SAXSdb — 1rnl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL

Escherichia coli str. K12 substr.

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–216	片段：RESIDUES 2 - 216 OF THE WILD TYPE NARL	PT PLATINUM (II) ION × 6 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.251
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–216	片段：RESIDUES 2 - 216 OF THE WILD TYPE NARL	PT PLATINUM (II) ION × 24 GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.251
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–216	片段：RESIDUES 2 - 216 OF THE WILD TYPE NARL	PT PLATINUM (II) ION × 12 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1RNL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A04 THE STRUCTURE OF THE NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL IN THE MONOCLINIC C2 CRYSTAL FORM 提交 1997-12-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–216（215 aa）片段：RESIDUES 2 - 216 OF THE WILD TYPE NARL	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；277 K；THE PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.3 MG/ML OF PURIFIED NARL, 20 MM TRIS.HCL (PH=7.6), 0.5 MM MGCL2, AND 10% GLYCEROL WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M TRIS.HCL (PH=8.5), 0.2 M SODIUM ACETATE, AND 30% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 4000. SITTING DROPS CONTAINING 20 ML OF MIXTURE WERE EQUILIBRATED BY VAPOR DIFFUSION AT 4 DEGREES AGAINST 20 ML OF THE RESERVOIR SOLUTION. CRYSTALS BEGAN TO APPEAR AS CLUSTERS OF PLATES AFTER 11-15 DAYS., vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
1A04 THE STRUCTURE OF THE NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL IN THE MONOCLINIC C2 CRYSTAL FORM 提交 1997-12-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–216（215 aa）片段：RESIDUES 2 - 216 OF THE WILD TYPE NARL	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；277 K；THE PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.3 MG/ML OF PURIFIED NARL, 20 MM TRIS.HCL (PH=7.6), 0.5 MM MGCL2, AND 10% GLYCEROL WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M TRIS.HCL (PH=8.5), 0.2 M SODIUM ACETATE, AND 30% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 4000. SITTING DROPS CONTAINING 20 ML OF MIXTURE WERE EQUILIBRATED BY VAPOR DIFFUSION AT 4 DEGREES AGAINST 20 ML OF THE RESERVOIR SOLUTION. CRYSTALS BEGAN TO APPEAR AS CLUSTERS OF PLATES AFTER 11-15 DAYS., vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
1JE8 Two-Component response regulator NarL/DNA Complex: DNA Bending Found in a High Affinity Site 提交 2001-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 147–216（70 aa）片段：DNA Binding Domain (147-216) 链 B 147–216（70 aa）片段：DNA Binding Domain (147-216)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium sulfate, TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.12 Å R-free 0.273
1JE8 Two-Component response regulator NarL/DNA Complex: DNA Bending Found in a High Affinity Site 提交 2001-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 147–216（70 aa）片段：DNA Binding Domain (147-216) 链 F 147–216（70 aa）片段：DNA Binding Domain (147-216)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium sulfate, TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.12 Å R-free 0.273

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NARL_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–215； UniProt 2–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rnl
沉积日期 deposition_date	1996-04-17
结构标题 title	THE NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL FROM NARL
关键词 keywords	RESPONSE REGULATORS, TWO-COMPONENT SYSTEMS, SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN; SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.56 Å
零角强度 I(0) i0	11249500.00
分子量 molecular_weight	23506.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28502 Å³
包络体积 envelope_volume	32369 Å³
水化壳体积 shell_volume	16454 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.7 Å
壳层 Rg shell_rg	22.50 Å
包络 Rg envelope_rg	16.58 Å
形状 Rg shape_rg	16.42 Å
总 Rg total_rg	17.79 Å
总原子数 total_atoms	1568
残基数 n_residues	200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.6 Å
Rg (实空间) rg_real	17.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4100e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9045
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.043
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.442
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	592700.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL
分子量 formula_weight	23828.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1638

SNQEPATILLIDDHPMLRTGVKQLISMAPDITVVGEASNGEQGIELAESLDPDLILLDLNMPGMNGLETLDKLREKSLSGRIVVFSVSNHEEDVVTALKRGADGYLLKDMEPEDLLKALHQAAAGEMVLSEALTPVLAASLRANRATTERDVNQLTPRERDILKLIAQGLPNKMIARRLDITESTVKVHVKHMLKKMKLKSRVEAAVWVHQERIF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K12 substr.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PLATINUM (II) ION
分子量 formula_weight	195.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	70

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1rnla1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.6 — C-terminal effector domain of the bipartite response regulators
家族 Family family	a.4.6.2 — GerE-like (LuxR/UhpA family of transcriptional regulators)

结构域编号 domain_id	d1rnla2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1rnlA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1rnlA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.037 Å
晶胞边长 b length_b	78.321 Å
晶胞边长 c length_c	115.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2510

fit	/app/data/saxs_computation/rn/1rnl/1rnl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rn/1rnl/1rnl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rn/1rnl/1rnl.dat

THE NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL FROM NARL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction