1tvk

The binding mode of epothilone A on a,b-tubulin by electron crystallography

Method: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha chain

物种未注明

UniProt P02550

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Tubulin beta chain × 1 (P02554) GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EPOTHILONE A × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA_PIG
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–440; UniProt 1–440

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt P02554

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Tubulin alpha chain × 1 (P02550) GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EPOTHILONE A × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB_PIG
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–427; UniProt 1–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1tvk
沉积日期 deposition_date2004-06-29
结构标题 titleThe binding mode of epothilone A on a,b-tubulin by electron crystallography
关键词 keywordsepothilone; taxol; ligand interactions, CELL CYCLE, STRUCTURAL PROTEIN; CELL CYCLE, STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1tvk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1tvk__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1tvk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)29.31 Å
Rg(电子密度)28.68 Å
总 Rg29.29 Å
原子数6672
残基数838
排除体积117800 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1tvk__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1tvka1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd1tvka2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1tvkb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd1tvkb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1tvkA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id1tvkA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id1tvkA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id1tvkB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id1tvkB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id1tvkB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
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7. 引用文献 (1)