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1tcz

Crystal structure of a truncated version of the phage lamda protein gpD

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Head decoration protein

Enterobacteria phage lambda

UniProt P03712

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 16–110 链 B； UniProt 16–110 链 C； UniProt 16–110 片段：N-terminal truncation 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；Tris-HCl, PEG 4000, Mg acetate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 1.85 Å R-free 0.232
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 16–110 链 E； UniProt 16–110 链 F； UniProt 16–110 片段：N-terminal truncation 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；Tris-HCl, PEG 4000, Mg acetate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 1.85 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1TCZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C5E BACTERIOPHAGE LAMBDA HEAD PROTEIN D 提交 1999-11-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 16–110（95 aa）
链 B 16–110（95 aa）
链 C 16–110（95 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；28% PEG 4000, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 10 % GLYCEROL
分辨率 1.10 Å R-free 0.133
1VD0 Capsid stabilizing protein GPD, NMR, 20 Structures 提交 2004-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–110（109 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.3mm 15N labelled GPD, 20mm sodium phosphate | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.3mm GPD, 50mm sodium phosphate | 100% D2O
分辨率未提供
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 21–110（90 aa） 片段：UNP residues 21-110
未记录 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.214
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 21–110（90 aa） 片段：UNP residues 21-110
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.214
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 21–110（90 aa） 片段：UNP residues 21-110
未记录 CA CALCIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.214
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 21–110（90 aa） 片段：UNP residues 21-110
未记录 CA CALCIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.214
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 840 PDB 声明：840-meric
链 H 1–110（110 aa）
链 I 1–110（110 aa）
链 J 1–110（110 aa）
链 K 1–110（110 aa）
链 L 1–110（110 aa）
链 M 1–110（110 aa）
链 N 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–110（110 aa）
链 I 1–110（110 aa）
链 J 1–110（110 aa）
链 K 1–110（110 aa）
链 L 1–110（110 aa）
链 M 1–110（110 aa）
链 N 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：70-meric
链 H 1–110（110 aa）
链 I 1–110（110 aa）
链 J 1–110（110 aa）
链 K 1–110（110 aa）
链 L 1–110（110 aa）
链 M 1–110（110 aa）
链 N 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：84-meric
链 H 1–110（110 aa）
链 I 1–110（110 aa）
链 J 1–110（110 aa）
链 K 1–110（110 aa）
链 L 1–110（110 aa）
链 M 1–110（110 aa）
链 N 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–110（110 aa）
链 I 1–110（110 aa）
链 J 1–110（110 aa）
链 K 1–110（110 aa）
链 L 1–110（110 aa）
链 M 1–110（110 aa）
链 N 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.60 Å
7VIK Asymmetric unit of cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 3.76 Angstrom 提交 2021-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–110（110 aa）
链 I 1–110（110 aa）
链 J 1–110（110 aa）
链 K 1–110（110 aa）
链 L 1–110（110 aa）
链 M 1–110（110 aa）
链 N 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.76 Å
8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric
链 H0 1–110（110 aa）
链 H1 1–110（110 aa）
链 H2 1–110（110 aa）
链 H3 1–110（110 aa）
链 H4 1–110（110 aa）
链 I0 1–110（110 aa）
链 I1 1–110（110 aa）
链 I2 1–110（110 aa）
链 I3 1–110（110 aa）
链 I4 1–110（110 aa）
链 J0 1–110（110 aa）
链 J1 1–110（110 aa）
链 J2 1–110（110 aa）
链 J3 1–110（110 aa）
链 J4 1–110（110 aa）
链 N0 1–110（110 aa）
链 N1 1–110（110 aa）
链 N2 1–110（110 aa）
链 N3 1–110（110 aa）
链 N4 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 4.07 Å

共 6 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VCAD_LAMBD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–95； UniProt 16–110 作者链 B； PDB构建体 1–95； UniProt 16–110 作者链 C； PDB构建体 1–95； UniProt 16–110 作者链 D； PDB构建体 1–95； UniProt 16–110 作者链 E； PDB构建体 1–95； UniProt 16–110 作者链 F； PDB构建体 1–95； UniProt 16–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1tcz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1tcz
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1tcz
沉积日期 deposition_date2004-05-21
结构标题 titleCrystal structure of a truncated version of the phage lamda protein gpD
关键词 keywordsphage lamda protein gpD, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.33 Å
零角强度 I(0) i057447300.00
分子量 molecular_weight58914.0 kDa
排除体积 excluded_volume73691 ų
包络体积 envelope_volume90457 ų
水化壳体积 shell_volume28700 ų
包络直径 envelope_diameter95.7 Å
壳层 Rg shell_rg33.43 Å
包络 Rg envelope_rg27.20 Å
形状 Rg shape_rg27.30 Å
总 Rg total_rg28.07 Å
总原子数 total_atoms4146
残基数 n_residues570
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.7 Å
Rg (实空间) rg_real28.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real5.7450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.5190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57450000.0000
解质量估计 total_estimate0.8814
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.6 Å
偏度 Skewness skewness0.444
峰度 Kurtosis kurtosis-0.381
角度范围 angular_range— – 0.2850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13900000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.878
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1tcza_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamilyb.85.2 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
家族 Family familyb.85.2.1 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
结构域编号 domain_idd1tczb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamilyb.85.2 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
家族 Family familyb.85.2.1 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
结构域编号 domain_idd1tczc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamilyb.85.2 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
家族 Family familyb.85.2.1 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
结构域编号 domain_idd1tczd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamilyb.85.2 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
家族 Family familyb.85.2.1 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
结构域编号 domain_idd1tcze_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamilyb.85.2 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
家族 Family familyb.85.2.1 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
结构域编号 domain_idd1tczf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamilyb.85.2 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
家族 Family familyb.85.2.1 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1tczA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology300 — Virus Head Decoration Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Head decoration protein D
结构域编号 domain_id1tczB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology300 — Virus Head Decoration Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Head decoration protein D
结构域编号 domain_id1tczC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology300 — Virus Head Decoration Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Head decoration protein D
结构域编号 domain_id1tczD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology300 — Virus Head Decoration Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Head decoration protein D
结构域编号 domain_id1tczE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology300 — Virus Head Decoration Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Head decoration protein D
结构域编号 domain_id1tczF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology300 — Virus Head Decoration Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Head decoration protein D
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)