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1u1y

Crystal structure of a complex between WT bacteriophage MS2 coat protein and an F5 aptamer RNA stemloop with 2aminopurine substituted at the-10 position

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

Enterobacterio phage MS2

UniProt P03612

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 180 RNA 120 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 120 water × 300 与全部聚合物一致
2 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 3 RNA 2 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 2 water × 5 与全部聚合物一致
3 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 15 RNA 10 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 10 water × 25 与全部聚合物一致
4 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 18 RNA 12 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 12 water × 30 与全部聚合物一致
5 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 3 RNA 2 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 2 water × 5 与全部聚合物一致
6 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 30 RNA 20 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3' × 20 water × 50 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
1msc 2vtu 2vtu 9oh5 9oh5

共 5 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1bms 1bms 1bms 1bms 1bms 1bms 1mst 1mst 1mst 1mst 1mst 1mst

共 47 个 assembly，这里只显示前 12 个

异源或核酸复合物
1aq3 1aq3 1aq3 1aq3 1aq3 1aq3 1aq4 1aq4 1aq4 1aq4 1aq4 1aq4

共 157 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COAT_BPMS2
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129 作者链 B； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129 作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1u1y
沉积日期 deposition_date2004-07-16
结构标题 titleCrystal structure of a complex between WT bacteriophage MS2 coat protein and an F5 aptamer RNA stemloop with 2aminopurine substituted at the-10 position
关键词 keywordsComplex (Capsid protein-RNA hairpin), Hairpin, Capsid, Levivirus, Icosahedral virus, Virus-RNA COMPLEX; Virus/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1u1y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1u1y__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 1010 1011 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1u1y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）0.00 Å
Rg（电子密度）118.70 Å
总 Rg118.40 Å
原子数215760
残基数25080
排除体积3682400 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1u1y__assembly_1__model_1 300-MERIC （300） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1u1y__assembly_2__model_1 pentameric （5） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3 1 1u1y__assembly_3__model_1 25-meric （25） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4 1 1u1y__assembly_4__model_1 30-meric （30） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5 1 1u1y__assembly_5__model_1 pentameric （5） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6 1 1u1y__assembly_6__model_1 50-meric （50） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1u1ya_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamilyd.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family familyd.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein
结构域编号 domain_idd1u1yb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamilyd.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family familyd.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein
结构域编号 domain_idd1u1yc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamilyd.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family familyd.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1u1yA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id1u1yB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id1u1yC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
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7. 引用文献 (1)