1rav

RECOMBINANT AVIDIN

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.7 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AVIDIN

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–152 链 B； UniProt 26–152	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；RECOMBINANT AVIDIN WAS CRYSTALLIZED FROM 9% W/V PEG 8000. PH 7.2 0.05 M TRIS BUFFER AT 22 C BY VAPOUR DIFFUSION TECHNIQUES., vapor diffusion	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1RAV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AVD THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE TETRAGONAL CRYSTAL FORM OF EGG-WHITE AVIDIN IN ITS FUNCTIONAL COMPLEX WITH BIOTIN AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-03-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 BTN BIOTIN × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1AVE CRYSTAL STRUCTURE OF HEN EGG-WHITE APO-AVIDIN IN RELATION TO ITS THERMAL STABILITY PROPERTIES 提交 1993-03-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1IJ8 CRYSTAL STRUCTURE OF LITE AVIDIN-BNI COMPLEX 提交 2001-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 BNI 5-(2-OXO-HEXAHYDRO-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)-PENTANOIC ACID (4-NITRO-PHENYL)-AMIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；12% PEG2000, 0.1M imidazole malate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
1LDO avidin-norbioitn complex 提交 2002-04-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SNR NORBIOTIN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；12% PEG 1000, 0.1 immidazole malate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.241
1LDQ avidin-homobiotin complex 提交 2002-04-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SHM HOMOBIOTIN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；12% PEG 1000, 0,1M immidazole malate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
1LEL The avidin BCAP complex 提交 2002-04-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 BH7 E-AMINO BIOTINYL CAPROIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；12% PEG 1000, 0.1M immidazole malate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1NQN Structure of Avm-W110K (W110K mutant of avidin) 提交 2003-01-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–147（122 aa）链 B 26–147（122 aa）	突变：W110K 突变：W110K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；32% MPEG 2k, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
1VYO Crystal structure of avidin 提交 2004-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；Equal volumes (1 ul) of protein (0.5 mg/ml) in 50 mM Na acetate (pH 4) + 20 mM NaCl and well solution of 0.1 M MES (pH 6.6) + 24% PEG 8000 + 0.2 M Mg acetate	分辨率 1.48 Å R-free 0.190
2A5B Avidin complexed with 8-oxodeoxyguanosine 提交 2005-06-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–148（124 aa）链 B 25–148（124 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 8HG 2'-DEOXY-8-OXOGUANOSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；PEG 8000, Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 2.49 Å R-free 0.310
2A5C Structure of Avidin in complex with the ligand 8-oxodeoxyadenosine 提交 2005-06-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–147（123 aa）链 B 25–147（123 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 8DA 8-OXODEOXYADENOSINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M Na Cacodylate pH6.5, 30% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.50 Å R-free 0.308
2A8G Structure of Avidin in complex with the ligand deoxyguanosine 提交 2005-07-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–152（126 aa）链 B 27–152（126 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GNG 2'-DEOXY-GUANOSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；50mM Na Citrate, 20% PEG 8000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.99 Å R-free 0.268
2AVI THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF AVIDIN AND THE AVIDIN-BIOTIN COMPLEX 提交 1993-04-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 BTN BIOTIN × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2C4I Crystal structure of engineered avidin 提交 2005-10-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–80（54 aa）链 A 99–147（49 aa）	未记录	BTN BIOTIN × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å R-free 0.246
2CAM AVIDIN MUTANT (K3E,K9E,R26D,R124L) 提交 1998-03-27	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–152（127 aa）链 B 26–152（127 aa）	突变：K3E, K9E, R26D, R124L 突变：K3E, K9E, R26D, R124L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.7；295 K；RECOMBINANT AVIDIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE 2M. PH 5.7 0.05 M PHOSPHATE BUFFER AT 22 C BY VAPOUR DIFFUSION TECHNIQUES., vapor diffusion, temperature 295K	分辨率 2.20 Å
2MF6 Solution NMR structure of Chimeric Avidin, ChiAVD(I117Y), in the biotin bound form 提交 2013-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 A 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 B 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 B 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 C 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 C 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 D 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 D 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；333 K；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；333 K；压力 1 NMR样品组成 0.7-1.2 mM [U-13C; U-15N] avidin-1, 0.7-1.2 mM d-biotin-2, 93 % H2O-3, 7 % D2O-4, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.7-1.2 mM [U-13C; U-15N] avidin-5, 0.7-1.2 mM d-biotin-6, 100 % D2O-7, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3FDC Crystal Structure of Avidin 提交 2008-11-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	BTF iron(II) tetracyano-5-(2-Oxo-hexahydro-thieno[3,4-d]imidazol-6-yl)-pentanoic acid (4'-methyl-[2,2']bipyridinyl-4-ylmethyl)-amide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；296 K；25% PEG 3000, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.330
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 A 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 B 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 B 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 C 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 C 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 D 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 D 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 E 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 F 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 F 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 G 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 G 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 H 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 H 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 I 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 K 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 K 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 M 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 N 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 N 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
3VGW Crystal structure of monoAc-biotin-avidin complex 提交 2011-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 B 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 C 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 D 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147	未记录	NVZ 5-[(3aS,4S,6aR)-1-acetyl-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.5-2.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate(pH 4.0-5.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
3VGW Crystal structure of monoAc-biotin-avidin complex 提交 2011-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 F 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 G 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 H 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147	未记录	NVZ 5-[(3aS,4S,6aR)-1-acetyl-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.5-2.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate(pH 4.0-5.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
