SAXSdb — 1u8b

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1u8b
沉积日期 deposition_date	2004-08-05
结构标题 title	Crystal structure of the methylated N-ADA/DNA complex
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, METHYLATION, ZINC, HELIX-TURN-HELIX, METAL BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; METAL BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.95 Å
零角强度 I(0) i0	18662600.00
分子量 molecular_weight	25289.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28194 Å³
包络体积 envelope_volume	36783 Å³
水化壳体积 shell_volume	15462 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.3 Å
壳层 Rg shell_rg	25.95 Å
包络 Rg envelope_rg	20.75 Å
形状 Rg shape_rg	20.94 Å
总 Rg total_rg	21.51 Å
总原子数 total_atoms	1720
残基数 n_residues	162
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6734
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.327
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.556
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0008
最高正则化参数 α highest_alpha	1706000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.919; Smooth: 0.997

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPAPAPAPTPT)-3'
分子量 formula_weight	1807.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	1811

TAAATT

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PAPAPTPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	1494.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AATTT

Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(PAPAPAPGPCPGPCPAPAPGPAPT)-3'
分子量 formula_weight	3704.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AAAGCGCAAGAT

Entity 4 polymer

描述 description	5'-D(APAPTPCPTPTPGPCPGPCPTPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	3932.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

AATCTTGCGCTTT

Entity 5 polymer

描述 description	Ada polyprotein
分子量 formula_weight	15429.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKDDQRWQSVLARDPNADGEFVFAVRTTGIFCRPSCRARHALRENVSFYANASEALAAGFRPCKRCQPDKANPRQHRLDKITHACRLLEQETPVTLEALADQVAMSPFHLHRLFKATTGMTPKAWQQAWRARR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	91

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1u8bA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — DNA Methylphosphotriester Repair Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Methylphosphotriester Repair Domain

结构域编号 domain_id	1u8bA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	28.842 Å
晶胞边长 b length_b	84.593 Å
晶胞边长 c length_c	108.357 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	39.400 Å
R 因子 r_factor	0.2350
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2740

fit	/app/data/saxs_computation/u8/1u8b/1u8b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u8/1u8b/1u8b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u8/1u8b/1u8b.dat

Crystal structure of the methylated N-ADA/DNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)