1un6

THE CRYSTAL STRUCTURE OF A ZINC FINGER - RNA COMPLEX REVEALS TWO MODES OF MOLECULAR RECOGNITION

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTION FACTOR IIIA

XENOPUS LAEVIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	5S RIBOSOMAL RNA × 1 ZINC ION × 3 MAGNESIUM ION × 4 water × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 1	5S RIBOSOMAL RNA × 1 ZINC ION × 5 MAGNESIUM ION × 9 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF3A_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–87； UniProt 127–212 作者链 C； PDB构建体 2–87； UniProt 127–212 作者链 D； PDB构建体 2–87； UniProt 127–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1un6
沉积日期 deposition_date	2003-09-04
结构标题 title	THE CRYSTAL STRUCTURE OF A ZINC FINGER - RNA COMPLEX REVEALS TWO MODES OF MOLECULAR RECOGNITION
关键词 keywords	;RNA-BINDING PROTEIN/RNA, COMPLEX(ZINC FINGER-RNA), TFIIIA, 5S RIBOSOMAL RNA, ZINC FINGER, RNA-PROTEIN COMPLEX, X. LAEVIS, TRANSCRIPTION REGULATION, RNA-BINDING, DNA-BINDING, NUCLEAR PROTEIN, RNA-BINDING PROTEIN-RNA complex ;; RNA-BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1un6__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1un6__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1un6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.05 Å
Rg（电子密度）	22.13 Å
总 Rg	22.77 Å
原子数	2506
残基数	206
排除体积	39701 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1un6__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1un6__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRANSCRIPTION FACTOR IIIA
分子量 formula_weight	10299.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D
原子数 atom_count	4554

MYVCHFENCGKAFKKHNQLKVHQFSHTQQLPYECPHEGCDKRFSLPSRLKRHEKVHAGYPCKKDDSCSFVGKTWTLYLKHVAECHQD

来源 Source

来源生物 organism	XENOPUS LAEVIS
通用名 common_name	AFRICAN CLAWED FROG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5S RIBOSOMAL RNA
分子量 formula_weight	19708.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

GCCGGCCACACCUACGGGGCCUGGUUAGUACCUGGGAAACCUGGGAAUACCAGGUGCCGGC

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1un6b1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1un6b2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1un6b3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1un6c1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1un6c2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1un6c3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1un6d1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1un6d2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1un6B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1un6B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1un6B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1un6C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1un6C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1un6C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1un6D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1un6D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

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晶胞边长 a length_a	58.598 Å
晶胞边长 b length_b	191.593 Å
晶胞边长 c length_c	79.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	35.190 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2590

THE CRYSTAL STRUCTURE OF A ZINC FINGER - RNA COMPLEX REVEALS TWO MODES OF MOLECULAR RECOGNITION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTION FACTOR IIIA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1un6__assembly_2__model_1

1un6__assembly_2__model_1 | I(q)

1un6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

THE CRYSTAL STRUCTURE OF A ZINC FINGER - RNA COMPLEX REVEALS TWO MODES OF MOLECULAR RECOGNITION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTION FACTOR IIIA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1un6__assembly_2__model_1

1un6__assembly_2__model_1 | I(q)

1un6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)