 286–365

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1r8p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1r8p
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1r8p
沉积日期 deposition_date2003-10-28
结构标题 titleHPV-16 E2C solution structure
关键词 keywordsdimeric beta-barrel, DNA binding protein, transcription factor, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.25 Å
零角强度 I(0) i01838390000.00
分子量 molecular_weight375600.0 kDa
排除体积 excluded_volume475150 ų
包络体积 envelope_volume68473 ų
水化壳体积 shell_volume25831 ų
包络直径 envelope_diameter72.1 Å
壳层 Rg shell_rg29.24 Å
包络 Rg envelope_rg22.23 Å
形状 Rg shape_rg17.21 Å
总 Rg total_rg17.62 Å
总原子数 total_atoms53279
残基数 n_residues3240
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.1 Å
Rg (实空间) rg_real17.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8380e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1838000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8393
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.7 Å
偏度 Skewness skewness0.294
峰度 Kurtosis kurtosis-0.230
角度范围 angular_range— – 0.4550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1056000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.652; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.996
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1r8pa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.8 — Viral DNA-binding domain
家族 Family familyd.58.8.1 — Viral DNA-binding domain
结构域编号 domain_idd1r8pb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.8 — Viral DNA-binding domain
家族 Family familyd.58.8.1 — Viral DNA-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1r8pA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id1r8pB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)