1sgf

CRYSTAL STRUCTURE OF 7S NGF: A COMPLEX OF NERVE GROWTH FACTOR WITH FOUR BINDING PROTEINS (SERINE PROTEINASES)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.8 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NERVE GROWTH FACTOR

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 17–256 链 X； UniProt 17–256	未记录	NERVE GROWTH FACTOR × 2 （P01139） NERVE GROWTH FACTOR × 2 （P00756） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.9；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 50MM SODIUM PHOSPHATE (PH6.8) MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION (50MM SODIUM ACETATE PH4.5-5.1, 12-21% PEG 4000, 10 MICROMOLAR ZNSO4) (MCDONALD AND BLUNDELL, 1991, JMB, 219, 595-601)., pH 4.9	分辨率 3.15 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KLK4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–240； UniProt 17–256 作者链 X； PDB构建体 1–240； UniProt 17–256

NERVE GROWTH FACTOR

物种未注明

UniProt P01139

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 122–239 链 Y； UniProt 122–239	未记录	NERVE GROWTH FACTOR × 2 （P00757） NERVE GROWTH FACTOR × 2 （P00756） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.9；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 50MM SODIUM PHOSPHATE (PH6.8) MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION (50MM SODIUM ACETATE PH4.5-5.1, 12-21% PEG 4000, 10 MICROMOLAR ZNSO4) (MCDONALD AND BLUNDELL, 1991, JMB, 219, 595-601)., pH 4.9	分辨率 3.15 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1SGF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BET NEW PROTEIN FOLD REVEALED BY A 2.3 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF NERVE GROWTH FACTOR 提交 1993-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–237（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BTG CRYSTAL STRUCTURE OF BETA NERVE GROWTH FACTOR AT 2.5 A RESOLUTION IN C2 SPACE GROUP WITH ZN IONS BOUND 提交 1995-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 130–239（110 aa）链 B 130–239（110 aa）链 C 130–239（110 aa）	突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED) 突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED) 突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED)	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1BTG CRYSTAL STRUCTURE OF BETA NERVE GROWTH FACTOR AT 2.5 A RESOLUTION IN C2 SPACE GROUP WITH ZN IONS BOUND 提交 1995-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 130–239（110 aa）	突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1BTG CRYSTAL STRUCTURE OF BETA NERVE GROWTH FACTOR AT 2.5 A RESOLUTION IN C2 SPACE GROUP WITH ZN IONS BOUND 提交 1995-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 130–239（110 aa）链 C 130–239（110 aa）	突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED) 突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED)	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1BTG CRYSTAL STRUCTURE OF BETA NERVE GROWTH FACTOR AT 2.5 A RESOLUTION IN C2 SPACE GROUP WITH ZN IONS BOUND 提交 1995-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 130–239（110 aa）链 C 130–239（110 aa）	突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED) 突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED)	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
3IJ2 Ligand-receptor structure 提交 2009-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 129–351（223 aa）片段：UNP RESIDUES 129-241 链 B 129–351（223 aa）片段：UNP RESIDUES 129-241	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.75 Å R-free 0.274
4EAX Mouse NGF in complex with Lyso-PS 提交 2012-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–241（120 aa）链 B 122–241（120 aa）	未记录	S12 O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M Imidazole, 1.0M Sodium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
4EAX Mouse NGF in complex with Lyso-PS 提交 2012-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 122–241（120 aa）链 D 122–241（120 aa）	未记录	S12 O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M Imidazole, 1.0M Sodium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
4XPJ Crystal structure of Nerve growth factor in complex with lysophosphatidylinositol 提交 2015-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–241（120 aa）链 B 122–241（120 aa）	未记录	LPY (2R)-2-hydroxy-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl tridecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M imidazole, 1.0 M Na acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
5LSD Recombinant mouse Nerve Growth Factor 提交 2016-08-25	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–239（118 aa）链 B 122–239（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nerve Growth Factor, 50 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
6FFY Structure of the mouse SorCS2-NGF complex 提交 2018-01-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 122–238（117 aa）链 C 122–238（117 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；291 K；0.225 M MES/bis-tris pH 6.6 and 6.6 % w/v PEG 6000	分辨率 3.90 Å R-free 0.305

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NGF_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–118； UniProt 122–239 作者链 Y； PDB构建体 1–118； UniProt 122–239

NERVE GROWTH FACTOR

物种未注明

UniProt P00756

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 25–261 链 Z； UniProt 25–261	未记录	NERVE GROWTH FACTOR × 2 （P00757） NERVE GROWTH FACTOR × 2 （P01139） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.9；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 50MM SODIUM PHOSPHATE (PH6.8) MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION (50MM SODIUM ACETATE PH4.5-5.1, 12-21% PEG 4000, 10 MICROMOLAR ZNSO4) (MCDONALD AND BLUNDELL, 1991, JMB, 219, 595-601)., pH 4.9	分辨率 3.15 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KLK3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–237； UniProt 25–261 作者链 Z； PDB构建体 1–237； UniProt 25–261

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1sgf
沉积日期 deposition_date	1997-08-08
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF 7S NGF: A COMPLEX OF NERVE GROWTH FACTOR WITH FOUR BINDING PROTEINS (SERINE PROTEINASES)
关键词 keywords	GROWTH FACTOR (BETA-NGF), HYDROLASE - SERINE PROTEINASE (GAMMA-NGF), INACTIVE SERINE PROTEINASE (ALPHA-NGF), GROWTH FACTOR; GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.84 Å
零角强度 I(0) i0	238739000.00
分子量 molecular_weight	122130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	151860 Å³
包络体积 envelope_volume	199360 Å³
水化壳体积 shell_volume	48209 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.2 Å
壳层 Rg shell_rg	41.56 Å
包络 Rg envelope_rg	33.30 Å
形状 Rg shape_rg	33.83 Å
总 Rg total_rg	34.43 Å
总原子数 total_atoms	8549
残基数 n_residues	1044
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	238800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9134
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.088
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.733
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	53070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.948

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NERVE GROWTH FACTOR
分子量 formula_weight	26783.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.35
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,X
原子数 atom_count	8549

AAPPVQSQVDCENSQPWHVAVYRFNKYQCGGVLLDRNWVLTAAHCYNDKYQVWLGKNNFLEDEPSDQHRLVSKAIPHPDFNMSLLNEHTPQPEDDYSNDLMLLRLSKPADITDVVKPITLPTEEPKLGSTCLASGWGSTTPIKFKYPDDLQCVNLKLLPNEDCDKAHEMKVTDAMLCAGEMDGGSYTCEHDSGGPLICDGILQGITSWGPEPCGEPTEPSVYTKLIKFSSWIRETMANNP

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NERVE GROWTH FACTOR
分子量 formula_weight	13277.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.35
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,Y

SSTHPVFHMGEFSVCDSVSVWVGDKTTATDIKGKEVTVLAEVNINNSVFRQYFFETKCRASNPVESGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTTDEKQAAWRFIRIDTACVCVLSRKATR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NERVE GROWTH FACTOR
分子量 formula_weight	26432.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.35
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,Z

IVGGFKCEKNSQPWHVAVYRYTQYLCGGVLLDPNWVLTAAHCYDDNYKVWLGKNNLFKDEPSAQHRFVSKAIPHPGFNMSLMRKHIRFLEYDYSNDLMLLRLSKPADITDTVKPITLPTEEPKLGSTCLASGWGSITPTKFQFTDDLYCVNLKLLPNEDCAKAHIEKVTDAMLCAGEMDGGKDTCKGDSGGPLICDGVLQGITSWGHTPCGEPDMPGVYTKLNKFTSWIKDTMAKNP

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1sgfa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1sgfb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.3 — Neurotrophin

结构域编号 domain_id	d1sgfg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1sgfx_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1sgfy_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.3 — Neurotrophin

结构域编号 domain_id	d1sgfz_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1sgfA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1sgfA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1sgfB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	1sgfG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1sgfG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1sgfX01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1sgfX02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1sgfY00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	1sgfZ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1sgfZ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	95.680 Å
晶胞边长 b length_b	96.590 Å
晶胞边长 c length_c	147.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.2820

fit	/app/data/saxs_computation/sg/1sgf/1sgf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sg/1sgf/1sgf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sg/1sgf/1sgf.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF 7S NGF: A COMPLEX OF NERVE GROWTH FACTOR WITH FOUR BINDING PROTEINS (SERINE PROTEINASES)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NERVE GROWTH FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NERVE GROWTH FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NERVE GROWTH FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)