1u5p

Crystal Structure of Repeats 15 and 16 of Chicken Brain Alpha Spectrin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spectrin alpha chain, brain

Gallus gallus

UniProt P07751

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1662–1876 片段:repeats 15 and 16 (residues 1662 to 1876) K POTASSIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;287 K;1M NaH2PO4, 1M K2HPO4, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K 分辨率 2.00 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPTA2_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–216; UniProt 1662–1876

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1u5p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1u5p
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1u5p
沉积日期 deposition_date2004-07-28
结构标题 titleCrystal Structure of Repeats 15 and 16 of Chicken Brain Alpha Spectrin
关键词 keywordsalpha spectrin, two repeats of spectrin, alpha-helical linker region, 3-helix coiled coil, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.48
零角强度 I(0) i011163100.00
分子量 molecular_weight24347.0 kDa
排除体积 excluded_volume30085 ų
包络体积 envelope_volume40553 ų
水化壳体积 shell_volume14242 ų
包络直径 envelope_diameter113.3
壳层 Rg shell_rg29.37
包络 Rg envelope_rg31.31
形状 Rg shape_rg30.43
总 Rg total_rg30.52
总原子数 total_atoms1712
残基数 n_residues211
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.3
Rg (实空间) rg_real30.83
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.46
I(0) (实空间) i0_real1.1160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11160000.0000
解质量估计 total_estimate0.6314
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.7
偏度 Skewness skewness0.727
峰度 Kurtosis kurtosis-0.224
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha810500.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.141; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.021; Smooth: 0.758

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1u5pa1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.1 — Spectrin repeat
家族 Family familya.7.1.1 — Spectrin repeat
结构域编号 domain_idd1u5pa2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.1 — Spectrin repeat
家族 Family familya.7.1.1 — Spectrin repeat

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1u5pA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60
结构域编号 domain_id1u5pA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)