1sid

MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH 3'SIALYL LACTOSE

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 360 其他聚合物 360	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 360	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 6 其他聚合物 6	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 6	与蛋白数一致
3	其他组合	同源多聚体	蛋白 30 其他聚合物 30	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 30	与蛋白数一致
4	其他组合	同源多聚体	蛋白 36 其他聚合物 36	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 36	与蛋白数一致
5	其他组合	同源多聚体	蛋白 6 其他聚合物 6	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 6	与蛋白数一致
6	其他组合	同源多聚体	蛋白 30 其他聚合物 30	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 30	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COA1_POVMP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–383； UniProt 1–383 作者链 B； PDB构建体 1–383； UniProt 1–383 作者链 C； PDB构建体 1–383； UniProt 1–383 作者链 D； PDB构建体 1–383； UniProt 1–383 作者链 E； PDB构建体 1–383； UniProt 1–383 作者链 F； PDB构建体 1–383； UniProt 1–383

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1sid
沉积日期 deposition_date	1995-12-12
结构标题 title	MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH 3'SIALYL LACTOSE
关键词 keywords	COAT PROTEIN, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1sid__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1sid__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1sid__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	218.90 Å
总 Rg	218.70 Å
原子数	1020180
残基数	129060
排除体积	18160000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1sid__assembly_1__model_1`	360-MERIC （360）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1sid__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1sid__assembly_3__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1sid__assembly_4__model_1`	36-meric （36）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1sid__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`1sid__assembly_6__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1sida_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1sidb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1sidc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1sidd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1side_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1sidf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1sidA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	1sidB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	1sidC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	1sidD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	1sidE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	1sidF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

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晶胞边长 a length_a	570.000 Å
晶胞边长 b length_b	570.000 Å
晶胞边长 c length_c	570.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	720

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.650 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.2530

描述 description	POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
分子量 formula_weight	42405.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	17003

MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH 3'SIALYL LACTOSE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sid__assembly_1__model_1

1sid__assembly_1__model_1 | I(q)

1sid__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (4)

MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH 3'SIALYL LACTOSE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sid__assembly_1__model_1

1sid__assembly_1__model_1 | I(q)

1sid__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (4)