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1v6r

Solution Structure of Endothelin-1 with its C-terminal Folding

Method: SOLUTION NMR Dmax: 25.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endothelin-1

物种未注明

UniProt P05305

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 53–73 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 3；297.7 K；离子强度（mmCIF原始值）5% acetic acid；压力 ambient NMR样品组成：2.5mM Endothelin-1 | 90% H2O, 5% D2O, 5% deuterated acetic acid 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1V6R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EDN HUMAN ENDOTHELIN-1 提交 1994-09-19 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 53–73（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.18 Å
1EDP CONFORMATIONAL ISOMERISM OF ENDOTHELIN IN ACIDIC AQUEOUS MEDIA: A QUANTITATIVE NOESY ANALYSIS 提交 1991-12-16 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–69（17 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1T7H X-ray structure of [Lys(-2)-Arg(-1)-des(17-21)]-endothelin-1 peptide 提交 2004-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 51–68（18 aa）
链 B 51–68（18 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；291 K；PEG 4000, isopropanol, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K, pH 5.00
分辨率 1.13 Å R-free 0.134
5GLH Human endothelin receptor type-B in complex with ET-1 提交 2016-07-11 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 53–73（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；PEG 400, MES, (NH4)2SO4, 1,4-butanediol
分辨率 2.80 Å R-free 0.277
6DK5 The X-ray crystal structure of human endothelin-1, a polypeptide hormone regulator of blood pressure 提交 2018-05-28 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–73（21 aa） 片段：UNP residues 53-73
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；310 K；4 uL 15 mg/mL aqueous endothelin + 6 uL reservoir solution (20-25% MPD, 0.2 M MES, pH 6.5) + 2 uL 0.2 M MES, pH 6.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.284
6DK5 The X-ray crystal structure of human endothelin-1, a polypeptide hormone regulator of blood pressure 提交 2018-05-28 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 53–73（21 aa） 片段：UNP residues 53-73
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；310 K；4 uL 15 mg/mL aqueous endothelin + 6 uL reservoir solution (20-25% MPD, 0.2 M MES, pH 6.5) + 2 uL 0.2 M MES, pH 6.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.284
8HCQ Cryo-EM structure of endothelin1-bound ETAR-Gq complex 提交 2022-11-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 53–73（21 aa） 片段：UNP residues 53-73
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
8HCX Cryo-EM structure of Endothelin1-bound ETBR-Gq complex 提交 2022-11-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 53–73（21 aa） 片段：UNP residues 53-73
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8IY5 ETB-Gi complex bound to endothelin-1 提交 2023-04-04 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 53–73（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8IY6 ETB-Gi complex bound to Endotheline-1, focused on receptor 提交 2023-04-04 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 53–73（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
8XGR ETB-eGt complex bound to endothelin-1 提交 2023-12-15 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 L 53–73（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8XVH Cryo-EM structure of ETBR bound with Endothelin1 提交 2024-01-15 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 T 53–73（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
8XVI Cryo-EM structure of ETAR bound with Endothelin1 提交 2024-01-15 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 T 53–73（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8XWP Cryo-EM structure of ET-1 bound ETBR-DNGI complex 提交 2024-01-16 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 53–73（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
8XWQ Cryo-EM structure of ET-1 bound ETBR-DNGI complex 提交 2024-01-16 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 53–73（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8ZRT Cryo-EM structure focused on the receptor of the ET-1 bound ETBR-DNGI complex 提交 2024-06-05 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 53–73（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EDN1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–21； UniProt 53–73

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1v6r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1v6r
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1v6r
沉积日期 deposition_date2003-12-03
结构标题 titleSolution Structure of Endothelin-1 with its C-terminal Folding
关键词 keywordsendothelin, a-helix, c-terminal folding, cardiovascular bioactive peptide, g-protein coupled-receptor ligand, CONTRACTILE PROTEIN; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier7.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron7.81 Å
零角强度 I(0) i037474000.00
分子量 molecular_weight49879.0 kDa
排除体积 excluded_volume61544 ų
包络体积 envelope_volume4440 ų
水化壳体积 shell_volume4926 ų
包络直径 envelope_diameter27.9 Å
壳层 Rg shell_rg12.98 Å
包络 Rg envelope_rg8.80 Å
形状 Rg shape_rg7.77 Å
总 Rg total_rg8.12 Å
总原子数 total_atoms6560
残基数 n_residues420
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax25.7 Å
Rg (实空间) rg_real7.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal7.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37470000.0000
解质量估计 total_estimate0.8713
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary9.1 Å
偏度 Skewness skewness0.100
峰度 Kurtosis kurtosis-0.818
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2348.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.871; Smooth: 0.909
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1v6ra_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.28 — Endothelin-like
超家族 Superfamily superfamilyj.28.1 — Endothelin-like
家族 Family familyj.28.1.1 — Endothelin-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)