1toc

STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THROMBIN

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ORNITHODORIN × 1 （P56409） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ORNITHODORIN × 1 （P56409） water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ORNITHODORIN × 1 （P56409） water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ORNITHODORIN × 1 （P56409） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THRB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–49； UniProt 318–366 作者链 C； PDB构建体 1–49； UniProt 318–366 作者链 E； PDB构建体 1–49； UniProt 318–366 作者链 G； PDB构建体 1–49； UniProt 318–366 作者链 B； PDB构建体 1–259； UniProt 367–625 作者链 D； PDB构建体 1–259； UniProt 367–625 作者链 F； PDB构建体 1–259； UniProt 367–625 作者链 H； PDB构建体 1–259； UniProt 367–625

ORNITHODORIN

Ornithodoros moubata

UniProt P56409

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	THROMBIN × 1 （P00735） THROMBIN × 1 （P00735） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	THROMBIN × 1 （P00735） THROMBIN × 1 （P00735） water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	THROMBIN × 1 （P00735） THROMBIN × 1 （P00735） water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	THROMBIN × 1 （P00735） THROMBIN × 1 （P00735） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ORNT_ORNMO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–120； UniProt 1–119 作者链 S； PDB构建体 1–120； UniProt 1–119 作者链 T； PDB构建体 1–120； UniProt 1–119 作者链 U； PDB构建体 1–120； UniProt 1–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1toc
沉积日期 deposition_date	1996-07-20
结构标题 title	STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE
关键词 keywords	;VITAMIN K, ZYMOGEN, GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID, ACUTE PHASE, LIVER, HYDROLASE, SERINE PROTEASE KUNITZ-LIKE INHIBITOR, KRINGLE, COMPLEX (HYDROLASE-INHIBITOR) COMPLEX ;; COMPLEX (HYDROLASE/INHIBITOR)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1toc__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1toc__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1toc__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.94 Å
Rg（电子密度）	21.81 Å
总 Rg	22.72 Å
原子数	3359
残基数	407
排除体积	56580 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1toc__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1toc__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1toc__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1toc__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	THROMBIN
分子量 formula_weight	5735.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	13467

TSEDHFQPFFNEKTFGAGEADCGLRPLFEKKQVQDQTEKELFESYIEGR

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	THROMBIN
分子量 formula_weight	29772.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

IVEGQDAEVGLSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTVDDLLVRIGKHSRTRYERKVEKISMLDKIYIHPRYNWKENLDRDIALLKLKRPIELSDYIHPVCLPDKQTAAKLLHAGFKGRVTGWGNRRETWTTSVAEVQPSVLQVVNLPLVERPVCKASTRIRITDNMFCAGYKPGEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPYNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDRLGS

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ORNITHODORIN
分子量 formula_weight	12726.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,T,U

SLNVLCNNPHTADCNNDAQVDRYFREGTTCLMSPACTSEGYASQHECQQACFVGGEDHSSEMHSSCLGDPPTSCAEGTDITYYDSDSKTCKVLAASCPSGENTFESEVECQVACGAPIEG

来源 Source

来源生物 organism	Ornithodoros moubata
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6938
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1toc.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1toc.2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1toc.3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1toc.4
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1tocr1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.2 — Soft tick anticoagulant proteins

结构域编号 domain_id	d1tocr2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.2 — Soft tick anticoagulant proteins

结构域编号 domain_id	d1tocs1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.2 — Soft tick anticoagulant proteins

结构域编号 domain_id	d1tocs2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.2 — Soft tick anticoagulant proteins

结构域编号 domain_id	d1toct1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.2 — Soft tick anticoagulant proteins

结构域编号 domain_id	d1toct2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.2 — Soft tick anticoagulant proteins

结构域编号 domain_id	d1tocu1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.2 — Soft tick anticoagulant proteins

结构域编号 domain_id	d1tocu2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.2 — Soft tick anticoagulant proteins

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	1tocB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tocB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tocD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tocD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tocF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tocF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tocH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tocH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tocR01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

结构域编号 domain_id	1tocR02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

结构域编号 domain_id	1tocS01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

结构域编号 domain_id	1tocS02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

结构域编号 domain_id	1tocT01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

结构域编号 domain_id	1tocT02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

结构域编号 domain_id	1tocU01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

结构域编号 domain_id	1tocU02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

▶

晶胞边长 a length_a	125.300 Å
晶胞边长 b length_b	89.900 Å
晶胞边长 c length_c	101.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	—

STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THROMBIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ORNITHODORIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1toc__assembly_4__model_1

1toc__assembly_4__model_1 | I(q)

1toc__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (3)

STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THROMBIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ORNITHODORIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1toc__assembly_4__model_1

1toc__assembly_4__model_1 | I(q)

1toc__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (3)