SAXSdb — 1rk8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CG8781-PA protein

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Mago nashi protein × 1 （P49028） Within the bgcn gene intron protein × 1 （P82804） CALCIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBM8A_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–165； UniProt 1–165

Mago nashi protein

Drosophila melanogaster

UniProt P49028

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CG8781-PA protein × 1 （Q9V535） Within the bgcn gene intron protein × 1 （P82804） CALCIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MGN_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147

Within the bgcn gene intron protein

Drosophila melanogaster

UniProt P82804

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CG8781-PA protein × 1 （Q9V535） Mago nashi protein × 1 （P49028） CALCIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WIBG_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rk8
沉积日期 deposition_date	2003-11-21
结构标题 title	Structure of the cytosolic protein PYM bound to the Mago-Y14 core of the exon junction complex
关键词 keywords	mRNA processing; RRM; RBD; NMD; oskar mRNA localization, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1rk8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1rk8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1rk8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.66 Å
Rg（电子密度）	18.50 Å
总 Rg	19.43 Å
原子数	1931
残基数	247
排除体积	34426 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1rk8__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CG8781-PA protein
分子量 formula_weight	19042.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2073

MADVLDIDNAEEFEVDEDGDQGIVRLKEKAKHRKGRGFGSDSNTREAIHSYERVRNEDDDELEPGPQRSVEGWILFVTSIHEEAQEDEIQEKFCDYGEIKNIHLNLDRRTGFSKGYALVEYETHKQALAAKEALNGAEIMGQTIQVDWCFVKGPKRVKKSEKRRR

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mago nashi protein
分子量 formula_weight	17335.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSTEDFYLRYYVGHKGKFGHEFLEFEFRPDGKLRYANNSNYKNDTMIRKEAFVHQSVMEELKRIIIDSEIMQEDDLPWPPPDRVGRQELEIVIGDEHISFTTSKTGSLVDVNRSKDPEGLRCFYYLVQDLKCLVFSLIGLHFKIKPI

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Within the bgcn gene intron protein
分子量 formula_weight	6609.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSTYLQSSEGKFIPATKRPDGTWRKARRVKDGYVPQEEVPLYESKGKQFVAQRQAGVP

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	142

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1rk8a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

结构域编号 domain_id	d1rk8b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.232 — Mago nashi protein
超家族 Superfamily superfamily	d.232.1 — Mago nashi protein
家族 Family family	d.232.1.1 — Mago nashi protein

结构域编号 domain_id	d1rk8c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.72 — WW domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.72.3 — Pym (Within the bgcn gene intron protein, WIBG), N-terminal domain
家族 Family family	b.72.3.1 — Pym (Within the bgcn gene intron protein, WIBG), N-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1rk8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	1rk8B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1560 — Mago nashi protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mago nashi

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晶胞边长 a length_a	106.357 Å
晶胞边长 b length_b	106.357 Å
晶胞边长 c length_c	58.139 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2350
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2490

Structure of the cytosolic protein PYM bound to the Mago-Y14 core of the exon junction complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CG8781-PA protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mago nashi protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Within the bgcn gene intron protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1rk8__assembly_1__model_1

1rk8__assembly_1__model_1 | I(q)

1rk8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the cytosolic protein PYM bound to the Mago-Y14 core of the exon junction complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CG8781-PA protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mago nashi protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Within the bgcn gene intron protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1rk8__assembly_1__model_1

1rk8__assembly_1__model_1 | I(q)

1rk8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)