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1seg

Crystal structure of a toxin chimera between Lqh-alpha-IT from the scorpion Leiurus quinquestriatus hebraeus and AAH2 from Androctonus australis hector

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 40.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AAH2: LQH-ALPHA-IT (FACE) CHIMERIC TOXIN

Androctonus australis hector

UniProt P01484

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–83 突变：D8K, D9N, V10Y, G17F, R56P, T57I, K58R, G59V, R62K SO4 SULFATE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 2 PPI PROPANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；296 K；100mM trisodium citrate dihydrate, 1M mono-ammonium dihydrogen phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.30 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1SEG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AHO THE AB INITIO STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT OF A SCORPION PROTEIN TOXIN 提交 1997-04-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 20–83（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8
分辨率 0.96 Å
1PTX CRYSTAL STRUCTURE OF TOXIN II FROM THE SCORPION ANDROCTONUS AUSTRALIS HECTOR REFINED AT 1.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-09-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 20–83（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.30 Å
4AEI Crystal structure of the AaHII-Fab4C1 complex 提交 2012-01-10 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 20–83（64 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；15% PEG 2000 MME, 0.1 M HEPES PH 8.0, 0.1 M NACL
分辨率 2.30 Å R-free 0.254
4AEI Crystal structure of the AaHII-Fab4C1 complex 提交 2012-01-10 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 20–83（64 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；15% PEG 2000 MME, 0.1 M HEPES PH 8.0, 0.1 M NACL
分辨率 2.30 Å R-free 0.254
4AEI Crystal structure of the AaHII-Fab4C1 complex 提交 2012-01-10 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 20–83（64 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；15% PEG 2000 MME, 0.1 M HEPES PH 8.0, 0.1 M NACL
分辨率 2.30 Å R-free 0.254
6NT4 Cryo-EM structure of a human-cockroach hybrid Nav channel bound to alpha-scorpion toxin AaH2. 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 20–83（64 aa）
链 C 20–83（64 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 76F (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate × 5 AJP Digitonin × 1 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SCX2_ANDAU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–64； UniProt 20–83

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1seg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1seg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1seg
沉积日期 deposition_date2004-02-17
结构标题 titleCrystal structure of a toxin chimera between Lqh-alpha-IT from the scorpion Leiurus quinquestriatus hebraeus and AAH2 from Androctonus australis hector
关键词 keywordsTOXIN, CHIMERA, SCORPION; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.02 Å
零角强度 I(0) i01491760.00
分子量 molecular_weight7711.0 kDa
排除体积 excluded_volume9371 ų
包络体积 envelope_volume9922 ų
水化壳体积 shell_volume7955 ų
包络直径 envelope_diameter38.9 Å
壳层 Rg shell_rg16.35 Å
包络 Rg envelope_rg11.47 Å
形状 Rg shape_rg11.04 Å
总 Rg total_rg12.29 Å
总原子数 total_atoms536
残基数 n_residues64
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax40.0 Å
Rg (实空间) rg_real12.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4920e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6210e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1492000.0000
解质量估计 total_estimate0.8907
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.2 Å
偏度 Skewness skewness0.203
峰度 Kurtosis kurtosis-0.368
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha193700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.987
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1sega_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family familyg.3.7.1 — Long-chain scorpion toxins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1segA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Knottin, scorpion toxin-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)