SAXSdb — 1ws4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Agglutinin alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Agglutinin beta-3 chain × 4 （P18673） methyl alpha-D-glucopyranoside × 3 methyl alpha-D-galactopyranoside × 1 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LECA_ARTIN
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 G； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 C； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 E； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133

Agglutinin beta-3 chain

物种未注明

UniProt P18673

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Agglutinin alpha chain × 2 （P18670） Agglutinin alpha chain × 2 （P18670） methyl alpha-D-glucopyranoside × 3 methyl alpha-D-galactopyranoside × 1 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEC3_ARTIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–20； UniProt 1–20 作者链 D； PDB构建体 1–20； UniProt 1–20 作者链 F； PDB构建体 1–20； UniProt 1–20 作者链 H； PDB构建体 1–20； UniProt 1–20

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ws4
沉积日期 deposition_date	2004-10-31
结构标题 title	Crystal structure of Jacalin- Me-alpha-Mannose complex: Promiscuity vs Specificity
关键词 keywords	Beta-prism-I fold, Post translational proteolysis, lectin, galactose-specific, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ws4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ws4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ws4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.60 Å
Rg（电子密度）	26.70 Å
总 Rg	27.45 Å
原子数	4660
残基数	598
排除体积	83558 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ws4__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Agglutinin alpha chain
分子量 formula_weight	14643.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G
原子数 atom_count	4916

GKAFDDGAFTGIREINLSYNKETAIGDFQVVYDLNGSPYVGQNHVSFITGFTPVKISLDFPSEYIMEVSGYTGNVSGYVVVRSLTFKTNKKTYGPYGVTSGTPFNLPIENGLIVGFKGSIGYWLDYFSMYLSL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Agglutinin beta-3 chain
分子量 formula_weight	2031.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

DEQSGISQTVIVGPWGAKSA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Agglutinin alpha chain
分子量 formula_weight	14673.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

GKAFDDGAFTGIREINLSYNKETAIGDFQVVYDLNGSPYVGQNHKSFITGFTPVKISLDFPSEYIMEVSGYTGNVSGYVVVRSLTFKTNKKTYGPYGVTSGTPFNLPIENGLIVGFKGSIGYWLDYFSMYLSL

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	methyl alpha-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	methyl alpha-D-galactopyranoside
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	254

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1ws4A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	1ws4C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	1ws4E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	1ws4G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

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晶胞边长 a length_a	79.287 Å
晶胞边长 b length_b	99.416 Å
晶胞边长 c length_c	105.464 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	28.060 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2050

Crystal structure of Jacalin- Me-alpha-Mannose complex: Promiscuity vs Specificity

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Agglutinin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Agglutinin beta-3 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ws4__assembly_1__model_1

1ws4__assembly_1__model_1 | I(q)

1ws4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (4)

Crystal structure of Jacalin- Me-alpha-Mannose complex: Promiscuity vs Specificity

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Agglutinin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Agglutinin beta-3 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ws4__assembly_1__model_1

1ws4__assembly_1__model_1 | I(q)

1ws4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (4)