1u1y

Crystal structure of a complex between WT bacteriophage MS2 coat protein and an F5 aptamer RNA stemloop with 2aminopurine substituted at the-10 position

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

Enterobacterio phage MS2

UniProt P03612

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 180 RNA 120 PDB 声明:300-MERIC(300) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 120 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;303 K;MS2 coat protein in 1.25% or 1.5% PEG 8K, sodium phosphate buffer., pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K 分辨率 2.85 Å R-free 0.196
2 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 3 RNA 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;303 K;MS2 coat protein in 1.25% or 1.5% PEG 8K, sodium phosphate buffer., pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K 分辨率 2.85 Å R-free 0.196
3 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 15 RNA 10 PDB 声明:25-meric(25) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;303 K;MS2 coat protein in 1.25% or 1.5% PEG 8K, sodium phosphate buffer., pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K 分辨率 2.85 Å R-free 0.196
4 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 18 RNA 12 PDB 声明:30-meric(30) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;303 K;MS2 coat protein in 1.25% or 1.5% PEG 8K, sodium phosphate buffer., pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K 分辨率 2.85 Å R-free 0.196
5 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 3 RNA 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;303 K;MS2 coat protein in 1.25% or 1.5% PEG 8K, sodium phosphate buffer., pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K 分辨率 2.85 Å R-free 0.196
6 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 30 RNA 20 PDB 声明:50-meric(50) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 20 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;303 K;MS2 coat protein in 1.25% or 1.5% PEG 8K, sodium phosphate buffer., pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K 分辨率 2.85 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、203 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COAT_BPMS2
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 1–129 作者链 B; PDB构建体 1–129; UniProt 1–129 作者链 C; PDB构建体 1–129; UniProt 1–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1u1y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1u1y
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1u1y
沉积日期 deposition_date2004-07-16
结构标题 titleCrystal structure of a complex between WT bacteriophage MS2 coat protein and an F5 aptamer RNA stemloop with 2aminopurine substituted at the-10 position
关键词 keywordsComplex (Capsid protein-RNA hairpin), Hairpin, Capsid, Levivirus, Icosahedral virus, Virus-RNA COMPLEX; Virus/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.81
零角强度 I(0) i060058300.00
分子量 molecular_weight51773.0 kDa
排除体积 excluded_volume61373 ų
包络体积 envelope_volume93470 ų
水化壳体积 shell_volume29437 ų
包络直径 envelope_diameter91.9
壳层 Rg shell_rg33.62
包络 Rg envelope_rg26.54
形状 Rg shape_rg26.81
总 Rg total_rg27.56
总原子数 total_atoms3596
残基数 n_residues418
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.9
Rg (实空间) rg_real27.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real6.0060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal60060000.0000
解质量估计 total_estimate0.9005
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.0
偏度 Skewness skewness0.136
峰度 Kurtosis kurtosis-0.500
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4189000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1u1ya_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamilyd.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family familyd.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein
结构域编号 domain_idd1u1yb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamilyd.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family familyd.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein
结构域编号 domain_idd1u1yc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamilyd.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family familyd.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1u1yA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id1u1yB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id1u1yC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)