1xjl

Structure of human annexin A2 in the presence of calcium ions

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Annexin A2

Homo sapiens

UniProt P07355

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–338 链 B; UniProt 20–338 突变:A66E CA CALCIUM ION × 14 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;PEG8000, calcium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.59 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 40 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ANXA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–319; UniProt 20–338 作者链 B; PDB构建体 1–319; UniProt 20–338

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1xjl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1xjl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1xjl
沉积日期 deposition_date2004-09-23
结构标题 titleStructure of human annexin A2 in the presence of calcium ions
关键词 keywordsannexins, calcium-binding protein, lipid-binding protein, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.18
零角强度 I(0) i085399300.00
分子量 molecular_weight73530.0 kDa
排除体积 excluded_volume92156 ų
包络体积 envelope_volume119410 ų
水化壳体积 shell_volume32172 ų
包络直径 envelope_diameter110.4
壳层 Rg shell_rg37.64
包络 Rg envelope_rg31.72
形状 Rg shape_rg32.17
总 Rg total_rg32.68
总原子数 total_atoms5138
残基数 n_residues638
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.9
Rg (实空间) rg_real32.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77
I(0) (实空间) i0_real8.5400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal85390000.0000
解质量估计 total_estimate0.8153
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary99.8
偏度 Skewness skewness0.367
峰度 Kurtosis kurtosis-0.636
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13330000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.908; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1xjla_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.65 — Annexin
超家族 Superfamily superfamilya.65.1 — Annexin
家族 Family familya.65.1.1 — Annexin
结构域编号 domain_idd1xjlb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.65 — Annexin
超家族 Superfamily superfamilya.65.1 — Annexin
家族 Family familya.65.1.1 — Annexin

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1xjlA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Annexin
结构域编号 domain_id1xjlA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Annexin
结构域编号 domain_id1xjlA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Annexin
结构域编号 domain_id1xjlA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Annexin
结构域编号 domain_id1xjlB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Annexin
结构域编号 domain_id1xjlB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Annexin
结构域编号 domain_id1xjlB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Annexin
结构域编号 domain_id1xjlB04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Annexin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)