1ry5

PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES WITH ASP L213 REPLACED WITH ASN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein L chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P02954

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–281 突变:D231N Reaction center protein M chain × 1 (P02953) Reaction center protein H chain × 1 (P11846) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 U10 UBIQUINONE-10 × 2 GOL GLYCEROL × 1 FE2 FE (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 SPO SPHEROIDENE × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 3 CDL CARDIOLIPIN × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;292 K;potassium phosphate, sodium chloride, LDAO, haptanetriol, hexanetriol, dioxane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.10 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RCEL_RHOSH
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–281; UniProt 1–281

Reaction center protein M chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P02953

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–307 未记录 Reaction center protein L chain × 1 (P02954) Reaction center protein H chain × 1 (P11846) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 U10 UBIQUINONE-10 × 2 GOL GLYCEROL × 1 FE2 FE (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 SPO SPHEROIDENE × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 3 CDL CARDIOLIPIN × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;292 K;potassium phosphate, sodium chloride, LDAO, haptanetriol, hexanetriol, dioxane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.10 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RCEM_RHOSH
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–307; UniProt 1–307

Reaction center protein H chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P11846

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–260 未记录 Reaction center protein L chain × 1 (P02954) Reaction center protein M chain × 1 (P02953) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 U10 UBIQUINONE-10 × 2 GOL GLYCEROL × 1 FE2 FE (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 SPO SPHEROIDENE × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 3 CDL CARDIOLIPIN × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;292 K;potassium phosphate, sodium chloride, LDAO, haptanetriol, hexanetriol, dioxane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.10 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 RCEH_RHOSH
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ry5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ry5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ry5
沉积日期 deposition_date2003-12-19
结构标题 titlePHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER MUTANT FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES WITH ASP L213 REPLACED WITH ASN
关键词 keywordsBACTERIAL PHOTOSYNTHESIS, RHODOBACTER SPHAEROIDES, PROTON TRANSFER PATHWAY, REVERTANT, INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.57
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.23
零角强度 I(0) i0122917000.00
分子量 molecular_weight99818.0 kDa
排除体积 excluded_volume129580 ų
包络体积 envelope_volume144930 ų
水化壳体积 shell_volume41139 ų
包络直径 envelope_diameter93.0
壳层 Rg shell_rg36.92
包络 Rg envelope_rg28.39
形状 Rg shape_rg28.22
总 Rg total_rg29.12
总原子数 total_atoms7085
残基数 n_residues821
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.7
Rg (实空间) rg_real29.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real1.2290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.50
I(0) (倒空间) i0_reciprocal122900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9086
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.7
偏度 Skewness skewness0.155
峰度 Kurtosis kurtosis-0.561
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14690000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.950

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1ry5h1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.41 — PRC-barrel domain
超家族 Superfamily superfamilyb.41.1 — PRC-barrel domain
家族 Family familyb.41.1.1 — Photosynthetic reaction centre, H-chain, cytoplasmic domain
结构域编号 domain_idd1ry5h2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamilyf.23.10 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region
家族 Family familyf.23.10.1 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region
结构域编号 domain_idd1ry5l_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamilyf.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family familyf.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
结构域编号 domain_idd1ry5m_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamilyf.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family familyf.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1ry5H01
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology540 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1ry5H02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology50 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2
结构域编号 domain_id1ry5L01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosystem II protein D1-like
结构域编号 domain_id1ry5L02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosystem II protein D1-like
结构域编号 domain_id1ry5M01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosystem II protein D1-like
结构域编号 domain_id1ry5M02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Photosystem II protein D1-like

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)