SAXSdb — 1vpn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER

Murine polyomavirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–320 链 B； UniProt 32–320 链 C； UniProt 32–320 链 D； UniProt 32–320 链 E； UniProt 32–320	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；DROP: 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 2.5 & ETHANOL 8-10 MG/ML PROTEIN RESERVOIR: 2.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 5 % ETHANOL	分辨率 2.00 Å R-free 0.199
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–320 链 B； UniProt 32–320 链 C； UniProt 32–320 链 D； UniProt 32–320 链 E； UniProt 32–320	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；DROP: 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 2.5 & ETHANOL 8-10 MG/ML PROTEIN RESERVOIR: 2.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 5 % ETHANOL	分辨率 2.00 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1VPN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CN3 INTERACTION OF POLYOMAVIRUS INTERNAL PROTEIN VP2 WITH MAJOR CAPSID PROTEIN VP1 AND IMPLICATIONS FOR PARTICIPATION OF VP2 IN VIRAL ENTRY 提交 1999-05-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 34–316（283 aa）片段：RESIDUES 35-317 链 B 34–316（283 aa）片段：RESIDUES 35-317 链 C 34–316（283 aa）片段：RESIDUES 35-317 链 D 34–316（283 aa）片段：RESIDUES 35-317 链 E 34–316（283 aa）片段：RESIDUES 35-317	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
1CN3 INTERACTION OF POLYOMAVIRUS INTERNAL PROTEIN VP2 WITH MAJOR CAPSID PROTEIN VP1 AND IMPLICATIONS FOR PARTICIPATION OF VP2 IN VIRAL ENTRY 提交 1999-05-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 34–316（283 aa）片段：RESIDUES 35-317 链 B 34–316（283 aa）片段：RESIDUES 35-317 链 C 34–316（283 aa）片段：RESIDUES 35-317 链 D 34–316（283 aa）片段：RESIDUES 35-317 链 E 34–316（283 aa）片段：RESIDUES 35-317	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；pH 4.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
1SID MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH 3'SIALYL LACTOSE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 360 PDB 声明：360-MERIC	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.253
1SID MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH 3'SIALYL LACTOSE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.253
1SID MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH 3'SIALYL LACTOSE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.253
1SID MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH 3'SIALYL LACTOSE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.253
1SID MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH 3'SIALYL LACTOSE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.253
1SID MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH 3'SIALYL LACTOSE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 其他组合同源多聚体；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.253
1SIE MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 360 PDB 声明：360-MERIC	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.264
1SIE MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.264
1SIE MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.264
1SIE MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.264
1SIE MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.264
1SIE MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 其他组合同源多聚体；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–383（383 aa）链 B 1–383（383 aa）链 C 1–383（383 aa）链 D 1–383（383 aa）链 E 1–383（383 aa）链 F 1–383（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.264
1VPS POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER COMPLEXED WITH A DISIALYLATED HEXASACCHARIDE 提交 1997-03-07	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 32–320（289 aa）链 B 32–320（289 aa）链 C 32–320（289 aa）链 D 32–320（289 aa）链 E 32–320（289 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；DROP: 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 2.5 & ETHANOL 8-10 MG/ML PROTEIN RESERVOIR: 2.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 5 % ETHANOL	分辨率 1.90 Å R-free 0.205
1VPS POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER COMPLEXED WITH A DISIALYLATED HEXASACCHARIDE 提交 1997-03-07	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 32–320（289 aa）链 B 32–320（289 aa）链 C 32–320（289 aa）链 D 32–320（289 aa）链 E 32–320（289 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；DROP: 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 2.5 & ETHANOL 8-10 MG/ML PROTEIN RESERVOIR: 2.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 5 % ETHANOL	分辨率 1.90 Å R-free 0.205
5CPZ Crystal structure of murine polyomavirus RA strain VP1 in complex with the GT1a glycan 提交 2015-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 34–317（284 aa）片段：UNP residues 34-317 链 B 34–317（284 aa）片段：UNP residues 34-317 链 C 34–317（284 aa）片段：UNP residues 34-317 链 D 34–317（284 aa）片段：UNP residues 34-317 链 E 34–317（284 aa）片段：UNP residues 34-317	未记录	SO4 SULFATE ION × 14 GOL GLYCEROL × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；1.7 M ammonium sulfate 4.9% (v/v) isopropanol	分辨率 1.71 Å R-free 0.172
5CQ0 Crystal structure of murine polyomavirus RA strain VP1 in complex with the GD1a glycan 提交 2015-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 34–317（284 aa）链 B 34–317（284 aa）链 C 34–317（284 aa）链 D 34–317（284 aa）链 E 34–317（284 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 14 GOL GLYCEROL × 21	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；1.5 M ammonium sulfate, 6% (v/v) isopropanol	分辨率 1.90 Å R-free 0.178

共 6 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COA1_POVMP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–289； UniProt 32–320 作者链 B； PDB构建体 1–289； UniProt 32–320 作者链 C； PDB构建体 1–289； UniProt 32–320 作者链 D； PDB构建体 1–289； UniProt 32–320 作者链 E； PDB构建体 1–289； UniProt 32–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vpn
沉积日期 deposition_date	1997-03-07
结构标题 title	UNASSEMBLED POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
关键词 keywords	VIRUS COAT PROTEIN, VIRUS ASSEMBLY, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.26 Å
零角强度 I(0) i0	385701000.00
分子量 molecular_weight	158270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	197970 Å³
包络体积 envelope_volume	251010 Å³
水化壳体积 shell_volume	58770 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.94 Å
包络 Rg envelope_rg	33.12 Å
形状 Rg shape_rg	33.19 Å
总 Rg total_rg	34.18 Å
总原子数 total_atoms	11134
残基数 n_residues	1429
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	385800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8989
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.006
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.538
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	95480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.908

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1vpna_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1vpnb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1vpnc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1vpnd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1vpne_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1vpnA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	1vpnB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	1vpnC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	1vpnD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	1vpnE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	221.500 Å
晶胞边长 b length_b	221.500 Å
晶胞边长 c length_c	99.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	30

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.1990

描述 description	POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
分子量 formula_weight	32087.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	13230

UNASSEMBLED POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Murine polyomavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10634
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2096

fit	/app/data/saxs_computation/vp/1vpn/1vpn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vp/1vpn/1vpn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vp/1vpn/1vpn.dat