8yvl

Neuraminidase of A/California/04/2009 HIN1 in complex with CAV-F34 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 126.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yvl
沉积日期 deposition_date	2024-03-28
结构标题 title	Neuraminidase of A/California/04/2009 HIN1 in complex with CAV-F34 Fab
关键词 keywords	influenza virus, neuraminidase, antibody, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.11 Å
零角强度 I(0) i0	1149770000.00
分子量 molecular_weight	272720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	337360 Å³
包络体积 envelope_volume	416580 Å³
水化壳体积 shell_volume	79427 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.8 Å
壳层 Rg shell_rg	50.27 Å
包络 Rg envelope_rg	40.98 Å
形状 Rg shape_rg	41.10 Å
总 Rg total_rg	41.51 Å
总原子数 total_atoms	19161
残基数 n_residues	2468
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.8 Å
Rg (实空间) rg_real	41.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1500e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1150000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6696
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.103
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.592
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0008
最高正则化参数 α highest_alpha	173400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.008; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.816

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Vasodilator-stimulated phosphoprotein,Neuraminidase
分子量 formula_weight	51660.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	19161

MEFGLSWIFLAAILKGVQCADPHHHHHHSSSDYSDLQRVKQELLEEVKKELQKVKEEIIEAFVQELRKRGSLVPRGSGGVKLAGNSSLCPVSGWAIYSKDNSVRIGSKGDVFVIREPFISCSPLECRTFFLTQGALLNDKHSNGTIKDRSPYRTLMSCPIGEVPSPYNSRFESVAWSASACHDGINWLTIGISGPDSGAVAVLKYNGIITDTIKSWRNNILRTQESECACVNGSCFTIMTDGPSDGQASYKIFRIEKGKIVKSVEMNAPNYHYEECSCYPDSSEITCVCRDNWHGSNRPWVSFNQNLEYQIGYICSGVFGDNPRPNDKTGSCGPVSSNGANGVKGFSFKYGNGVWIGRTKSISSRKGFEMIWDPNGWTGTDNNFSIKQDIVGINEWSGYSGSFVQHPELTGLDCIRPCFWVELIRGRPEENTIWTSGSSISFCGVNSDTVGWSWPDGAELPFTIDK

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	641501
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	CAV-F34 kappa chain
分子量 formula_weight	11500.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQYISSMNLAWYQQKPGQAPRLLISAASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISGLEPEDFAVYYCQKYGSPYTFGQGTKVEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	CAV-F34 heavy chain
分子量 formula_weight	13463.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

EVQLVESGGGLVEPGGSLRLSCAASGLTFSTYEMNWVRQAPGKGLEWISHISSSGFAIYYADSVRGRFTISRDIAKQSLDLQMNSLRAEDTAVYYCARDYYNRDLGYSGMDVWGQGTTVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.47 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	242813

fit	/app/data/saxs_computation/yv/8yvl/8yvl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yv/8yvl/8yvl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yv/8yvl/8yvl.dat

Neuraminidase of A/California/04/2009 HIN1 in complex with CAV-F34 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)