SAXSdb — 1vg1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-7

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–185	片段：Gtpase Domain	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；25% PEG 3350, 0.25M Ammonium Phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1VG1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1VG0 The crystal structures of the REP-1 protein in complex with monoprenylated Rab7 protein 提交 2004-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–207（207 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；23% PEG 3350, 0.4M diAmmonium Tartrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
1VG8 GPPNHP-Bound Rab7 提交 2004-04-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–207（207 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；24% PEG 3350, 0.25M Ammonium Phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
1VG8 GPPNHP-Bound Rab7 提交 2004-04-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–207（207 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；24% PEG 3350, 0.25M Ammonium Phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
1VG8 GPPNHP-Bound Rab7 提交 2004-04-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–207（207 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；24% PEG 3350, 0.25M Ammonium Phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
1VG8 GPPNHP-Bound Rab7 提交 2004-04-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–207（207 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；24% PEG 3350, 0.25M Ammonium Phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
1VG9 The crystal structures of the REP-1 protein in complex with C-terminally truncated Rab7 protein 提交 2004-04-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–185（185 aa）片段：GTPase domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；23% PEG 2000 MME, 0.4M Potassium Formate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.250
1VG9 The crystal structures of the REP-1 protein in complex with C-terminally truncated Rab7 protein 提交 2004-04-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–185（185 aa）片段：GTPase domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；23% PEG 2000 MME, 0.4M Potassium Formate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.250
1VG9 The crystal structures of the REP-1 protein in complex with C-terminally truncated Rab7 protein 提交 2004-04-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–185（185 aa）片段：GTPase domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；23% PEG 2000 MME, 0.4M Potassium Formate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.250
1VG9 The crystal structures of the REP-1 protein in complex with C-terminally truncated Rab7 protein 提交 2004-04-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–185（185 aa）片段：GTPase domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；23% PEG 2000 MME, 0.4M Potassium Formate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.250

共 3 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB7_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vg1
沉积日期 deposition_date	2004-04-22
结构标题 title	GDP-Bound Rab7
关键词 keywords	GTP-binding protein, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.48 Å
零角强度 I(0) i0	7098710.00
分子量 molecular_weight	19395.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24240 Å³
包络体积 envelope_volume	27436 Å³
水化壳体积 shell_volume	14814 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.3 Å
壳层 Rg shell_rg	21.59 Å
包络 Rg envelope_rg	15.93 Å
形状 Rg shape_rg	15.46 Å
总 Rg total_rg	16.61 Å
总原子数 total_atoms	1362
残基数 n_residues	166
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.8 Å
Rg (实空间) rg_real	16.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0990e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1180e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7099000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7567
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.186
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.283
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1654000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.617; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-7
分子量 formula_weight	21121.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1506

MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQIWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFLIQASPRDPENFPFVVLGNKIDLENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAFQTIARNALKQETEVELYNE

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	144

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1vg1a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1vg1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.500 Å
晶胞边长 b length_b	103.200 Å
晶胞边长 c length_c	51.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	18.790 Å
R 因子 r_factor	0.1870
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/vg/1vg1/1vg1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vg/1vg1/1vg1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vg/1vg1/1vg1.dat

GDP-Bound Rab7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction