SAXSdb — 1tf3

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tf3
沉积日期 deposition_date	1997-07-01
结构标题 title	TFIIIA FINGER 1-3 BOUND TO DNA, NMR, 22 STRUCTURES
关键词 keywords	;TFIIIA, PROTEIN, DNA, TRANSCRIPTION FACTOR, 5S RNA GENE, DNA BINDING PROTEIN, ZINC FINGER, COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA), TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.41 Å
零角强度 I(0) i0	4917230000.00
分子量 molecular_weight	440450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	485260 Å³
包络体积 envelope_volume	36868 Å³
水化壳体积 shell_volume	17423 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.6 Å
壳层 Rg shell_rg	23.93 Å
包络 Rg envelope_rg	18.25 Å
形状 Rg shape_rg	16.36 Å
总 Rg total_rg	16.61 Å
总原子数 total_atoms	53064
残基数 n_residues	2684
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.4 Å
Rg (实空间) rg_real	16.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9170e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5590e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4917000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7023
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.230
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.439
角度范围 angular_range	— – 0.4900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	910600.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.485; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	5S RNA GENE
分子量 formula_weight	4690.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	53064

TTGGATGGGAGACCG

Entity 2 polymer

描述 description	5S RNA GENE
分子量 formula_weight	4489.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CGGTCTCCCATCCAA

Entity 3 polymer

描述 description	TRANSCRIPTION FACTOR IIIA
分子量 formula_weight	10686.2 kDa
突变 mutation	C35S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKRYICSFADCGAAYNKNWKLQAHLSKHTGEKPFPCKEEGCEKGFTSLHHLTRHSLTHTGEKNFTCDSDGCDLRFTTKANMKKHFNRFHNIK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1tf3a1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1tf3a2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1tf3a3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1tf3A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1tf3A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1tf3A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/tf/1tf3/1tf3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tf/1tf3/1tf3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tf/1tf3/1tf3.dat

TFIIIA FINGER 1-3 BOUND TO DNA, NMR, 22 STRUCTURES

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)