SAXSdb — 1vfy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF PROTEIN VPS27

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 163–230	片段：163-229, FYVE DOMAIN 突变：6 RESIDUES (EFIVTD) INSERTED AT C-TERMINUS	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 15% PEG 4000, pH 5.6	分辨率 1.15 Å R-free 0.181

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1VFY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1O06 Crystal structure of the Vps27p Ubiquitin Interacting Motif (UIM) 提交 2003-02-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 301–320（20 aa）片段：Residues 301-320	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.08M sodium cacodylate, 0.16M zinc acetate, 10.4% PEG-8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.45 Å R-free 0.224
1O06 Crystal structure of the Vps27p Ubiquitin Interacting Motif (UIM) 提交 2003-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 301–320（20 aa）片段：Residues 301-320	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.08M sodium cacodylate, 0.16M zinc acetate, 10.4% PEG-8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.45 Å R-free 0.224
1O06 Crystal structure of the Vps27p Ubiquitin Interacting Motif (UIM) 提交 2003-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 301–320（20 aa）片段：Residues 301-320	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.08M sodium cacodylate, 0.16M zinc acetate, 10.4% PEG-8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.45 Å R-free 0.224
1Q0V Solution Structure of Tandem UIMs of Vps27 提交 2003-07-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 249–329（81 aa）片段：Tandem UIM	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 0.2% NaN3；压力 1 NMR样品组成 1 mM Vps27 UIM U-15N \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM Vps27 UIM U-15N,U-13C \| 100% D2O	分辨率未提供
1Q0W Solution structure of Vps27 amino-terminal UIM-ubiquitin complex 提交 2003-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 256–279（24 aa）片段：Amino-terminal UIM, residues 256 to 278	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 0.2% NaN3；压力 1 NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM \| 100% D2O	分辨率未提供
2KDI Solution structure of a Ubiquitin/UIM fusion protein 提交 2009-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 258–277（20 aa）片段：UIM 1	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.103；压力 ambient NMR样品组成 1.24 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-1, 3 mM sodium azide-2, 20 mM sodium phosphate-3, 50 mM sodium chloride-4, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.1 mM [U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-5, 3 mM sodium azide-6, 20 mM sodium phosphate-7, 50 mM sodium chloride-8, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] Ubiquitin/UIM fusion protein-9, 3 mM sodium azide-10, 20 mM sodium phosphate-11, 50 mM sodium chloride-12, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2PJW The Vps27/Hse1 complex is a GAT domain-based scaffold for ubiquitin-dependent sorting 提交 2007-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 V 348–438（91 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.85；288 K；1.1-1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl. Then micro-seeding into 1.25 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.85, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 3.01 Å R-free 0.285
2PJW The Vps27/Hse1 complex is a GAT domain-based scaffold for ubiquitin-dependent sorting 提交 2007-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 348–438（91 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.85；288 K；1.1-1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl. Then micro-seeding into 1.25 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.85, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 3.01 Å R-free 0.285
3R42 Crystal structure of the yeast vps23 UEV domain in complex with a vps27 PSDP peptide 提交 2011-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 445–453（9 aa）片段：PSDP peptide (UNP residues 445-453)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；288 K；0.2 M sodium phosphate monobasic, 20% PEG3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.87 Å R-free 0.203
3R42 Crystal structure of the yeast vps23 UEV domain in complex with a vps27 PSDP peptide 提交 2011-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 445–453（9 aa）片段：PSDP peptide (UNP residues 445-453)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；288 K；0.2 M sodium phosphate monobasic, 20% PEG3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.87 Å R-free 0.203
6NJG Ubiquitin Variant in Complex with Ubiquitin Interacting Motif 提交 2019-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 256–278（23 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.1 M DL-Malic acid	分辨率 2.35 Å R-free 0.244

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS27_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–68； UniProt 163–230

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vfy
沉积日期 deposition_date	1999-04-26
结构标题 title	PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF VPS27P PROTEIN FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
关键词 keywords	FYVE DOMAIN, ENDOSOME MATURATION, INTRACELLULAR TRAFFICKING, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.36 Å
零角强度 I(0) i0	1537170.00
分子量 molecular_weight	7770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	9412 Å³
包络体积 envelope_volume	10756 Å³
水化壳体积 shell_volume	7996 Å³
包络直径 envelope_diameter	46.7 Å
壳层 Rg shell_rg	17.08 Å
包络 Rg envelope_rg	12.89 Å
形状 Rg shape_rg	12.43 Å
总 Rg total_rg	13.32 Å
总原子数 total_atoms	534
残基数 n_residues	67
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	47.8 Å
Rg (实空间) rg_real	12.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5370e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6430e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1537000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8177
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.465
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.049
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	221500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.615; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.802; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF PROTEIN VPS27
分子量 formula_weight	8271.3 kDa
突变 mutation	6 RESIDUES (EFIVTD) INSERTED AT C-TERMINUS
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	643

DSKTPADWIDSDACMICSKKFSLLNRKHHCRSCGGVFCQEHSSNSIPLPDLGIYEPVRVCDSCFEDYEFIVTD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	109

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1vfya1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.50 — FYVE/PHD zinc finger
超家族 Superfamily superfamily	g.50.1 — FYVE/PHD zinc finger
家族 Family family	g.50.1.1 — FYVE, a phosphatidylinositol-3-phosphate binding domain

结构域编号 domain_id	d1vfya2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1vfyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	24.090 Å
晶胞边长 b length_b	26.570 Å
晶胞边长 c length_c	31.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	111.79 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	105.70 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.150 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	0.1810

fit	/app/data/saxs_computation/vf/1vfy/1vfy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vf/1vfy/1vfy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vf/1vfy/1vfy.dat

PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF VPS27P PROTEIN FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-PHOSPHATE BINDING FYVE DOMAIN OF PROTEIN VPS27

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction