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1ucg

Crystal structure of Ribonuclease MC1 N71T mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease MC

Momordica charantia

UniProt P23540

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–191 突变：N71T MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 1540, Manganese Cloride tetrahydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.65 Å R-free 0.196
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 2–191 突变：N71T MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 1540, Manganese Cloride tetrahydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.65 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1UCG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BK7 RIBONUCLEASE MC1 FROM THE SEEDS OF BITTER GOURD 提交 1998-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–191（191 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.7；PROTEN WAS CRYSTALLIZED FROM THE 1:1 MIXTURE OF 10MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 5MM TRIS-HCL PH7.2 AND 30% PEG 6000, 0.2M NA-ACETATE, 0.1M NA-CACODYLATE PH 6.7
分辨率 1.75 Å R-free 0.241
1J1F Crystal structure of the RNase MC1 mutant N71T in complex with 5'-GMP 提交 2002-12-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–191（191 aa）
突变：N71T 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate, 27.5% PEG8000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.244
1J1G Crystal structure of the RNase MC1 mutant N71S in complex with 5'-GMP 提交 2002-12-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–191（190 aa）
突变：N71S 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 24% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.242
1UCA Crystal structure of the Ribonuclease MC1 from bitter gourd seeds complexed with 2'-UMP 提交 2003-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–191（191 aa）
未记录 U2P PHOSPHORIC ACID MONO-[2-(2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-PYRIMIDIN-1-YL)-4-HYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3-YL] ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；PEG 8000, sodium acetate, sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.48 Å R-free 0.213
1UCC Crystal structure of the Ribonuclease MC1 from bitter gourd seeds complexed with 3'-UMP. 提交 2003-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–191（191 aa）
未记录 U3P 3'-URIDINEMONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；PEG 8000, sodium acetate, sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.77 Å R-free 0.214
1UCD Crystal structure of Ribonuclease MC1 from bitter gourd seeds complexed with 5'-UMP 提交 2003-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–191（191 aa）
未记录 U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 URA URACIL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；PEG 8000, sodium acetate, sodium cacodylate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.30 Å R-free 0.203
1V9H Crystal structure of the RNase MC1 mutant Y101A in complex with 5'-UMP 提交 2004-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–191（191 aa）
突变：Y101A SO4 SULFATE ION × 3 U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.257

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNMC_MOMCH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–190； UniProt 2–191 作者链 B； PDB构建体 2–190； UniProt 2–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ucg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ucg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ucg
沉积日期 deposition_date2003-04-14
结构标题 titleCrystal structure of Ribonuclease MC1 N71T mutant
关键词 keywordsalpha plus beta, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.50 Å
零角强度 I(0) i031835400.00
分子量 molecular_weight42586.0 kDa
排除体积 excluded_volume52854 ų
包络体积 envelope_volume63059 ų
水化壳体积 shell_volume24446 ų
包络直径 envelope_diameter68.2 Å
壳层 Rg shell_rg28.12 Å
包络 Rg envelope_rg21.18 Å
形状 Rg shape_rg21.52 Å
总 Rg total_rg22.24 Å
总原子数 total_atoms2988
残基数 n_residues380
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.2 Å
Rg (实空间) rg_real22.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31840000.0000
解质量估计 total_estimate0.9036
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.5 Å
偏度 Skewness skewness0.157
峰度 Kurtosis kurtosis-0.442
角度范围 angular_range— – 0.3600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9664000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.989
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1ucga_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.124 — Ribonuclease Rh-like
超家族 Superfamily superfamilyd.124.1 — Ribonuclease Rh-like
家族 Family familyd.124.1.1 — Ribonuclease Rh-like
结构域编号 domain_idd1ucgb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.124 — Ribonuclease Rh-like
超家族 Superfamily superfamilyd.124.1 — Ribonuclease Rh-like
家族 Family familyd.124.1.1 — Ribonuclease Rh-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1ucgA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology730 — Ribonuclease Rh; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease T2-like
结构域编号 domain_id1ucgB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology730 — Ribonuclease Rh; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease T2-like
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)