SAXSdb — 1x9p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Penton protein

Human adenovirus 2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 60	SULFATE ION × 60 N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE × 120	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	SULFATE ION × 5 N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE × 10	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	SULFATE ION × 6 N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE × 12	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 60	SULFATE ION × 60 N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE × 120	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEN3_ADE02
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–523； UniProt 49–571

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1x9p
沉积日期 deposition_date	2004-08-24
结构标题 title	The crystal structure of human adenovirus 2 penton base
关键词 keywords	jellyroll domain, anti-parallel beta sheet, insertion domain, Virus like Particle; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1x9p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1x9p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1x9p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	99.88 Å
Rg（电子密度）	99.32 Å
总 Rg	99.40 Å
原子数	220620
残基数	27600
排除体积	3912500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1x9p__assembly_1__model_1`	complete icosahedral assembly （60）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1x9p__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1x9p__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1x9p__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1x9p__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`1x9p__assembly_6__model_1`	60-meric （60）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Penton protein
分子量 formula_weight	58218.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3677

TGGRNSIRYSELAPLFDTTRVYLVDNKSTDVASLNYQNDHSNFLTTVIQNNDYSPGEASTQTINLDDRSHWGGDLKTILHTNMPNVNEFMFTNKFKARVMVSRSLTKDKQVELKYEWVEFTLPEGNYSETMTIDLMNNAIVEHYLKVGRQNGVLESDIGVKFDTRNFRLGFDPVTGLVMPGVYTNEAFHPDIILLPGCGVDFTHSRLSNLLGIRKRQPFQEGFRITYDDLEGGNIPALLDVDAYQASLKDDTEQGGDGAGGGNNSGSGAEENSNAAAAAMQPVEDMNDHAIRGDTFATRAEEKRAEAEAAAEAAAPAAQPEVEKPQKKPVIKPLTEDSKKRSYNLISNDSTFTQYRSWYLAYNYGDPQTGIRSWTLLCTPDVTCGSEQVYWSLPDMMQDPVTFRSTSQISNFPVVGAELLPVHSKSFYNDQAVYSQLIRQFTSLTHVFNRFPENQILARPPAPTITTVSENVPALTDHGTLPLRNSIGGVQRVTITDARRRTCPYVYKALGIVSPRVLSSRTF

来源 Source

来源生物 organism	Human adenovirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10515
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE
分子量 formula_weight	336.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1x9pA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Penton protein; domain 1

结构域编号 domain_id	1x9pA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1620 — adenovirus 2 penton base, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — adenovirus 2 penton base, domain 2

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晶胞边长 a length_a	435.984 Å
晶胞边长 b length_b	300.168 Å
晶胞边长 c length_c	420.621 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	240

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.3070
R_work r_work	0.3070
R_free r_free	0.3070

The crystal structure of human adenovirus 2 penton base

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Penton protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1x9p__assembly_1__model_1

1x9p__assembly_1__model_1 | I(q)

1x9p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of human adenovirus 2 penton base

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Penton protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1x9p__assembly_1__model_1

1x9p__assembly_1__model_1 | I(q)

1x9p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)