splicing factor, arginine/serine-rich 1 (splicing factor 2, alternate splicing factor) variant
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 33–128 | 片段：RRM domain | 无其他共同聚合物 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：0.8mM U-15,13C; 20mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1X4A | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2M7S NMR structure of RNA recognition motif 2 (RRM2) of Homo sapiens splicing factor, arginine/serine-rich 1 提交 2013-04-29 | 构建体不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
106–195（90 aa）
片段：UNP residues 106-195
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.0798；压力 ambient
NMR样品组成
1.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2M8D Structure of SRSF1 RRM2 in complex with the RNA 5'-UGAAGGAC-3' 提交 2013-05-17 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric |
链 B
107–196（90 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成
0.8 mM [U-100% 15N] RNA, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2O3D Structure of human SF2/ASF RNA recognition motif 2 (RRM2) 提交 2006-12-01 | 构建体不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
106–214（109 aa）
片段：RNA Recognition motif 2 of SF2/ASF
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM phosphate, 50mM NaCl, 50mM L-Arg, 50mM L-Glu；压力 ambient
NMR样品组成
1mM SF2/ASF RRM2 U-15N,13C; 20mM phophate buffer Na; 50mM L-Arg; 50mM L-Glu; 5mM EDTA; 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3BEG Crystal structure of SR protein kinase 1 complexed to its substrate ASF/SF2 提交 2007-11-18 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
105–219（115 aa）
片段：UNP residues 105-219
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未记录 | SEP PHOSPHOSERINE × 1 ALA ALANINE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1M sodium citrate, 0.2M sodium acetate, 5% ethanol, 15% PEGMME 5000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.298 |
| 4C0O Transportin 3 in complex with phosphorylated ASF/SF2 提交 2013-08-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
106–230（125 aa）
片段：RESIDUES 106-230 (SECOND RRM DOMAIN AND RS DOMAIN)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；16% (W/V) PEG3350, 0.1 M KSCN, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, PH6.0
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.269 |
| 4C0O Transportin 3 in complex with phosphorylated ASF/SF2 提交 2013-08-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
106–230（125 aa）
片段：RESIDUES 106-230 (SECOND RRM DOMAIN AND RS DOMAIN)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；16% (W/V) PEG3350, 0.1 M KSCN, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, PH6.0
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.269 |
| 6HPJ Structure of human SRSF1 RRM1 bound to AACAAA RNA 提交 2018-09-21 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–97（97 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；313 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 atmospheric
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 15N] SRSF1 RRM1, 0.5 mM RNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3'), 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 15N] SRSF1 RRM1, 0.5 mM NA RNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3'), 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SRSF1 RRM1, 0.5 mM NA RNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3'), 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7ABG Human pre-Bact-1 spliceosome 提交 2020-09-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric |
链 A6
1–248（248 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 7.80 Å |
| 8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：71-meric |
链 z
1–248（248 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.29 Å |
| 9R8V Cryo-EM structure of the human pre-Bact-OTS complex (whole map) 提交 2025-05-17 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：63-meric |
链 A6
1–248（248 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.50 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | SFRS1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 8–103； UniProt 33–128 |
