1rvj

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER DOUBLE MUTANT FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES WITH ASP L213 REPLACED WITH ASN AND ARG H177 REPLACED WITH HIS

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein L chain

Rhodobacter sphaeroides

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Reaction center protein M chain × 1 （P02953） Reaction center protein H chain × 1 （P11846） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 FE (II) ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 SPHEROIDENE × 1 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 3 CARDIOLIPIN × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEL_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281

Reaction center protein M chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P02953

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Reaction center protein L chain × 1 （P02954） Reaction center protein H chain × 1 （P11846） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 FE (II) ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 SPHEROIDENE × 1 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 3 CARDIOLIPIN × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEM_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–306； UniProt 1–306

Reaction center protein H chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P11846

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Reaction center protein L chain × 1 （P02954） Reaction center protein M chain × 1 （P02953） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 FE (II) ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 SPHEROIDENE × 1 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 3 CARDIOLIPIN × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEH_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–260； UniProt 1–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rvj
沉积日期 deposition_date	2003-12-14
结构标题 title	PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER DOUBLE MUTANT FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES WITH ASP L213 REPLACED WITH ASN AND ARG H177 REPLACED WITH HIS
关键词 keywords	BACTERIAL PHOTOSYNTHESIS, RHODOBACTER SPHAEROIDES, PROTON TRANSFER PATHWAY, REVERTANT, INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1rvj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1rvj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1rvj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.41 Å
Rg（电子密度）	28.07 Å
总 Rg	28.95 Å
原子数	7085
残基数	820
排除体积	129680 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1rvj__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	31345.4 kDa
突变 mutation	D213N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	7210

ALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAPLAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSNTGYTYGNFHYNPAHMIAISFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHENTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLSAVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	34355.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

AEYQNIFSQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAGWNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMVLGFIRPILMGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLFYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIADRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSGTVVDNWYVWGQNHGMAPLA

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	28118.4 kDa
突变 mutation	G8Q, R177H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MVGVTAFQNFDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPESEDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEIAGKVVDIWVDIPEQMAHFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGGLMYAAPKRKSVVAAMLAEYA

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	SPHEROIDENE
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	125

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1rvjh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.41 — PRC-barrel domain
超家族 Superfamily superfamily	b.41.1 — PRC-barrel domain
家族 Family family	b.41.1.1 — Photosynthetic reaction centre, H-chain, cytoplasmic domain

结构域编号 domain_id	d1rvjh2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.10 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region
家族 Family family	f.23.10.1 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d1rvjl_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

结构域编号 domain_id	d1rvjm_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1rvjH01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	540 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rvjH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	50 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2

结构域编号 domain_id	1rvjL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	1rvjL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	1rvjM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	1rvjM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

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晶胞边长 a length_a	138.242 Å
晶胞边长 b length_b	138.242 Å
晶胞边长 c length_c	184.396 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	39.000 Å
R 因子 r_factor	0.2220
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2370

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER DOUBLE MUTANT FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES WITH ASP L213 REPLACED WITH ASN AND ARG H177 REPLACED WITH HIS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein M chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein H chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1rvj__assembly_1__model_1

1rvj__assembly_1__model_1 | I(q)

1rvj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (4)