SAXSdb — 1use

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VASODILATOR-STIMULATED PHOSPHOPROTEIN

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 335–379	片段：TETRAMERISATION DOMAIN, RESIDUES 335-379	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；35% PEG400, 0.2M SODIUM CITRATE, 0.1M TRIS PH8.5, pH 8.50	分辨率 1.30 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1USE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EGX SOLUTION STRUCTURE OF THE ENA-VASP HOMOLOGY 1 (EVH1) DOMAIN OF HUMAN VASODILATOR-STIMULATED PHOSPHOPROTEIN (VASP) 提交 2000-02-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–115（115 aa）片段：EVH1 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl, 20 mM KH2PO4；压力 1 NMR样品组成 1.3 mM VASP EVH1 DOMAIN 15N,13C; buffer containing 20 mM KH2PO4, 50 mM KCl, 0.2 mM Na3N3; samples were used in both 90% H2O,10% D2O and 99.8% D2O 2 mM VASP EVH1 DOMAIN 15N buffer containing 20 mM KH2PO4, 50 mM KCl, 0.2 mM Na3N3;sample were used in 90% H2O,10% D2O \| 90% H2O,10% D2O and 99.8% D2O	分辨率未提供
1USD human VASP tetramerisation domain L352M 提交 2003-11-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 335–379（45 aa）片段：TETRAMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 335-379	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；25% PEG MME550, 0.2M NA-CITRATE, 0.1M TRIS PH8.5, pH 8.50	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
2PAV Ternary complex of Profilin-Actin with the Last Poly-Pro of Human VASP 提交 2007-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 199–214（16 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277.15 K；200 mM sodium formate, 20% PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
2PBD Ternary complex of profilin-actin with the poly-PRO-GAB domain of VASP* 提交 2007-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 203–245（43 aa）片段：VASP Loading Poly-Pro Site and GAB domain	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277.15 K；150mM DL-malic acid pH 7.0, 18% PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.50 Å R-free 0.190
3CHW Complex of Dictyostelium discoideum Actin with Profilin and the Last Poly-Pro of Human VASP 提交 2008-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 199–214（16 aa）片段：Last Poly-Pro Repeat	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
8GAT Structure of human NDS.1 Fab and 1G01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v), based on consensus cryo-EM map with only Fab 1G01 resolved 提交 2023-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 337–375（39 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
8GAT Structure of human NDS.1 Fab and 1G01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v), based on consensus cryo-EM map with only Fab 1G01 resolved 提交 2023-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 337–375（39 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
8GAT Structure of human NDS.1 Fab and 1G01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v), based on consensus cryo-EM map with only Fab 1G01 resolved 提交 2023-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 337–375（39 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
8GAU Structure of human NDS.1 Fab and 1G01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Indiana/10/2011 (H3N2v) 提交 2023-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 337–375（39 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.60 Å
8YVL Neuraminidase of A/California/04/2009 HIN1 in complex with CAV-F34 Fab 提交 2024-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 337–379（43 aa）链 B 337–379（43 aa）链 C 337–379（43 aa）链 D 337–379（43 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.47 Å
9UAX The structure of Myanmar_N2 and AS4C_Fab complex 提交 2025-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 I 337–379（43 aa）链 J 337–379（43 aa）链 K 337–379（43 aa）链 L 337–379（43 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
9UB1 The structure of Myanmar_N2 and M6B12_Fab complex 提交 2025-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 337–379（43 aa）链 B 337–379（43 aa）链 C 337–379（43 aa）链 D 337–379（43 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.35 Å

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VASP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–45； UniProt 335–379

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1use
沉积日期 deposition_date	2003-11-21
结构标题 title	human VASP tetramerisation domain
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.77 Å
零角强度 I(0) i0	524600.00
分子量 molecular_weight	4726.0 kDa
排除体积 excluded_volume	5930 Å³
包络体积 envelope_volume	8060 Å³
水化壳体积 shell_volume	5168 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.4 Å
壳层 Rg shell_rg	18.98 Å
包络 Rg envelope_rg	18.30 Å
形状 Rg shape_rg	17.76 Å
总 Rg total_rg	18.08 Å
总原子数 total_atoms	333
残基数 n_residues	40
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.6 Å
Rg (实空间) rg_real	18.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2460e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7790e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	524600.0000
解质量估计 total_estimate	0.6672
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	9.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.624
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.490
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26060.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.224; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.010; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1usea_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.29 — Vasodilator-stimulated phosphoprotein, VASP, tetramerisation domain
家族 Family family	h.1.29.1 — Vasodilator-stimulated phosphoprotein, VASP, tetramerisation domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1useA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1160 — Vasodilator-stimulated phosphoprotein

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	29.701 Å
晶胞边长 b length_b	29.701 Å
晶胞边长 c length_c	100.192 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.1750
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	0.1960

描述 description	VASODILATOR-STIMULATED PHOSPHOPROTEIN
分子量 formula_weight	5297.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	439

human VASP tetramerisation domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VASODILATOR-STIMULATED PHOSPHOPROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	57

fit	/app/data/saxs_computation/us/1use/1use.fit
pddf	/app/data/pr_computation/us/1use/1use.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/us/1use/1use.dat