3VHH Crystal structure of DiMe-biotin-avidin complex 提交 2011-08-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 B 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 C 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 D 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147	未记录	VHH 5-[(3aS,4S,6aR)-1,3-dimethyl-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.5-2.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate(pH 4.0-5.0), vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.26 Å R-free 0.260
3VHI Crystal structure of monoZ-biotin-avidin complex 提交 2011-08-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–147（122 aa）片段：UNP residues 26-147 链 B 26–147（122 aa）片段：UNP residues 26-147 链 C 26–147（122 aa）片段：UNP residues 26-147 链 D 26–147（122 aa）片段：UNP residues 26-147	未记录	VHI 5-{(3aS,4S,6aR)-1-[(benzyloxy)carbonyl]-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl}pentanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.5-2.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate (pH 4.0-5.0), vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.76 Å R-free 0.226
3VHM Crystal structure of NPC-biotin-avidin complex 提交 2011-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 B 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 C 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 D 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147	未记录	NPK 5-[(3aS,4R,6aR)-1-{[(1R)-1-(6-nitro-1,3-benzodioxol-5-yl)ethoxy]carbonyl}-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.5-2.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate(pH 4.0-5.0), vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
4I60 Crystal structure of avidin - biotinylruthenocene complex 提交 2012-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）	未记录	B1R [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-{5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}cyclopentadienyl]ruthenium × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；35% pentaerythritol propoxylate, 0.05M HEPES, 0.2M KCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.50 Å R-free 0.211
4JHQ Crystal structure of avidin - 6-(6-biotinamidohexanamido)hexanoylferrocene complex 提交 2013-03-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	B6F [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-{6-[(6-{[5-(2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanoyl]amino}hexanoyl)amino]hexanoyl}cyclopentadienyl]iron × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；28% mme PEG 5K, 0.2M magnesium formate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.99 Å R-free 0.210
4U46 Crystal structure of an avidin mutant 提交 2014-07-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–152（130 aa）片段：UNP residues 25-152 链 B 23–152（130 aa）片段：UNP residues 25-152	未记录	CL CHLORIDE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Well solution: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, 2.0 M ammonium sulphate	分辨率 1.95 Å R-free 0.214
5CHK Crystal structure of avidin - HABA complex (hexagonal crystal form) 提交 2015-07-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）片段：UNP residues 25-152	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 55R 2-[2-(4-oxocyclohexa-2,5-dien-1-ylidene)hydrazinyl]benzoic acid × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292.15 K；0.1M sodium citrate tribasic dehydrate pH 4.5, 24% w/v polyethylene glycol 1000	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
5HLM Crystal structure of avidin complex with a ferrocene biotin derivative 提交 2016-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）链 C 25–152（128 aa）链 D 25–152（128 aa）	未记录	B9F [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]{(1,2,3,4,5-eta)-1-[1-hydroxy-5-(2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentyl]cyclopentadienyl}iron × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；0.2M potassium thiocyanate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5 and 22% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
5IRU Crystal structure of avidin in complex with 1-biotinylpyrene 提交 2016-03-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）链 C 25–152（128 aa）链 D 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 B9P 1-biotinylpyrene × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292.15 K；28% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M trimethylamine hydrochloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.265
5IRW Crystal structure of avidin in complex with 1-desthiobiotinylpyrene 提交 2016-03-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）链 C 25–152（128 aa）链 D 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 D9P 1-desthiobiotinylpyrene × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292.15 K；Morpheus Screen (Molecular Dimensions) A1 solution (0.1 M IMIDAZOLE/MES MONOHYDRATE (ACID) BUFFER PH 6.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 20000, 20% V/V PEG 500 MME, 0.03 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE AND 0.03 M CALCIUM CHLORIDE DIHYDRATE), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 292.15K	分辨率 2.10 Å R-free 0.231
5LUR An avidin mutant 提交 2016-09-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–152（132 aa）链 B 21–152（132 aa）	未记录	STR PROGESTERONE × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；Drop size: 150 nl of protein-ligand solution and well solution. Protein-ligand solution: 1.8 mg/ml of protein solution (20 mM sodium phosphate, 1M sodium chloride, 20mM imidazole, pH 7.4) and 50 mM ligand solution (1.57 mg in 100 microL of water) were mixed in 10:1 (v/v) ratio. Well solution: 0.18 M sodium chloride, 0.09 M sodium cacodylate (pH 6.5) and 1.8 M ammonium sulfate.	分辨率 2.70 Å R-free 0.240
5MYQ Crystal structure of avidin in complex with ferrocene homobiotin derivative 提交 2017-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）链 C 25–152（128 aa）链 D 25–152（128 aa）	未记录	HBF ferrocene homobiotin derivative × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 IOD IODIDE ION × 21	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；0.2 M ammonium iodide, 22 % w/v PEG 3350	分辨率 1.89 Å R-free 0.232
6XND Avidin-Biotin-Phenol 提交 2020-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）链 C 25–152（128 aa）链 D 25–152（128 aa）	未记录	V8M N-[2-(2-hydroxy-5-nitrophenyl)ethyl]-5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M Tris, pH 7.0, and 25% (w/v) PEG 1500	分辨率 1.58 Å R-free 0.236
7P4Z Crystal structure of avidin from hen egg white in space group C2 提交 2021-07-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–147（121 aa）链 B 27–147（121 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5, 0.4% of each Anaesthetic alkaloid (Morpheus Fusion screen, well H12)	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
7ZN1 Avidin + Biotin-Tempo 提交 2022-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–152（152 aa）链 B 1–152（152 aa）链 C 1–152（152 aa）链 D 1–152（152 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 KFL 6-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(2,2,6,6-tetramethyl-1-oxidanyl-piperidin-4-yl)hexanamide × 4 ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.2 M Zinc Acetate dihydrate 22% w/v PEG3350	分辨率 2.33 Å R-free 0.279
7ZYL Avidin + Biotin-Tempo 提交 2022-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–152（152 aa）链 B 1–152（152 aa）链 C 1–152（152 aa）链 D 1–152（152 aa）	未记录	KFL 6-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(2,2,6,6-tetramethyl-1-oxidanyl-piperidin-4-yl)hexanamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.08 Å
8CK7 Avidin complexed to theophylline 提交 2023-02-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–148（124 aa）链 B 25–148（124 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 TEP THEOPHYLLINE × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Bis-Tris-Propane pH 8.5, 1.7-2.3 M w/v Ammonium Sulfate, 1-5% v/v MPD	分辨率 2.20 Å R-free 0.233

共 35 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AVID_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–127； UniProt 26–152 作者链 B； PDB构建体 1–127； UniProt 26–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rav
沉积日期 deposition_date	1998-03-27
结构标题 title	RECOMBINANT AVIDIN
关键词 keywords	AVIDIN, BIOTIN BINDING PROTEIN, CALYCINS, UP-AND-DOWN BETA BARREL, GLYCOPROTEIN; GLYCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.85 Å
零角强度 I(0) i0	14336300.00
分子量 molecular_weight	27751.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34513 Å³
包络体积 envelope_volume	45900 Å³
水化壳体积 shell_volume	18602 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.66 Å
包络 Rg envelope_rg	20.73 Å
形状 Rg shape_rg	20.82 Å
总 Rg total_rg	21.78 Å
总原子数 total_atoms	1952
残基数 n_residues	248
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7372
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.011
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.611
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1962000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.262; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.996

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1rava_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d1ravb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ravA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	1ravB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

▶

8. 引用文献 (4)

▶

晶胞边长 a length_a	75.690 Å
晶胞边长 b length_b	80.790 Å
晶胞边长 c length_c	43.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.200 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

描述 description	AVIDIN
分子量 formula_weight	14291.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2032

RECOMBINANT AVIDIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AVIDIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	80

fit	/app/data/saxs_computation/ra/1rav/1rav.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ra/1rav/1rav.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ra/1rav/1rav.dat