SAXSdb — 1tol

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (FUSION PROTEIN CONSISTING OF MINOR COAT PROTEIN, GLYCINE RICH LINKER, TOLA, AND A HIS TAG)

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–104	片段：N-TERMINAL DOMAIN OF MINOR COAT PROTEIN AND C-TERMINAL DOMAIN OF TOLA	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；PROTEIN AT CONCENTRATION 8-12 MG/ML IN 50 MM HEPES (PH=7.5) WITH ADDITION OF DTT C=2MM, WAS CRYSTALLIZED USING VAPOR DIFFUSION FROM THE SITTING OR HANGING DROP, WITH THE SOLUTION CONTAINING 25% PEG4000, 0.08M TRIS (PH=8.5), AND 0.15 M SODIUM ACETATE AS A PRECIPITANT. BEFORE SETTING THE DROPS, PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH THE PRECIPITANT IN THE RATIO 1:1. CRYSTALS WERE GROWING BEST AT TEMPERATURE 15 DEGREES CELSIUS.	分辨率 1.85 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称	A0A0N8P2C2_9PROT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–86； UniProt 19–104

PROTEIN (FUSION PROTEIN CONSISTING OF MINOR COAT PROTEIN, GLYCINE RICH LINKER, TOLA, AND A HIS TAG)

Escherichia coli

UniProt P19934

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 295–421	片段：N-TERMINAL DOMAIN OF MINOR COAT PROTEIN AND C-TERMINAL DOMAIN OF TOLA	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；PROTEIN AT CONCENTRATION 8-12 MG/ML IN 50 MM HEPES (PH=7.5) WITH ADDITION OF DTT C=2MM, WAS CRYSTALLIZED USING VAPOR DIFFUSION FROM THE SITTING OR HANGING DROP, WITH THE SOLUTION CONTAINING 25% PEG4000, 0.08M TRIS (PH=8.5), AND 0.15 M SODIUM ACETATE AS A PRECIPITANT. BEFORE SETTING THE DROPS, PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH THE PRECIPITANT IN THE RATIO 1:1. CRYSTALS WERE GROWING BEST AT TEMPERATURE 15 DEGREES CELSIUS.	分辨率 1.85 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1TOL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1S62 Solution structure of the Escherichia coli TolA C-terminal domain 提交 2004-01-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 325–421（97 aa）片段：C-terminal domain (residues 325-421)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）100mN NaCl, 50mM NaPO4；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mN NaCl, 50mM NaPO4；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）500mN NaCl, 50mM NaPO4；压力 ambient NMR样品组成 1.4mM U-15N, 100mN NaCl, 50mM NaPO4, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5mM U-15N,13C, 50mN NaCl, 50mM NaPO4, Complete protease inhibitor (Boehringer), 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7mM U-15N, 500mN NaCl, 50mM NaPO4, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3QDP Structural characterization of the interaction of colicin A, colicin N, and TolB with TolAIII translocon 提交 2011-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–421（120 aa）片段：TolA domain III, residues 302-421	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NO3 NITRATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.28；293 K；0.2 M NaNO3, 2.2 M ammonium sulphate, pH 5.28, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.15 Å R-free 0.225
3QDR Structural characterization of the interaction of colicin A, colicin N, and TolB with the TolAIII translocon 提交 2011-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–421（120 aa）片段：TolA domain III, residues 302-421	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M K2HPO4, 2.2 M ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.65 Å R-free 0.273
9DDM E. coli TolAQR conformation I 提交 2024-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 F 2–421（420 aa）链 G 2–421（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9DDN E. coli TolAQR conformation II 提交 2024-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 F 2–421（420 aa）链 G 2–421（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9K49 Cryo-EM structure of inner membrane TolQRA complex in CYMAL-6-Neopentyl Glycol detergent micelles 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 H 1–421（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Phosphate-buffered saline (PBS) buffer at pH 7.5 (20 mM PBS pH 7.5, 300 mM NaCl) with 20 mM Imidazole and 0.04 mM CYMAL-6 Neopentyl Glycol detergent cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9KCH Cryo-EM structure of inner membrane TolQRA complex in CYMAL-6-Neopentyl Glycol detergent micelles 提交 2024-11-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 H 1–421（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Phosphate-buffered saline (PBS) buffer at pH 7.5 (20 mM PBS pH 7.5, 300 mM NaCl) with 20 mM Imidazole and 0.04 mM CYMAL-6 Neopentyl Glycol detergent cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.19 Å
9KPZ Structure of TolQRA complex at pH 5.4 from E.coli 提交 2024-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 2–421（420 aa）链 I 2–421（420 aa）链 J 2–421（420 aa）链 K 2–421（420 aa）链 L 2–421（420 aa）	未记录	3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9KQ0 Structure of TolQRA complex at pH 8.0 from E.coli 提交 2024-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 2–421（420 aa）链 I 2–421（420 aa）链 J 2–421（420 aa）链 K 2–421（420 aa）链 L 2–421（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9QUQ cryo-EM structure of TolQR conformation2 in SMA nanodiscs 提交 2025-04-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 H 1–421（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9QVD cryo-EM structure of TolQRA in nanodiscs 提交 2025-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 H 1–421（421 aa）链 I 1–421（421 aa）链 J 1–421（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	TOLA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 87–213； UniProt 295–421

