SAXSdb — 1tqe

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myocyte-specific enhancer factor 2B

Homo sapiens

UniProt Q02080

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 P； UniProt 1–93 链 Q； UniProt 1–93	片段：residues 1-93	MEF2 binding site of nur77 promoter × 1 MEF2 binding site of nur77 promoter × 1 Histone deacetylase 9 × 1 （Q99N13）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.35；315 K；BTP, PEG, NaCl, glycerol, MgCl2, CaCl2, pH 6.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 R； UniProt 1–93 链 S； UniProt 1–93	片段：residues 1-93	MEF2 binding site of nur77 promoter × 1 MEF2 binding site of nur77 promoter × 1 Histone deacetylase 9 × 1 （Q99N13）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.35；315 K；BTP, PEG, NaCl, glycerol, MgCl2, CaCl2, pH 6.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1TQE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N6J Structural basis of sequence-specific recruitment of histone deacetylases by Myocyte Enhancer Factor-2 提交 2002-11-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 2–94（93 aa）片段：residues 2-91, MADS-box/MEF2S domain 链 B 2–94（93 aa）片段：residues 2-91, MADS-box/MEF2S domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；PEG 3500, sodium cholride, BTP, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
6BYY MEF2 CHIMERA/DNA Complex 提交 2017-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 65–91（27 aa）链 B 65–91（27 aa）	未记录	1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M HAc pH 4.7, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 5 mM MgCl2 and 28% PEG 400	分辨率 2.30 Å R-free 0.266
6BYY MEF2 CHIMERA/DNA Complex 提交 2017-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 65–91（27 aa）链 D 65–91（27 aa）	未记录	TCE 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M HAc pH 4.7, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 5 mM MgCl2 and 28% PEG 400	分辨率 2.30 Å R-free 0.266
6BZ1 MEF2 Chimera D83V mutant/DNA complex 提交 2017-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 65–91（27 aa）链 D 65–91（27 aa）	突变：D83V 突变：D83V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1M MES pH 5.94, 0.2 M NaCl and 18% PEG2000MME	分辨率 2.97 Å R-free 0.190
6BZ1 MEF2 Chimera D83V mutant/DNA complex 提交 2017-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 65–91（27 aa）链 B 65–91（27 aa）	突变：D83V 突变：D83V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1M MES pH 5.94, 0.2 M NaCl and 18% PEG2000MME	分辨率 2.97 Å R-free 0.190
6C9L MEF2B Apo Protein Structure 提交 2018-01-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–93（93 aa）链 B 1–93（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.4 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.235
6C9L MEF2B Apo Protein Structure 提交 2018-01-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–93（93 aa）链 D 1–93（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.4 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.235
6C9L MEF2B Apo Protein Structure 提交 2018-01-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–93（93 aa）链 F 1–93（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.4 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.235
6WC2 Crystal Structure of a Ternary MEF2 Chimera/NKX2-5/myocardin enhancer DNA Complex 提交 2020-03-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 73–91（19 aa）链 B 73–91（19 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
6WC2 Crystal Structure of a Ternary MEF2 Chimera/NKX2-5/myocardin enhancer DNA Complex 提交 2020-03-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 73–91（19 aa）链 D 73–91（19 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
6WC2 Crystal Structure of a Ternary MEF2 Chimera/NKX2-5/myocardin enhancer DNA Complex 提交 2020-03-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 I 73–91（19 aa）链 J 73–91（19 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
6WC5 Crystal Structure of a Ternary MEF2B/NKX2-5/myocardin enhancer DNA Complex 提交 2020-03-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 2–91（90 aa）链 B 2–91（90 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；100 mM HEPES pH 7.0, 18% PEG 2000	分辨率 2.90 Å R-free 0.251
6WC5 Crystal Structure of a Ternary MEF2B/NKX2-5/myocardin enhancer DNA Complex 提交 2020-03-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 2–91（90 aa）链 D 2–91（90 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；100 mM HEPES pH 7.0, 18% PEG 2000	分辨率 2.90 Å R-free 0.251

共 6 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEF2B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Q； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 R； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 S； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93

Histone deacetylase 9

Mus musculus

UniProt Q99N13

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 X； UniProt 138–158	片段：residues 138-158	MEF2 binding site of nur77 promoter × 1 MEF2 binding site of nur77 promoter × 1 Myocyte-specific enhancer factor 2B × 2 （Q02080）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.35；315 K；BTP, PEG, NaCl, glycerol, MgCl2, CaCl2, pH 6.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 Y； UniProt 138–158	片段：residues 138-158	MEF2 binding site of nur77 promoter × 1 MEF2 binding site of nur77 promoter × 1 Myocyte-specific enhancer factor 2B × 2 （Q02080）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.35；315 K；BTP, PEG, NaCl, glycerol, MgCl2, CaCl2, pH 6.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 315K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HDAC9_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 6–26； UniProt 138–158 作者链 Y； PDB构建体 6–26； UniProt 138–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tqe
沉积日期 deposition_date	2004-06-17
结构标题 title	Mechanism of recruitment of class II histone deacetylases by myocyte enhancer factor-2
关键词 keywords	MEF2, HDAC, co-repressor, transcription, TRANSCRIPTION-PROTEIN BINDING-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/PROTEIN BINDING/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.50 Å
零角强度 I(0) i0	105943000.00
分子量 molecular_weight	68544.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80411 Å³
包络体积 envelope_volume	107450 Å³
水化壳体积 shell_volume	31272 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.0 Å
壳层 Rg shell_rg	35.74 Å
包络 Rg envelope_rg	29.07 Å
形状 Rg shape_rg	29.40 Å
总 Rg total_rg	30.26 Å
总原子数 total_atoms	4730
残基数 n_residues	474
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	105900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8730
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.375
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	9309000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.870; Smooth: 0.821

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MEF2 binding site of nur77 promoter
分子量 formula_weight	5218.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E
原子数 atom_count	4730

AAAGCTATTTATAAGCA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MEF2 binding site of nur77 promoter
分子量 formula_weight	5191.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

TTGCTTATAAATAGCTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Myocyte-specific enhancer factor 2B
分子量 formula_weight	11038.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R,S

MGRKKIQISRILDQRNRQVTFTKRKFGLMKKAYELSVLCDCEIALIIFNSANRLFQYASTDMDRVLLKYTEYSEPHESRTNTDILETLKRRGI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone deacetylase 9
分子量 formula_weight	2769.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y

SPKGTGASTEVKQKLQEFLLSKSATK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1tqep_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1tqeq_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1tqer_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1tqes_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1tqeP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1tqeQ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1tqeR01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1tqeS01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.797 Å
晶胞边长 b length_b	66.930 Å
晶胞边长 c length_c	66.967 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	76.67 °
晶胞夹角 β angle_beta	71.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	71.81 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2630
R_free r_free	0.2890

fit	/app/data/saxs_computation/tq/1tqe/1tqe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tq/1tqe/1tqe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tq/1tqe/1tqe.dat

Mechanism of recruitment of class II histone deacetylases by myocyte enhancer factor-2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myocyte-specific enhancer factor 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone deacetylase 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)