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1rqs

NMR structure of C-terminal domain of ribosomal protein L7 from E.coli

Method: SOLUTION NMR Dmax: 45.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L7/L12

Escherichia coli, Escherichia coli O6, Escherichia coli O157:H7, Shigella flexneri

UniProt P0A7K2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 47–120 片段：C-Terminal Domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.9；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成：1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 99.9% D2O; 30 C | 99.9% D2O NMR样品组成：1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C; Tobacco virus alignment medium | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1RQS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CTF STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF THE RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12 FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.7 ANGSTROMS 提交 1986-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–120（74 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1RQT NMR structure of dimeric N-terminal domain of ribosomal protein L7 from E.coli 提交 2003-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–37（37 aa） 片段：N-Terminal Domain
链 B 1–37（37 aa） 片段：N-Terminal Domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.9；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 99.9% D2O; 30 C | 99.9% D2O
分辨率未提供
1RQU NMR structure of L7 dimer from E.coli 提交 2003-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–120（120 aa） 片段：L7 dimer
链 B 1–120（120 aa） 片段：L7 dimer
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.9；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 99.9% D2O; 30 C | 99.9% D2O
NMR样品组成 1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C; Tobacco virus alignment medium | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1RQV Spatial model of L7 dimer from E.coli with one hinge region in helical state 提交 2003-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–120（120 aa） 片段：L7 dimer
链 B 1–120（120 aa） 片段：L7 dimer
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.9；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 99.9% D2O; 30 C | 99.9% D2O
NMR样品组成 1mM L7 dimer U-15N; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; 30 C; Tobacco virus alignment medium | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2BCW Coordinates of the N-terminal domain of ribosomal protein L11,C-terminal domain of ribosomal protein L7/L12 and a portion of the G' domain of elongation factor G, as fitted into cryo-em map of an Escherichia coli 70S*EF-G*GDP*fusidic acid complex 提交 2005-10-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 53–120（68 aa） 片段：C-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine；pH 7.5；20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件 RAPID-FREEZING IN LIQUID ETHANE
分辨率 11.20 Å
3J7Z Structure of the E. coli 50S subunit with ErmCL nascent chain 提交 2014-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 6 1–121（121 aa）
未记录 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
分辨率 3.90 Å
4V4V Structure of a pre-translocational E. coli ribosome obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1056 提交 2006-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：52-meric
链 B3 2–120（119 aa）
链 B5 2–120（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane
分辨率 15.00 Å
4V4W Structure of a SecM-stalled E. coli ribosome complex obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1143 提交 2006-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：52-meric
链 B3 3–121（119 aa）
链 B5 3–121（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane
分辨率 15.00 Å
4V5M tRNA tranlocation on the 70S ribosome: the pre-translocational translocation intermediate TI(PRE) 提交 2010-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric
链 BL 1–121（121 aa）
未记录 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- VITROBOT (FEI)
分辨率 7.80 Å
4V5N tRNA translocation on the 70S ribosome: the post- translocational translocation intermediate TI(POST) 提交 2010-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric
链 BL 1–121（121 aa）
未记录 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- VITROBOT (FEI)
分辨率 7.60 Å
4V7B Visualization of two tRNAs trapped in transit during EF-G-mediated translocation 提交 2013-10-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric
链 B6 1–121（121 aa）
未记录 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME；pH 7.6；80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件 blot for 5-10 seconds before plunging；96 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 5-10 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)
分辨率 6.80 Å
4V7D Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Pre-Translocation State (pre-translocation 70S*tRNA*EF-G structure) 提交 2013-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 AL 2–121（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.6；10 mM HEPES-KOH, 5 mM MgCl2, 90 mM NH4Cl, 2 mM spermidine, 0.1 mM spermine, 6 mM BME, 0.5 mM viomycin, 0.5 mM GTP, 0.5 mM fusidic acid
cryo-EM玻璃化条件 Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.；冷冻剂 ETHANE；Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.
分辨率 7.60 Å
4V89 Crystal Structure of Release Factor RF3 Trapped in the GTP State on a Rotated Conformation of the Ribosome (without viomycin) 提交 2011-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric
链 BJ 1–121（121 aa）
链 BK 1–121（121 aa）
链 BL 1–121（121 aa）
链 BM 1–121（121 aa）
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Tris Ac PH.7.0 25-35 mM KCL 6.1% PEG 20000 %1 glycerol 50mM sucrose , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.70 Å R-free 0.290
4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric
链 A6 1–121（121 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
分辨率 2.90 Å R-free 0.272
5KCS Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic Evernimycin, mRNA, TetM and P-site tRNA at 3.9A resolution 提交 2016-06-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric
链 1L 1–121（121 aa）
未记录 EVN (2R,3R,4R,6S)-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7S,7aR)-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,7R,7' R,7aS,7a'S)-7'-[(2,4-dihydroxy-6-methylbenzoyl)oxy]-7-hydroxyoctahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}ox y)-4-hydroxy-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-3-hydroxy-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4- yl]oxy}-4',7-dihydroxy-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-4-{[(2R,4S,5R, 6S)-5-methoxy-4,6-dimethyl-4-nitrotetrahydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6I0Y TnaC-stalled ribosome complex with the titin I27 domain folding close to the ribosomal exit tunnel 提交 2018-10-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：36-meric
链 6 1–121（121 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 143 ZN ZINC ION × 1 TRP TRYPTOPHAN × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7N2C Elongating 70S ribosome complex in a fusidic acid-stalled intermediate state of translocation bound to EF-G(GDP) (INT2) 提交 2021-05-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：61-meric
链 LG 1–121（121 aa）
未记录 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 21 MG MAGNESIUM ION × 197 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SPD SPERMIDINE × 3 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å
8PHJ cA4-bound Cami1 in complex with 70S ribosome 提交 2023-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric
链 W 2–121（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 241 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL7_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–74； UniProt 47–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1rqs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1rqs
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1rqs
沉积日期 deposition_date2003-12-07
结构标题 titleNMR structure of C-terminal domain of ribosomal protein L7 from E.coli
关键词 keywordsprotein L7/L12, ribosome; RIBOSOME
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.72 Å
零角强度 I(0) i0304175000.00
分子量 molecular_weight151170.0 kDa
排除体积 excluded_volume191480 ų
包络体积 envelope_volume17085 ų
水化壳体积 shell_volume10458 ų
包络直径 envelope_diameter53.9 Å
壳层 Rg shell_rg19.76 Å
包络 Rg envelope_rg16.16 Å
形状 Rg shape_rg12.70 Å
总 Rg total_rg12.96 Å
总原子数 total_atoms21780
残基数 n_residues1480
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.2 Å
Rg (实空间) rg_real12.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real3.0420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal304200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7284
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary14.9 Å
偏度 Skewness skewness0.535
峰度 Kurtosis kurtosis0.342
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha58160.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.504; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1rqsa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.45 — ClpS-like
超家族 Superfamily superfamilyd.45.1 — ClpS-like
家族 Family familyd.45.1.1 — Ribosomal protein L7/12, C-terminal domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1rqsA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1390 — Ribosomal Protein L30; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)