1t44

Structural basis of actin sequestration by thymosin-B4: Implications for arp2/3 activation

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera of Gelsolin domain 1 and C-Terminal domain of thymosin Beta-4

Mus musculus

UniProt P06396

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 55–179 片段:Chimera of Gelsolin domain 1 (residues 28-152) from human and C-Terminal domain of thymosin Beta-4 from mouse (residues 153-171) Actin, alpha × 1 (P02568) CA CALCIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 6.5;293 K;PEG 8000, Sodium acetate, calcium chloride, pH 6.5, microbatch, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、94 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GELS_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 4–128; UniProt 55–179

Chimera of Gelsolin domain 1 and C-Terminal domain of thymosin Beta-4

Mus musculus

UniProt P20065

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 28–46 片段:Chimera of Gelsolin domain 1 (residues 28-152) from human and C-Terminal domain of thymosin Beta-4 from mouse (residues 153-171) Actin, alpha × 1 (P02568) CA CALCIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 6.5;293 K;PEG 8000, Sodium acetate, calcium chloride, pH 6.5, microbatch, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TYB4_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 129–147; UniProt 28–46

Actin, alpha

物种未注明

UniProt P02568

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 8–377 未记录 Chimera of Gelsolin domain 1 and C-Terminal domain of thymosin Beta-4 × 1 (P06396,P20065) CA CALCIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 6.5;293 K;PEG 8000, Sodium acetate, calcium chloride, pH 6.5, microbatch, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTS_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–370; UniProt 8–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1t44

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1t44
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1t44
沉积日期 deposition_date2004-04-28
结构标题 titleStructural basis of actin sequestration by thymosin-B4: Implications for arp2/3 activation
关键词 keywordsSTRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.33
零角强度 I(0) i053630200.00
分子量 molecular_weight56843.0 kDa
排除体积 excluded_volume71031 ų
包络体积 envelope_volume83759 ų
水化壳体积 shell_volume28616 ų
包络直径 envelope_diameter90.0
壳层 Rg shell_rg31.80
包络 Rg envelope_rg24.70
形状 Rg shape_rg24.35
总 Rg total_rg25.08
总原子数 total_atoms3993
残基数 n_residues502
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.9
Rg (实空间) rg_real25.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52
I(0) (实空间) i0_real5.3630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2470e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.13
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53630000.0000
解质量估计 total_estimate0.8795
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6
偏度 Skewness skewness0.342
峰度 Kurtosis kurtosis-0.259
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15470000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.971

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1t44a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd1t44a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd1t44g_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.109 — Gelsolin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.109.1 — Actin depolymerizing proteins
家族 Family familyd.109.1.1 — Gelsolin-like

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1t44A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id1t44A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology36 — Actin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Actin; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id1t44A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id1t44A04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id1t44G00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Severin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Severin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)