1rzr

crystal structure of transcriptional regulator-phosphoprotein-DNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucose-resistance amylase regulator

Bacillus megaterium

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	5'-D(CPTPGPAPAPAPGPCPGPCPTPAPAPCPAPG)-3' × 1 5'-D(CPTPGPTPTPAPGPCPGPCPTPTPTPCPAPG)-3' × 1 Phosphocarrier protein HPr × 2 （O69250） SULFATE ION × 5 water × 6	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	5'-D(CPTPGPAPAPAPGPCPGPCPTPAPAPCPAPG)-3' × 1 5'-D(CPTPGPTPTPAPGPCPGPCPTPTPTPCPAPG)-3' × 1 Phosphocarrier protein HPr × 2 （O69250） SULFATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCPA_BACME
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–332； UniProt 1–332 作者链 C； PDB构建体 1–332； UniProt 1–332 作者链 G； PDB构建体 1–332； UniProt 1–332 作者链 D； PDB构建体 1–332； UniProt 1–332

Phosphocarrier protein HPr

Bacillus megaterium

UniProt O69250

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	5'-D(CPTPGPAPAPAPGPCPGPCPTPAPAPCPAPG)-3' × 1 5'-D(CPTPGPTPTPAPGPCPGPCPTPTPTPCPAPG)-3' × 1 Glucose-resistance amylase regulator × 2 （P46828） SULFATE ION × 5 water × 6	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	5'-D(CPTPGPAPAPAPGPCPGPCPTPAPAPCPAPG)-3' × 1 5'-D(CPTPGPTPTPAPGPCPGPCPTPTPTPCPAPG)-3' × 1 Glucose-resistance amylase regulator × 1 （P46828） Glucose-resistance amylase regulator × 1 （P46828） SULFATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTHP_BACME
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–88； UniProt 1–88 作者链 S； PDB构建体 1–88； UniProt 1–88 作者链 T； PDB构建体 1–88； UniProt 1–88 作者链 Y； PDB构建体 1–88； UniProt 1–88

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rzr
沉积日期 deposition_date	2003-12-27
结构标题 title	crystal structure of transcriptional regulator-phosphoprotein-DNA complex
关键词 keywords	protein-DNA complex, phospho-protein, transcription-transport protein-DNA COMPLEX; transcription/transport protein/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1rzr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1rzr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1rzr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.32 Å
Rg（电子密度）	29.95 Å
总 Rg	30.48 Å
原子数	7061
残基数	848
排除体积	123880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1rzr__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1rzr__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(CPTPGPAPAPAPGPCPGPCPTPAPAPCPAPG)-3'
分子量 formula_weight	4916.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H,E
原子数 atom_count	14194

CTGAAAGCGCTAACAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPTPGPTPTPAPGPCPGPCPTPTPTPCPAPG)-3'
分子量 formula_weight	4880.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	R,B

CTGTTAGCGCTTTCAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Glucose-resistance amylase regulator
分子量 formula_weight	37154.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,C,A

MNVTIYDVAREASVSMATVSRVVNGNPNVKPSTRKKVLETIERLGYRPNAVARGLASKKTTTVGVIIPDISNIFYAELARGIEDIATMYKYNIILSNSDQNQDKELHLLNNMLGKQVDGIIFMSGNVTEEHVEELKKSPVPVVLAASIESTNQIPSVTIDYEQAAFDAVQSLIDSGHKNIAFVSGTLEEPINHAKKVKGYKRALTESGLPVRDSYIVEGDYTYDSGIEAVEKLLEEDEKPTAIFVGTDEMALGVIHGAQDRGLNVPNDLEIIGFDNTRLSTMVRPQLTSVVQPMYDIGAVAMRLLTKYMNKETVDSSIVQLPHRIEFRQSTK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus megaterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1404
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Glucose-resistance amylase regulator
分子量 formula_weight	37107.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus megaterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1404
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Phosphocarrier protein HPr
分子量 formula_weight	9207.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,L,Y,S

MAQKTFTVTADSGIHARPATTLVQAASKFDSDINLEFNGKTVNLKSIMGVMSLGIQKGATITISAEGSDEADALAALEDTMSKEGLGE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus megaterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1404
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	87

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1rzra1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator

结构域编号 domain_id	d1rzra2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

结构域编号 domain_id	d1rzrc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator

结构域编号 domain_id	d1rzrc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

结构域编号 domain_id	d1rzrd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator

结构域编号 domain_id	d1rzrd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

结构域编号 domain_id	d1rzrg1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator

结构域编号 domain_id	d1rzrg2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

结构域编号 domain_id	d1rzrl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.94 — HPr-like
超家族 Superfamily superfamily	d.94.1 — HPr-like
家族 Family family	d.94.1.1 — HPr-like

结构域编号 domain_id	d1rzrs_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.94 — HPr-like
超家族 Superfamily superfamily	d.94.1 — HPr-like
家族 Family family	d.94.1.1 — HPr-like

结构域编号 domain_id	d1rzrt_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.94 — HPr-like
超家族 Superfamily superfamily	d.94.1 — HPr-like
家族 Family family	d.94.1.1 — HPr-like

结构域编号 domain_id	d1rzry_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.94 — HPr-like
超家族 Superfamily superfamily	d.94.1 — HPr-like
家族 Family family	d.94.1.1 — HPr-like

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	1rzrA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1rzrA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1rzrA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1rzrC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1rzrC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1rzrC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1rzrD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1rzrD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1rzrD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1rzrG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1rzrG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1rzrG03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1rzrL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1340 — Histidine-containing Protein; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HPr-like

结构域编号 domain_id	1rzrS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1340 — Histidine-containing Protein; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HPr-like

结构域编号 domain_id	1rzrT00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1340 — Histidine-containing Protein; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HPr-like

结构域编号 domain_id	1rzrY00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1340 — Histidine-containing Protein; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HPr-like

▶

晶胞边长 a length_a	105.710 Å
晶胞边长 b length_b	109.240 Å
晶胞边长 c length_c	117.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	78.700 Å
R 因子 r_factor	0.2420
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2880

crystal structure of transcriptional regulator-phosphoprotein-DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucose-resistance amylase regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phosphocarrier protein HPr

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1rzr__assembly_1__model_1

1rzr__assembly_1__model_1 | I(q)

1rzr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

crystal structure of transcriptional regulator-phosphoprotein-DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucose-resistance amylase regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phosphocarrier protein HPr

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1rzr__assembly_1__model_1

1rzr__assembly_1__model_1 | I(q)

1rzr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)