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tol
沉积日期 deposition_date	1999-05-17
结构标题 title	FUSION OF N-TERMINAL DOMAIN OF THE MINOR COAT PROTEIN FROM GENE III IN PHAGE M13, AND C-TERMINAL DOMAIN OF E. COLI PROTEIN-TOLA
关键词 keywords	BACTERIOPHAGE M13, PHAGE INFECTION, TOL PATHWAY, FUSION PROTEIN, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.43 Å
零角强度 I(0) i0	5307990.00
分子量 molecular_weight	16677.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20897 Å³
包络体积 envelope_volume	23535 Å³
水化壳体积 shell_volume	13232 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.2 Å
壳层 Rg shell_rg	20.92 Å
包络 Rg envelope_rg	15.78 Å
形状 Rg shape_rg	15.38 Å
总 Rg total_rg	16.58 Å
总原子数 total_atoms	1172
残基数 n_residues	157
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3080e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5580e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5308000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8651
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.295
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.202
角度范围 angular_range	— – 0.4900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.754; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1tola1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.37 — N-terminal domains of the minor coat protein g3p
超家族 Superfamily superfamily	b.37.1 — N-terminal domains of the minor coat protein g3p
家族 Family family	b.37.1.1 — N-terminal domains of the minor coat protein g3p

结构域编号 domain_id	d1tola2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.212 — TolA/TonB C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.212.1 — TolA/TonB C-terminal domain
家族 Family family	d.212.1.1 — TolA

结构域编号 domain_id	d1tola3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1tolA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	27 — Phage FD Coat Protein, Membrane penetration domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phage FD Coat Protein,Membrane penetration domain

结构域编号 domain_id	1tolA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1150 — Fusion Protein Consisting Of Minor Coat Protein, Glycine Rich Linker, Tola, And A His Tag; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.880 Å
晶胞边长 b length_b	88.880 Å
晶胞边长 c length_c	63.556 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2275
R_work r_work	—
R_free r_free	0.2930

描述 description	PROTEIN (FUSION PROTEIN CONSISTING OF MINOR COAT PROTEIN, GLYCINE RICH LINKER, TOLA, AND A HIS TAG)
分子量 formula_weight	22851.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1331

FUSION OF N-TERMINAL DOMAIN OF THE MINOR COAT PROTEIN FROM GENE III IN PHAGE M13, AND C-TERMINAL DOMAIN OF E. COLI PROTEIN-TOLA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (FUSION PROTEIN CONSISTING OF MINOR COAT PROTEIN, GLYCINE RICH LINKER, TOLA, AND A HIS TAG)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (FUSION PROTEIN CONSISTING OF MINOR COAT PROTEIN, GLYCINE RICH LINKER, TOLA, AND A HIS TAG)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	159

fit	/app/data/saxs_computation/to/1tol/1tol.fit
pddf	/app/data/pr_computation/to/1tol/1tol.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/to/1tol/1tol.dat