1xhz

Phi29 DNA polymerase, orthorhombic crystal form, ssDNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase

Bacillus phage phi29

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	5'-D(TPTPTPTP*T)-3' × 1 water × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	5'-D(TPTPTPTP*T)-3' × 1 water × 1	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	5'-D(TPTPTPTP*T)-3' × 1 water × 2	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	5'-D(TPTPTPTP*T)-3' × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOL_BPPH2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–575； UniProt 1–575 作者链 B； PDB构建体 1–575； UniProt 1–575 作者链 C； PDB构建体 1–575； UniProt 1–575 作者链 D； PDB构建体 1–575； UniProt 1–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xhz
沉积日期 deposition_date	2004-09-21
结构标题 title	Phi29 DNA polymerase, orthorhombic crystal form, ssDNA complex
关键词 keywords	DNA polymerase, protein-primed, strand displacement, processivity, replication, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1xhz__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1xhz__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1xhz__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.47 Å
Rg（电子密度）	26.39 Å
总 Rg	27.25 Å
原子数	4705
残基数	573
排除体积	84802 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1xhz__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1xhz__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1xhz__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1xhz__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPTPTPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	1476.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F,G,H
原子数 atom_count	19512

TTTTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase
分子量 formula_weight	66720.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	D12A D66A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

MKHMPRKMYSCAFETTTKVEDCRVWAYGYMNIEDHSEYKIGNSLDEFMAWVLKVQADLYFHNLKFAGAFIINWLERNGFKWSADGLPNTYNTIISRMGQWYMIDICLGYKGKRKIHTVIYDSLKKLPFPVKKIAKDFKLTVLKGDIDYHKERPVGYKITPEEYAYIKNDIQIIAEALLIQFKQGLDRMTAGSDSLKGFKDIITTKKFKKVFPTLSLGLDKEVRYAYRGGFTWLNDRFKEKEIGEGMVFDVNSLYPAQMYSRLLPYGEPIVFEGKYVWDEDYPLHIQHIRCEFELKEGYIPTIQIKRSRFYKGNEYLKSSGGEIADLWLSNVDLELMKEHYDLYNVEYISGLKFKATTGLFKDFIDKWTYIKTTSEGAIKQLAKLMLNSLYGKFASNPDVTGKVPYLKENGALGFRLGEEETKDPVYTPMGVFITAWARYTTITAAQACYDRIIYCDTDSIHLTGTEIPDVIKDIVDPKKLGYWAHESTFKRAKYLRQKTYIQDIYMKEVDGKLVEGSPDDYTDIKFSVKCAGMTDKIKKEVTFENFKVGFSRKMKPKPVQVPGGVVLVDDTFTIK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus phage phi29
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10756
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	512

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1xhza1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d1xhza2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

结构域编号 domain_id	d1xhzb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d1xhzb2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

结构域编号 domain_id	d1xhzc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d1xhzc2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

结构域编号 domain_id	d1xhzd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d1xhzd2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	1xhzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1xhzA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — B family DNA polymerase, palm domain

结构域编号 domain_id	1xhzA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1770 — TPR 1 domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TPR 1 domain of DNA polymerase

结构域编号 domain_id	1xhzA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — B family DNA polymerase, finger domain

结构域编号 domain_id	1xhzA05
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA polymerase; domain 5

结构域编号 domain_id	1xhzA06
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA polymerase; domain 6

结构域编号 domain_id	1xhzB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1xhzB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — B family DNA polymerase, palm domain

结构域编号 domain_id	1xhzB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1770 — TPR 1 domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TPR 1 domain of DNA polymerase

结构域编号 domain_id	1xhzB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — B family DNA polymerase, finger domain

结构域编号 domain_id	1xhzB05
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA polymerase; domain 5

结构域编号 domain_id	1xhzB06
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA polymerase; domain 6

结构域编号 domain_id	1xhzC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1xhzC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — B family DNA polymerase, palm domain

结构域编号 domain_id	1xhzC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1770 — TPR 1 domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TPR 1 domain of DNA polymerase

结构域编号 domain_id	1xhzC04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — B family DNA polymerase, finger domain

结构域编号 domain_id	1xhzC05
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA polymerase; domain 5

结构域编号 domain_id	1xhzC06
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA polymerase; domain 6

结构域编号 domain_id	1xhzD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1xhzD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — B family DNA polymerase, palm domain

结构域编号 domain_id	1xhzD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1770 — TPR 1 domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TPR 1 domain of DNA polymerase

结构域编号 domain_id	1xhzD04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — B family DNA polymerase, finger domain

结构域编号 domain_id	1xhzD05
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA polymerase; domain 5

结构域编号 domain_id	1xhzD06
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA polymerase; domain 6

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晶胞边长 a length_a	96.662 Å
晶胞边长 b length_b	150.397 Å
晶胞边长 c length_c	198.325 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.990 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2680

Phi29 DNA polymerase, orthorhombic crystal form, ssDNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xhz__assembly_2__model_1

1xhz__assembly_2__model_1 | I(q)

1xhz__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (2)

Phi29 DNA polymerase, orthorhombic crystal form, ssDNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xhz__assembly_2__model_1

1xhz__assembly_2__model_1 | I(q)

1xhz__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (2)