1rvj

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER DOUBLE MUTANT FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES WITH ASP L213 REPLACED WITH ASN AND ARG H177 REPLACED WITH HIS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein L chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P02954

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–281 突变:D213N Reaction center protein M chain × 1 (P02953) Reaction center protein H chain × 1 (P11846) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 U10 UBIQUINONE-10 × 2 FE2 FE (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SPO SPHEROIDENE × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 3 CDL CARDIOLIPIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;292 K;potassium phosphate, sodium chloride, haptanetriol, dioxane, haxanetriol, LDAO, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.75 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RCEL_RHOSH
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–281; UniProt 1–281

Reaction center protein M chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P02953

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–306 未记录 Reaction center protein L chain × 1 (P02954) Reaction center protein H chain × 1 (P11846) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 U10 UBIQUINONE-10 × 2 FE2 FE (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SPO SPHEROIDENE × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 3 CDL CARDIOLIPIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;292 K;potassium phosphate, sodium chloride, haptanetriol, dioxane, haxanetriol, LDAO, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.75 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RCEM_RHOSH
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–306; UniProt 1–306

Reaction center protein H chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P11846

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–260 突变:G8Q, R177H Reaction center protein L chain × 1 (P02954) Reaction center protein M chain × 1 (P02953) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 U10 UBIQUINONE-10 × 2 FE2 FE (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SPO SPHEROIDENE × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 3 CDL CARDIOLIPIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;292 K;potassium phosphate, sodium chloride, haptanetriol, dioxane, haxanetriol, LDAO, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.75 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 RCEH_RHOSH
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1rvj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1rvj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1rvj
沉积日期 deposition_date2003-12-14
结构标题 titlePHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER DOUBLE MUTANT FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES WITH ASP L213 REPLACED WITH ASN AND ARG H177 REPLACED WITH HIS
关键词 keywordsBACTERIAL PHOTOSYNTHESIS, RHODOBACTER SPHAEROIDES, PROTON TRANSFER PATHWAY, REVERTANT, INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.07
零角强度 I(0) i0121288000.00
分子量 molecular_weight99744.0 kDa
排除体积 excluded_volume129680 ų
包络体积 envelope_volume143210 ų
水化壳体积 shell_volume40916 ų
包络直径 envelope_diameter93.0
壳层 Rg shell_rg36.79
包络 Rg envelope_rg28.21
形状 Rg shape_rg28.07
总 Rg total_rg28.95
总原子数 total_atoms7085
残基数 n_residues820
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.2
Rg (实空间) rg_real29.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46
I(0) (实空间) i0_real1.2130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal121300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9084
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.5
偏度 Skewness skewness0.157
峰度 Kurtosis kurtosis-0.558
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13420000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.947

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1rvjh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.41 — PRC-barrel domain
超家族 Superfamily superfamilyb.41.1 — PRC-barrel domain
家族 Family familyb.41.1.1 — Photosynthetic reaction centre, H-chain, cytoplasmic domain
结构域编号 domain_idd1rvjh2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamilyf.23.10 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region
家族 Family familyf.23.10.1 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region
结构域编号 domain_idd1rvjl_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamilyf.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family familyf.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
结构域编号 domain_idd1rvjm_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamilyf.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family familyf.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1rvjH01
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology540 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1rvjH02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology50 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2
结构域编号 domain_id1rvjL01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosystem II protein D1-like
结构域编号 domain_id1rvjL02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosystem II protein D1-like
结构域编号 domain_id1rvjM01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosystem II protein D1-like
结构域编号 domain_id1rvjM02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosystem II protein D1-like

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)