SAXSdb — 1s1d

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1s1d
沉积日期 deposition_date	2004-01-06
结构标题 title	Structure and protein design of human apyrase
关键词 keywords	ADPase, five-blade beta propeller, calcium-binding protein, nucleotide-binding motif, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.16 Å
零角强度 I(0) i0	86783100.00
分子量 molecular_weight	72630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90474 Å³
包络体积 envelope_volume	107160 Å³
水化壳体积 shell_volume	32420 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.2 Å
壳层 Rg shell_rg	34.70 Å
包络 Rg envelope_rg	28.20 Å
形状 Rg shape_rg	28.17 Å
总 Rg total_rg	28.75 Å
总原子数 total_atoms	5126
残基数 n_residues	632
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86780000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8648
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.450
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.887

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	apyrase
分子量 formula_weight	37042.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5776

THNAHNWRLGQAPANWYNDTYPLSPPQRTPAGIRYRIAVIADLDTESRAQEENTWFSYLKKGYLTLSDSGDKVAVEWDKDHGVLESHLAEKGRGMELSDLIVFNGKLYSVDDRTGVVYQIEGSKAVPWVILSDGDGTVEKGFKAEWLAVKDERLYVGGLGKEWTTTTGDVVNENPEWVKVVGYKGSVDHENWVSNYNALRAAAGIQPPGYLIHESACWSDTLQRWFFLPRRASQERYSEKDDERKGANLLLSASPDFGDIAVSHVGAVVPTHGFSSFKFIPNTDDQIIVALKSEEDSGRVASYIMAFTLDGRFLLPETKIGSVKYEGIEFI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANOSYL ESTER
分子量 formula_weight	441.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	650

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1s1da_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.3 — Apyrase
家族 Family family	b.67.3.1 — Apyrase

结构域编号 domain_id	d1s1db_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.3 — Apyrase
家族 Family family	b.67.3.1 — Apyrase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1s1dA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Apyrase

结构域编号 domain_id	1s1dB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Apyrase

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.163 Å
晶胞边长 b length_b	52.450 Å
晶胞边长 c length_c	77.478 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	98.99 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	100.09 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	46.600 Å
R 因子 r_factor	0.1658
R_work r_work	0.1643
R_free r_free	0.1940

fit	/app/data/saxs_computation/s1/1s1d/1s1d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s1/1s1d/1s1d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s1/1s1d/1s1d.dat

Structure and protein design of human apyrase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution